不過毫無疑問，伊麗莎白一登基就面臨種種困難。國內外都面臨嚴重的問題，國庫空虛、海軍衰弱、沒有陸軍等。一方面，沒有經驗的新女王馬上展現了她那非同凡響的能力。在瑪麗一世逝世（即1558年11月17日）後幾個小時，威廉·塞西爾（WilliamCecil）擬定了宣布伊麗莎白繼位的公告。新女王深諳塞西爾的能力和特殊品質，立刻任命他為總顧問。她做了一個其他人很難做到的最好選擇。塞西爾不是大貴族，作為政治家，他的名聲也沒有佩吉特（Paget）大。不過，他的勇氣、誠實和可信賴是毫無疑問的，他在工作上不知疲倦，還是一流的組織者。與女王一樣，面臨不確定情況時，他不會焦急地倉促處理；他也同樣小心謹慎。
在國內，最緊迫的問題就是教會問題，因為處理教會問題需要仰賴國家的團結甚至是和平以及一些其他因素。愛德華和瑪麗的兩段短暫統治已經給出了教訓：愛德華告訴我們過於急速、強硬的新教改革是不可行的，瑪麗則告訴我們僅通過火刑是不可能鎮壓信仰變革的。
伊麗莎白一輩子都要面對的問題，不是建立像亨利那樣的中途之家，而是要創立一條相對靈活的、大部分國民都贊成或是能夠容忍的「中庸之道」——而兩派中的極端分子則留待單獨處理。
在國際上，伊麗莎白與其國家同心協力，反對讓英格蘭再次順從於外部控制。在國內，天主教的反攻勢頭固然很猛烈，但其導致的危險明顯不如各類更為激進的清教徒的無序化趨勢那麼大。
伊麗莎白任命的一個由比較中庸的新教教士組成的委員會已經為她的宗教政策奠定了基礎。她統治期內的第一次議會也通過了《統一法》（Act of Uniformity），要求輕微修改愛德華統治期間的第二版《公禱書》並投入使用；還通過了《君主至上法》，要求相關人士宣誓承認女王為「世俗、精神和宗教上的」最高統治者。
不過，只有那些獲得了大學學位或擔任公職的才需要宣誓；而拒絕宣誓的人也只是失去學位或公職。伊麗莎白無意用宗教迫害來劃分民眾，甚至還願意容忍那些私下裡做彌撒的。另一方面，她也沒有放任新教的左翼極端分子不斷妨礙國家的統一，因為他們所持的理念根本不能為公眾接受。
幸運的是，與愛德華和瑪麗不同，伊麗莎白不管對新信仰還是舊信仰都算不上狂熱，因此她才能清醒地將宗教問題當作是政治問題來處理。而且，她解決宗教問題的唯一標準是：能給國家帶來和平與好處；如果條件允許，能得到大家一致同意那就更好了。在她統治早期，在她與人民的共同努力下，他們的確實現了這個目標。伊麗莎白還提拔了大量天主教教士或具備天主教知識的人，結果導致議會並不怎麼支持她，大主教和上議院里的很多上層貴族也不支持她，由此，伊麗莎白很難落實她的政策。這樣英格蘭教會的重建就成了女王和下議院的事情。不過，儘管只有一個大主教接受改革，而其他大主教被剝奪了職權，但由於順應了大眾意願，伊麗莎白還是很容易就得到了至少八分之七的教士的支持。
這樣，普通信徒就控制了教會，宗教事務也越來越多地由女王和議會來裁決。這一體系也一直延續至今，而且容忍度還不時提高。即使在諸如今日的美國，雖然沒有國家教會，在憲法上所有宗教都是允許存在的，其政治也不能說不被宗教因素所部分影響。伊麗莎白時代的此類容忍可能會帶來政治混亂，不過要到下個世紀才爆發出來。
很多在瑪麗的宗教迫害下被流放的英格蘭新教徒現在回來了。
而那些排斥宗教儀式和教會法衣的人往往認為這些都是天主教而非基督教的，他們為伊麗莎白團結民眾增加了困難；而那些信奉加爾文宗（長老會）的人對於解決宗教-政治問題而言是個更大的威脅。約翰·加爾文組織的教會更是嚴厲，並要獨立於教皇和政治國家。不過，長老會本質上又是民主的，因為它的權力來自每個會眾——不論這些會眾多麼卑微。在長老會，沒有大主教；不過在一些國家如法國，是由會眾選舉代表組成。公會議是個全國性的機構，它的權力植根於普通會眾，它抵制獨裁政治的統治。
在蘇格蘭，加爾文教派的領袖是約翰·諾克斯。蘇格蘭也成立了一個相應的組織，這個組織里還包括了很多貴族，他們希望推翻和攫取舊秩序下的那些大主教的財產。不過，整個運動的主要力量還是來自農民和普通大眾。比之於英格蘭，蘇格蘭加爾文教派對信徒的控制要更深，這部分是由於兩個民族的政治觀點的差異。因為都鐸時期和後來的英格蘭，一個國家教會比獨立的教會——不管是由教皇從上而下控制的，還是由普通教徒從下而上控制的——更適合普通大眾。
可能在更大程度上，這也是因為加爾文教派這個教會組織自身的苦行和嚴格的紀律。每個地方教堂都選舉一名普通教徒為長老，負責對會眾的私人生活和道德進行最嚴格的監督，並有權開除那些犯有以下惡行者的教籍：玩撲克、唱歌、在安息日搞娛樂活動。這套制度適合「不苟言笑」的蘇格蘭人，但不可能被伊麗莎白時期的英格蘭大眾所接受。至於後者的性格我們將在後面提到。
不過，在同一年，英格蘭重新恢複新教、蘇格蘭接受了更加激進的新教這些事實——儘管兩者的形式有所不同——在兩個長期敵對的國家關係中極為重要。
新教和天主教之間的鬥爭遍及歐洲全境。天主教加強了老的歐洲大陸權力的政治結盟，不過新教還是佔據了主導地位。在伊麗莎白剛登基的那段權力平衡尚不穩定的時期，蘇格蘭意外地成為整個局勢的核心。西班牙仍然是最強大的帝國。但蘇格蘭的女王瑪麗·斯圖亞特，不久之後就在其公公去世後成為法國的王后。
我們在前面提過，瑪麗與法國太子多芬結婚時雙方簽訂了一個秘密協議，協議規定如果瑪麗沒有孩子的話，蘇格蘭就歸法國管轄。
但結果恰恰相反。
瑪麗還宣稱英格蘭王位是屬於她的，而當她成為法國王后後，她還讓英格蘭士兵與她的士兵一起紮營。蘇格蘭-法國的結盟，對英格蘭來說可謂是由來已久的危險了；如今這兩個國家聯合在一個統治者之下，英格蘭所面臨的危險就更大了。英格蘭所處的位置就好像是鐵鉗中間的堅果。它還面臨歐洲大陸的兩大天主教權力——西班牙和法國。後者穿過多佛海峽到英格蘭只有二十英里，而前者由於佔據了荷蘭，到英格蘭的距離也只有六十英里。不過，事實上，英格蘭也有優勢，而伊麗莎白迅速捕捉到了這一點。
英格蘭已故女王瑪麗一世的丈夫西班牙國王腓力二世是個天主教徒，同時也是歐洲最有權勢的君主，儘管他統領的領土是分散的。而如果法國、蘇格蘭和英格蘭都歸一個統治者所有，那麼腓力二世的優勢地位就會蕩然無存。所以對他而言，如果他不能佔有英格蘭的話，那麼英格蘭最好就不要被他人佔有。儘管伊麗莎白的這個姐夫提出要娶伊麗莎白，不過伊麗莎白從瑪麗的遭遇和民眾的脾性中清楚地看到了與西班牙人結婚的危險。所以她雖暗示腓力二世適合她但她就是不結婚，一直吊著腓力二世的胃口。
她還清醒地認識到，菲利普四世和法國國王亨利二世其實都不希望她好，他們也都不會讓其他人控制她的島國。
此外，事件還將戲劇性地發生變化。亨利二世意外被殺，蘇格蘭女王瑪麗作為亨利二世的兒子弗朗西斯二世的妻子，成為法國的王后。與此同時，伊麗莎白與法國簽訂協議，結束她姐姐發動的對法戰爭，不久之後還與西班牙達成和平協議。年幼的瑪麗由其母親瑪麗·德·吉斯（Mary Guise）以攝政的名義統治蘇格蘭，她是一名虔誠的天主教徒，對蘇格蘭人民冷漠無情。議會裡的貴族與其農民追隨者曾起義反對她，擔心被打敗的她還曾請求伊麗莎白幫忙。
伊麗莎白猶豫了一年之久。但吉斯在蘇格蘭召集了一支法國軍隊，而她的女兒不僅宣稱是蘇格蘭和法國的女王（王后），還宣稱是英格蘭女王。這時候，伊麗莎白從陸地和海上同時出兵並奪取利斯。好幾個世紀以來，蘇格蘭人雖然樂意與法國結盟，也對法國盟友心存感激，但他們並不想成為法國的封地。而加爾文教派也在之前蘇法聯盟的心臟要害處插上了一塊劈裂楔。
事實上，法國人在蘇格蘭的不受歡迎程度都趕得上西班牙人在英格蘭的不受歡迎程度了。
1560年末，弗朗西斯二世在法國去世，他年幼的弟弟查理九世成為新國王，他的母親凱瑟琳·德·梅第奇（Caherine de Medicis）成為攝政者。當梅第奇反對吉斯派系並猜疑瑪麗時，之前宣稱擁有三個王國的年輕女王不得不撤回愛丁堡謀求臣民的保護；她也由此失去了法國王冠。而在伊麗莎白奪取利斯之後，法國人承認伊麗莎白是英格蘭女王。瑪麗則拒絕承認，因而也就只能經由海路回國，因為伊麗莎白不會願意讓一個王位覬覦者登陸英格蘭。