這兩個女王間的對立幾乎持續了一輩子，估計沒有任何人之間的對立會比她們的更大更長了。瑪麗個性更嬌弱，因而也易動感情。她能夠密謀、策劃複雜的長遠計畫，但也可能因一時衝動而前功盡棄。伊麗莎白更冷酷無情，不過也很女人化。幾乎就在瑪麗回到蘇格蘭之時，伊麗莎白的確在一個男人身上犯下了愚蠢的錯誤。這個男人就是諾森伯蘭伯爵的兒子羅伯特·達德利勛爵。
伊麗莎白讓自己陷入了與羅伯特·達德利的流言蜚語之中：有傳聞說，羅伯特·達德利會毒死他的妻子艾米·羅布薩特（Amy Robsart）來跟伊麗莎白結婚。
作為英格蘭的話題人物，如果他恢複單身了，那麼女王是否真的打算和他結婚？對此，我們不得而知。但當他的妻子真的意外身亡且死因可疑時，伊麗莎白立即意識到他們之間是不可能的，並選擇了退縮。如果伊麗莎白繼續在此犯傻，那估計就是她最後一次犯傻了。自那以後，儘管伊麗莎白喜歡有男人陪伴，也可能真的愛上了萊斯特和埃塞克斯，但她主要還是利用婚姻傳聞來服務於國家治理。雖也有各種醫學上的猜測，認為伊麗莎白是因為身體上的缺陷而不適合結婚，不過這種猜測沒有得到證實。但是很顯然，她拒絕結婚是為了國家利益著想。
不過，蘇格蘭的瑪麗女王就缺乏這種自我控制了。對於這個打小就沒在蘇格蘭生活、喜歡享樂的女孩而言，霍利魯德與凡爾賽間的差異是相當驚人的。不過，不管當時她是否主動選擇回蘇格蘭，她選擇的時機還是相當不錯的。伊麗莎白剛剛因為拒絕了阿蘭（Arran）伯爵的求婚而與蘇格蘭的一個強大派繫結仇。而且，儘管伊麗莎白挽救了這個國家的宗教改革，但這個國家還是準備迎回它自己的女王——瑪麗。瑪麗不僅已經不再是法國的王后，而且在法國也不再重要了。這樣，蘇格蘭人接受瑪麗也無礙於蘇格蘭的獨立，蘇格蘭不會因此成為法國的附庸。而且瑪麗似乎還樂意維持加爾文教派的秩序，儘管她因為堅持要在自己的王室教堂里做彌撒、熱愛跳舞和其他娛樂活動而惹怒了諾克斯。
儘管諾克斯不停地對她進行諷刺、謾罵，但她還是贏得了絕大部分貴族的支持。而在當時的蘇格蘭，也就只有貴族和農民，中間沒有任何其他階層。想再次結婚的瑪麗，拒絕了伊麗莎白的建議，最終與達恩利（Darnley）勛爵亨利·斯圖亞特結婚。亨利·斯圖亞特是個粗人，人也不聰明，在很多方面甚至就是傻瓜一個，但他最終成為英格蘭的斯圖亞特王朝的開創者。於是，瑪麗煽動起義。瑪麗的私生兄弟默里伯爵（Earl of Murray）糾集了一些人發動叛亂但被擊敗，並逃亡英格蘭。與此同時，達恩利勛爵也開始懷疑他妻子與其義大利秘書大衛·里奇奧（David Rizzio）間的關係。
很難說達恩利勛爵對女王不忠的懷疑是否有理，但從她丈夫和宮廷生活中解脫出來的女王，在精通音樂、文雅的拉丁人的陪伴下應該會很快樂。
不管怎樣，瑪麗那心懷嫉恨的丈夫參與了一場密謀，將里奇奧謀殺於王宮。大約在三個月後，瑪麗生了一個孩子，也就是後來蘇格蘭的詹姆斯六世和英格蘭的詹姆斯一世。瑪麗後來又和博思韋爾（Bothwell）伯爵戀愛了。博思韋爾是個粗魯、野蠻、做事不擇手段的人。至於說他的動機是源於對瑪麗女王的愛還是對權力的渴望，就不得而知了。女王和博思韋爾都是已婚人士。後來瑪麗的丈夫達恩利勛爵被引誘到一棟孤零零的別墅並在那裡被火藥炸死；而博思韋爾則與他的妻子離婚，從王宮裡誘拐了瑪麗並與她結婚。
如同對這個可悲的女王生命中的其他事情一樣，人們的看法不一，很難說她是否參與了謀殺丈夫；但不管怎樣，她已經眾叛親離。當廢物博思韋爾流亡丹麥時，她也被迫退位。而為了躲避追捕者，她到英格蘭尋求庇護，從伊麗莎白那裡尋求保護——而之前她還宣稱伊麗莎白的王位是她的呢。怎麼處理瑪麗就成了伊麗莎白的一個棘手問題。她顯然不能把瑪麗送回到蘇格蘭王位上，也不能讓她回到密謀策劃之中心——法國，伊麗莎白也不想承認國民有權罷免他們的統治者。瑪麗的事情最終交由負責調查達恩利勛爵謀殺案和著名的「銀匣信件」事件 ——這也是歷史上最著名的謎團之一，不過最終被認為是真實的——的委員會處理。委員會最終證明瑪麗女王是有罪的，她參與了謀殺其丈夫。在接下來的日子，瑪麗成了一名囚犯，而且還是一名帶來大量麻煩的囚犯。
與此同時，法國的天主教和新教間爆發了內戰，英格蘭也卷了進去。雙方於1564年達成了和平協議，但英格蘭就顆粒無收了。
這也讓伊麗莎白在接下來的大約四分之一個世紀里沒法在歐洲大陸用兵。
我們在前面已經提過，女王雖然努力在宗教和教會組織里尋找一條中庸之道，以圖凝聚絕大部分國民，但她仍面臨著來自兩派的壓力。英格蘭北部和蘇格蘭低地結合為一派，大貴族則是另一派。
更特別的是，信奉舊信仰的威斯特摩蘭（Westmoreland）伯爵和諾森伯蘭伯爵肯定很樂意用被罷免的瑪麗——此時瑪麗計畫跟天主教徒諾福克公爵結婚——來取代伊麗莎白。1569年爆發了「北方叛亂 」，這兩個伯爵逃到了蘇格蘭。而在蘇格蘭，當年幼的詹姆斯六世的攝政者默里被謀殺後，一些貴族密謀恢複瑪麗的王位。這對伊麗莎白而言可是個巨大的危險，因為每個國家的天主教都會支持瑪麗坐上蘇格蘭和英格蘭的王位。而且在其他人看來，有個兒子的瑪麗顯然比沒結婚、沒孩子的伊麗莎白更有可能實現王位的和平繼承。
1570年，天主教會給了英格蘭女王又一次打擊：羅馬教皇庇護五世開除了伊麗莎白的教籍並要求英格蘭國民不再擁護她。
至於誰將統治英格蘭這個問題就更是被明確提出來：統治者1 1569年，英國北部天主教貴族因反對新教，在諾森伯蘭、威斯特摩蘭等郡發動了大規模叛亂。叛亂被鎮壓後，北部天主教勢力遭到沉重打擊。
應該是羅馬教皇提名，還是議會提名？這之間的鬥爭究竟有多激烈？在十年後，教皇格里高利十三世在給某些陰謀家的信件中宣稱，刺殺伊麗莎白不算是犯罪。樞機秘書在1580年12月寫給教皇在馬德里的教廷大使的那封信，也顯示了羅馬教皇對伊麗莎白的仇恨程度及其想要達到的目的。
與此同時，還存在其他危險。英格蘭與法國、西班牙的關係因為不同的原因而僵化了。西班牙在阿爾瓦（Alva）的領導下，試圖摧毀荷蘭的新教。而它採取的手段實在是太殘酷了，以致信奉新教和天主教的國民都反對，這導致它疲於應付。在法國，新教徒和天主教徒間的內戰再次爆發，儘管後來也實現了和平，但統治者不希望英格蘭重歸天主教，因為那樣的話，英格蘭就可能和法國的天主教聯合起來。
於是，英格蘭的天主教徒求助於西班牙。他們通過在倫敦的一名叫里多爾菲（Ridolfi）的義大利銀行家與阿爾瓦取得書信往來。
他們希望阿爾瓦派遣軍隊到英格蘭來領導起義，他們聲稱能夠取得成功。他們計畫的第一步是謀殺女王，而西班牙的腓力二世也同意了這個安排。只知曉該密謀部分內容的伊麗莎白，開始玩弄法國人：提議和安茹公爵結婚，但實際上她根本沒想過要結婚。
當她的情報機構搞清楚了整個陰謀的詳細內容後，那個曾被提議和瑪麗結婚的諾福克公爵，被發現牽涉其中是，因而被送上斷頭台。此時，議會要求處決瑪麗。
這些事件和接下來一年的大事件，孕育了英格蘭最重要的果實和帝國的發展。在法國，梅第奇誘使她那尚未成熟且地位不穩固的兒子查理九世相信胡格諾派正密謀反對他。而查理九世本來是支持胡格諾派的，其後突然而至的懲罰就是恐怖的聖巴托洛繆大屠殺 。海軍上將科利尼（Coligny）就是其中諸多受害人之一。胡格諾派教徒的社會職銜主要是法國各行各業最能幹的工匠，其中的許多人由於這次大屠殺而移居英格蘭。這類遷移本身就很重要了，但可能更重要的是這些工匠本來在科利尼的領導下，在很大程度上組成了法國最好的航海群體。如果科利尼和他們沒有被法國人屠殺，那麼法國與英格蘭的海軍競賽就會更激烈，法國也不至於落後那麼多，更不至於輸在起跑線上。我們將在下一章具體介紹的德雷克和其他「海盜」也不可能那麼快速地推動英格蘭走上帝國之路——如果沒有1572年大屠殺的話。查理九世死後爆發的另一次內戰，也同樣綁住了法國人的手腳。
這些年見證了荷蘭共和國的崛起，也見證了西班牙和天主教權力在荷蘭的衰落。西班牙極大地浪費了它自墨西哥和秘魯的礦山獲得的看似取之不盡的財富。由於那殘酷、愚蠢的壓迫，西班牙被驅逐出荷蘭的十八個省。儘管十一個信奉天主教的南方省份仍聽命於帕爾馬（Parma）公爵，但七個主要信奉新教的北方沿海省份，在奧蘭治王子的統治下建立