與此同時，克倫威爾不得不離開倫敦，去恢複愛爾蘭和蘇格蘭的秩序和控制。在愛爾蘭，羅馬教廷大使力圖掀起一場反新教、反英格蘭的天主教革命，但未能成功。不過前任國王的副手奧蒙德公爵與天主教徒聯合起來，威脅說要推翻愛爾蘭和英格蘭的共和國政府，並正式宣布查理二世登基為王。
1649年夏，克倫威爾在都柏林登陸，並立即著手征服愛爾蘭。
克倫威爾對愛爾蘭的看法曾在一次演講中得到清楚、強烈的表達。
他的看法也可能是當時大部分英格蘭人的看法，甚至是直到現在也有很多人持這種看法。這也令人深感遺憾。克倫威爾沒有去探索愛爾蘭人在過去和現在感到不滿的真實原因，他所看到的只是愛爾蘭土著居民那始終不變的騷亂和不安分。他瞧不起愛爾蘭人，認為他們無論在社會還是政治上都要低英格蘭人一等。
9月，克倫威爾猛攻德羅伊達，因為它拒絕投降。依照當時的戰爭法則，拒絕投降的居民一旦被打敗將遭到屠殺，克倫威爾後來屠殺了大約兩千人。不過，人道主義在那時候也在逐漸發展壯大，以致克倫威爾也覺得有必要找到一些原因而非只用古老的戰爭法則來為自己的行為辯護。隨後在韋克斯福德也發生了同樣的屠殺，一連串的城鎮也隨之被攻克。
1650年春，克倫威爾短暫地回了一趟英格蘭，留下艾爾頓和勒德洛繼續鎮壓。這兩人很好地完成了任務，但整個鎮壓卻野蠻、殘酷，因而長期被人們銘記在心。清除保王黨的戰爭已經演變為種族戰爭和針對天主教的戰爭，蘇格蘭也逐漸成為戰爭的根源所在。而克倫威爾那與勞德大主教或斯特拉福德伯爵的政策極其相似的專橫政策也給這個國家留下了深深的創傷，尤其是他的土地政策。事實上，他並沒有驅趕香農以西的所有原居民，但的確沒收了大量土地用以支付軍餉和其他戰爭費用，他還讓英格蘭的地主和軍人在之前凱爾特人的土地上屯田。
這個計畫的確阻止了過去經常發生的造反，但隨著士兵與當地天主教徒的結合、地主逐漸長期在外以及苛刻的地租，這個計畫直到19世紀仍製造出大量麻煩。不過，克倫威爾的政策還不至於比之前甚至很久以後的其他英格蘭政治家的政策更糟糕。愛爾蘭人的特性以及他們那牢固的關於不公正的種族記憶，使得愛爾蘭一直都是大英帝國的痛瘡。
克倫威爾只在英格蘭短暫停留就被要求進軍蘇格蘭，鎮壓那裡的叛亂。就支持查理一世和天主教的愛爾蘭而言，克倫威爾不得不作出選擇：究竟是將英格蘭的意志強加於愛爾蘭，還是相反。
在蘇格蘭，他也面臨同樣的問題。
1650年6月，年輕的太子——後來的查理二世——來到蘇格蘭，並在同意成為長老會教徒後獲得了蘇格蘭人的支持。共和國的軍事領袖、克倫威爾在內戰時期的上級費爾法克斯，覺得不能因為蘇格蘭人選擇了他們自己的君王和政體就去征服它。但克倫威爾的觀點恰恰相反。如果查理二世宣稱自己是蘇格蘭和英格蘭的國王，那麼他就能越過特威德河，再次發動戰爭，而英格蘭就有可能喪失之前戰爭的勝利果實。
於是他決定向北進軍。在嘗試佔領愛丁堡未果後，他退回到鄧巴。這時蘇格蘭人已經截斷了克倫威爾撤回英格蘭的線路。如果克倫威爾再失敗，將可能導致英格蘭境內的叛亂。不過幸運的是，蘇格蘭人對他發動了一次倉促的進攻；而克倫威爾則抓住了這個轉瞬即逝的機會打敗了蘇格蘭軍隊，並順勢佔領了愛丁堡。
不過在第二年，太子查理帶著另一支蘇格蘭軍隊進入了英格蘭，打算在那裡掀起叛亂。緊跟其後的克倫威爾在伍斯特取得完勝，幾乎全殲蘇軍，而當天正是他贏得鄧巴之戰的周年紀念日。
雖然太子成功逃脫，但在克倫威爾的有生之年，蘇格蘭和愛爾蘭算是徹底平靜了。克倫威爾也得以返回英格蘭，並將注意力從軍事上轉移到政治上來。