如果國王願意接受其新位置，也即我們所謂的立憲君主；而且，如果不是因為宗教問題，英格蘭已經達到的憲政平衡或許已為現代英國體制的更加快速、和平的發展奠定了基礎。但遺憾的是，查理不願意這樣做，而宗教問題也已抬頭。
議會解散了規模很小的英格蘭軍隊，而蘇格蘭人也退回他們國內，但國王查理卻別有用心地去了愛丁堡。很多人認為，國王試圖集結一支蘇格蘭軍隊來對付英格蘭。不過，如果這真是國王的目的，那他顯然沒有成功：他後來隻身一人回到英格蘭。與此同時，愛爾蘭發生騷亂。愛爾蘭的天主教貴族許諾如果查理同意他們接管愛爾蘭政府，他們就向他提供一支愛爾蘭軍隊。因談判被推延而焦躁不安的愛爾蘭人試圖佔領都柏林，同時還屠殺了好幾千個英格蘭和蘇格蘭移民。為了維持在愛爾蘭的統治和秩序，英格蘭需要派遣一支軍隊到愛爾蘭。但誰來領軍，議會還是國王？如果是後者，那麼他真正想對付的可能就不是愛爾蘭人，而是英格蘭議會。
與此同時，宗教問題也將議會分為兩派。兩派都反對勞德提出的變革，但是一派認為拯救之道是廢除主教制度，另一派則害怕這樣會導致長老制。所謂的《廢除主教制議案》主張廢除大主教，但未能在下議院通過。這些在憲政問題上團結一心的議員們，在宗教問題上意見分歧很大。比如，漢普頓和皮姆就與海德和福克蘭形成對立。
1641年11月，細數國王過失的《大抗議書》引起了議員的激烈爭論，大家意見分歧明顯。這個議案要求國王只能聘請那些對議會負責的大臣，宗教事務只能由議會委派的機構來處理。海德和福克蘭領導的那派認為，由議會來控制教會將會導致長老制替代《公禱書》和英格蘭教會。讓軍隊聽命於議會而非國王也讓他們猶豫不決。允許兩套教會制度同時存在的思想觀念及其實際政治可能性，還要在很久的未來才出現。由於之前同在一條戰線上反對國王的人分裂成兩派，而通過獲得誠心誠意獻身於英格蘭教會的那批人的支持，國王本可以輕而易舉地和平獲勝。但查理卻想著通過武力奪回權力，這註定了他永遠不可能成功。
大主教也同樣犯了錯誤。倫敦的民眾在街上辱罵大主教，而當一個大主教被人群推搡的時候，他和其他十一個大主教提出抗議：沒有他們在場的話，上議院的所有決議都是非法的。這就惹怒了貴族們，使得後者暫時站到正在對這十二個大主教提出控訴的下議院陣營。而這又有助於團結那些反對國王的人。
查理隨後對那些反對他的議會領袖提出控訴，包括下議院的皮姆、漢普頓、霍爾斯、斯特羅德、黑茲里格，以及上議院的金博爾頓。
1642年1月4日，他親自帶著五百名武裝隨從闖入議會以叛國罪的罪名逮捕上述五人。但這些人早已逃走。行動失敗的國王不得不離開議會，此時四面八方響起震耳欲聾的叫喊聲，議員們高聲大呼「議員權」。倫敦宣布支持下議院，國王被迫離開倫敦向北逃去，並在約克住了下來。現在，國王和議會都在召集軍隊。
8月22日，國王查理在諾丁漢祭旗，內戰由此開始。
這既不是19世紀的美國那樣的地區衝突，也不是18世紀的法國的社會衝突，而是關於宗教和憲法原則的衝突。它完全不同於愛爾蘭的血腥大屠殺，也不同於歐洲大陸那恐怖的三十年戰爭，它是一場仁慈的戰爭。總體來說，國王勢力主要集中在西部和北部，這裡有貴族、天主教徒和擁有地產的舊紳士階層；而議會在南部和東部城鎮里力量佔優勢，他們的主要力量來自商人階層和清教徒。起初雙方都沒有軍隊，但國王有一個能幹的指揮官，即他那年輕的侄子魯珀特親王。而議會後來則爭取到了海軍的支持，還有倫敦城及其財富與財務資源。
起初，雙方都要依靠個人財力來供養步兵團，但戰爭的決定性力量還是騎兵。在戰爭之初——事實上是在奧利弗·克倫威爾拉起並訓練其鐵甲軍之前，魯珀特親王的騎兵可謂所向披靡。在埃奇希爾戰役（The Battle of Edgehill）這場首戰中，他的騎兵就起到了決定性作用。但當查理在沒有魯珀特的協助下向倫敦推進的時候，國王的軍隊在特南格林被英格蘭的民兵隊擊敗。國王查理也退回牛津。
1643年，保王派計畫從三個方向再次對倫敦發動戰略性襲擊，但他們的部隊太分散了，以致雖然取得了一些小勝，但整個計畫還是歸於失敗。這部分是因為士兵沒有能夠定期領到軍餉，他們也沒想過要長期作戰，還因擔心後方受到攻擊而不想遠離他們的家庭和財產。8月，國王親自率軍圍攻格洛斯特，但格洛斯特得到了倫敦的支援。在發動第一次紐伯里戰役（First Battle of Newbrry）後，國王就因為缺乏彈藥而被迫撤退。
議會黨人成功地守住了北方的赫爾港口和西部的布里斯托爾，這對這次內戰起到了舉足輕重的作用。他們還通過形成東部聯盟，逐漸在五個東部郡縣裡建立起強大的防禦體系。克倫威爾就是東部聯盟的領袖。克倫威爾絲毫不關心其士兵屬於什麼社會階層，也不關心他們屬於哪個教派，但要求他們的精神、品質和意願都要順從於鐵的紀律。在晚夏，他們在蓋恩斯伯勒和溫斯比取得了首次勝利。但顯然，他們無法在短期內取得決定性勝利，這個國家註定要陷入持久內戰了。
內戰雙方都試圖通過談判來獲得外部幫助。查理想得到愛爾蘭的幫助。愛爾蘭的天主教徒提出如果查理能夠接受愛爾蘭議會主要由天主教徒組成的話，他們就為他提供一萬人的軍隊。但這個談判進展緩慢。皮姆則幸運多了，他很快就得到了蘇格蘭的支持。他與蘇格蘭人簽訂了《神聖同盟和公約》。根據這個盟約，英格蘭議會的議員及其支持者要宣誓「依照最好的教會改革例子來進行英格蘭教會的改革」。所謂最好的例子，在蘇格蘭人看來就是長老會。這句話中還加了這句：「這是遵從上帝的旨意。」這句話很難挑出毛病來，但每個人又都可以有不同的理解。不過，蘇格蘭人還是同意了。在收到英格蘭議會的撥款之後——而查理則非常缺錢——一支蘇格蘭軍隊在經驗豐富的傑出將領大衛·萊斯利的率領下，於1644年1月越過特威德河進入了英格蘭。
不幸的是，宗教問題再次在後方造成分裂。儘管神聖的威斯敏斯特會議已經決定大體上接受長老制，但一大部分普通教徒卻對此深惡痛絕。會議中有個小群體渴望建立這樣一套制度：每個教派都不受總部的干涉和監督，他們因而被稱為「獨立派」。這個觀點很對克倫威爾和亨利·范恩（Henry Vane）的胃口：克倫威爾對宗教事務一向比較寬容，而范恩則在此類制度盛行的馬薩諸塞生活過一段時間。
另一件不幸的事情是，議會裡最好的政治家皮姆去世了。因為皮姆的去世以及英格蘭與蘇格蘭的軍事聯合行動，這兩個國家成立了一個由英格蘭議會議員和蘇格蘭的議會理事組成的委員會。
儘管大敵當前，而且議會黨人還存在分裂的風險，不過在議會黨資助下的1644年的戰鬥中，他們還是在馬斯頓沼澤取得了對保王黨人的輝煌勝利。而這次勝利在很大程度上要歸功於克倫威爾的將才及其新軍。另一方面，埃塞克斯的失策及其在康沃爾的失敗、曼徹斯特伯爵的粗心大意，最終讓國王在第二次紐伯里戰役中逃走了。而這也導致了議會裡的爭吵，進而挑起長老會派與獨立派之間的紛爭。前者想要結束戰爭，而後者希望繼續戰鬥直至獲得最後的勝利。
克倫威爾反對長老會的將軍曼徹斯特伯爵。顯然，如果前線將領對戰爭的結果甚至是繼續作戰的願望都達不成一致意見的話，是根本不可能取勝的。支持克倫威爾的議會決定對統軍將領進行大換血。依照著名的克己條例，每個軍官都要寫一份辭職信。議會最後推選托馬斯·費爾法克斯（Thomas Fairfax）為總司令，克倫威爾為其副職，統領騎兵。這個決定實際上就是支持獨立派，反對長老會——最起碼在戰爭期間是如此。
從軍事角度而言，這兩個人是最好的選擇。除此之外，許多不合格的士兵、不稱職的低級軍官都被一心只想著贏得勝利的硬漢們所取代。此外，議會還創建了新模範軍。這支軍隊的主要特點就是，他們軍餉很高且定期發放，而且發放者是議會而不是地方政府或地方組織。議會終於有了一支自己的軍隊，他們不僅表現優異而且不再受地域限制。此外，這支軍隊紀律嚴明，嚴令禁止搶掠。另一方面，保王黨的軍隊，疾病連連且經常領不到軍餉，戰鬥力和士氣都不斷衰敗。領不到軍餉的他們就到處搶掠，民眾也就越來越不喜歡他們，甚至害怕他們。
新模範軍的計畫是找到國王並擊敗其主力軍——不管他們在什麼地方。兩軍最終在納西比遭遇。主要得益於克倫威爾的騎兵，議會黨人獲得了決定性的勝利：國王的軍隊基本上被完全消滅，不過查理自己逃脫了。接下來就是一系列針對國王的搜捕和圍困。
國王最終於1645