然而不幸的是，跟世界大戰及其他戰爭一樣，一個能夠高效率參與戰爭的政府不一定能帶來和平。議會現在的航向終將導致後來的獨裁和斯圖亞特王室的復辟，不過在這之前還要先經歷與查理一世的第二次內戰。國家渴望和平，這樣交戰雙方也能夠少遭受些苦難。與通常一樣，這次問題也出自立法委員。議會中的長老會教徒願意接受查理提出的成立長老會並持續三年的條件，並在這三年內確定教會的最終形式。由於議會的軍隊主要由獨立派組成，長老會對軍隊的懼怕尤甚於對國王的，儘管這種害怕毫無緣由。本來，議會只要付給軍隊報酬，應該是能夠和平解散軍隊的；但議會卻犯了一個致命的錯誤，他們只付給士兵一部分報酬。這真是一件讓人難以置信的蠢事。
軍隊立即暴動，反對議會及其長老會領袖，並拒絕解散。其中霍爾斯還被絞死。克倫威爾支持他們得到公道報酬的要求，也支持要寬容各種教派；但他同時也意識到如果軍隊不受控的話，那麼將會給文官政府帶來威脅。
為了個人利益和長老會的利益，長老會的領袖隨後參與了劫持查理並試圖讓蘇格蘭人入侵英格蘭的陰謀。長老會的陰謀泄露後，克倫威爾將查理轉移出霍姆比莊園。議會隨後開始在倫敦召集一支主要由長老會教徒組成的新軍隊。但新模範軍要求將十一位著名的長老會領袖驅除出議會。作為對這個要求的回應，倫敦民眾闖入議會恐嚇那些獨立派成員，遭到恐嚇的獨立派成員逃往軍隊尋求保護。剩下來的長老會成員投票贊成武力抵抗軍隊，作為回應，新模範軍往倫敦進軍，佔領了威斯敏斯特宮和倫敦塔。
克倫威爾倒是真心渴望能夠通過一些和平的、合乎憲法的方式來解決問題。他以軍隊的名義與國王聯繫，並草擬了一份《建議綱領》，其中的建議包括兩年召開一次議會，並給予除了天主教徒外所有教派成員完全的信仰自由。不過，這樣都還不能讓議會感到滿意，而軍隊也越來越不受管束。軍隊揚言要清洗議會甚至審判國王，還提出了一部更加民主的憲法，即《人民公約》，並威脅說如果再得不到認同就準備兵變。
查理試圖逃往海岸，但未能成功，最終被囚禁於懷特島的卡里斯布魯克城堡。不過，就在克倫威爾鎮壓兵變並努力尋找解決方法的時候，國王又與蘇格蘭議會的理事就入侵英格蘭一事進行談判。英格蘭議會也相當愚蠢地沒收了保王派的財產，並導致眾多地區的民眾反對議會。這些民眾被打敗之後，都服帖地放下了武器。這樣很具英格蘭特色，只要是公平鬥爭，人們就願打服輸。
民眾也已經厭煩了軍隊，不願再為他們買單了。
隨之發生了許多暴動，加上之前的死灰復燃，第二次內戰隨之爆發。費爾法克斯和克倫威爾都再次披掛上陣。議會則緊接著通過了一部鎮壓異端邪說的法案，繼續它那為所有人反對的瘋狂政策，甚至後來還準備接國王回國並為此與國王展開談判。
查理一世一生中都反覆無常地對待那些為他工作或是與他談判的人，他不久就會遭到報應。軍隊已經厭煩了國王和議會，於是將國王強制收監。當下議院於1648年12月5日宣稱要與國王和解的時候，普萊德上校於第二天帶著一小群士兵闖入議會並武力驅逐了所有保王派成員。
1649年1月1日，議會經過「普萊德清洗」後剩下的議員提議由高等法院來審判國王，而且上議院議員不得參加這次審判。幾天之後，下議院僅剩的議員宣稱他們就是代表英格蘭人民的最高權力，並成立之前提議的高等法院。開審判大會的時候，要找到足夠的人坐在這個特別法庭里不容易，最終有六七十人參加。在這個完全不合法的法庭上，查理拒絕辯護，並被判刑。
1月30日，查理在白廳前的斷頭台上被砍頭。他是英格蘭歷史上第一個也是唯一一個被處死的國王。
在斧頭砍下查理頭顱的那一刻，圍觀的群眾發出驚恐的叫聲，英格蘭這個國家也隨之駛入了一片危險的未知海域。這把斧頭砍斷的可不只是國王的脖子，它還切斷了英格蘭人在過去那麼多個世紀里已經習慣且變得合適的歷史、法律和制度。在當時的倫敦，無論是國王的朋友還是敵人，隨著國王被砍頭的消息一天天地傳遍全國的各個教堂、莊園大宅和村舍，他們都擔憂地輕聲問自己：接下來的命運會怎樣？