祭天大典的歡呼聲未歇，立國未穩的蕭梁王朝即發生一系列極端事件，從而讓蕭衍關於「朽索六馬」的譬如一語成讖。
其實，倒梁的勢力幾乎就在蕭衍宣布建國的當天就開始了他們的行動。祭天大典結束後的當夜二更時分，神武門、東掖門突然同時燃起衝天大火，趁著羽林軍救火的空隙，一批不明身份的騷亂者拿著武器一直朝蕭衍的寢宮撲來。羽林軍首領張弘策帶領一支軍隊阻擊著騷亂者的進攻，陳慶之、呂僧珍則帶著另一批人死死守在蕭衍的寢宮外。那邊的動靜越來越大，顯然，羽林軍的人數布置不足。混亂中，有人從背後朝張弘策刺了一刀，張弘策立即撲身倒地。騷亂者喊著口號，向這邊撲來。呂僧珍讓陳慶之一步不離皇上身邊，自己帶領幾十個羽林軍向那邊增援去了。
剛剛躺下的蕭衍一邊穿衣，一邊問：「發生什麼事了？」
陳慶之說：「好象有刺客。」
蕭衍推開窗戶看了看外面的大火，問：「現在是什麼時候？」
「三更剛過。」
「你立即登上譙樓，敲響四更之鼓。」
陳慶之放心不下蕭衍，蕭衍說：「趁著夜深人靜時動手，刺客人數一定不是很多，等你把四更鼓敲響，他們自會退走。」
陳慶之明白了，交待十幾名羽林軍，讓他們以死護駕，自己轉身向譙樓跑去。蕭衍不顧羽林軍阻擋，來到前殿坐下，開始批閱奏摺，就像什麼事也沒有發生一樣。這時，從譙樓果然傳來四更鼓聲，這鼓聲讓騷亂者產生錯覺，以為天就要亮了，於是便不敢戀戰。鼓聲以及神虎門大火也讓宮城外的領軍將軍王茂意識到宮裡出大事了，王茂帶著一隊人馬火速趕進宮來。不等天亮，騷亂即被平息，被俘的騷亂者竟有百人之眾。經連夜突審，騷亂者供出，他們是受蕭寶卷死黨孫文明指使，天黑前趁著為宮裡運送柴禾的機會夾帶武器混進宮來，又策動部分羽林軍，在深夜舉行暴動，意在刺殺蕭衍。
這場騷亂，蕭衍失去了他的親屬以及最好的軍師張弘策。神虎門事件給了蕭衍當頭一棒，蕭衍決定用鮮血來警告齊皇室成員。於是連夜下達了誅殺令。這次被圈入誅殺名單中的除了此前赦免的孫文明等人，還包括四名前皇室成員，他們是齊明帝六子蕭寶寅，九子蕭寶攸，十子蕭寶嵩，十一子蕭寶貞。
在誅殺這幾名前皇室成員的同時，蕭衍又下詔，特赦一批前皇室成員，其中有蕭鸞長子蕭寶興。蕭寶興因有殘疾，不僅逃過了誅殺，還被封巴陵郡（今湖南嶽陽）王。蕭衍並特許他有祭祀南齊王朝祖先的權力。蕭衍在最高法院大理寺的一份報告上又作出批示：「請大理寺儘早出台一份關於安撫舊朝遺屬及議定贖罪的條例，此條文可依照周、漢二代律條，凡身居官位而犯有鞭杖之罪者，可以出贖金而停止懲罰。中央各直屬機關（台、省），各州刺史的主要負責人，士兵如果犯有鞭杖罪，其願意用錢贖罪者，也可依此條例實施。」
趁此機會，蕭衍特別召見了蕭子恪、蕭子顯等十六位高、武時代的舊朝子弟，這十六人，都是才學過人者。在此前的組閣中，蕭子恪擔任零陵內史，而他的兄弟、年僅十三歲的蕭子顯因尚未達到任職年齡，武帝囑他好好讀書，將來報效朝廷一定會大有用處。蕭衍對所在舊朝的親屬說：「今天在座的，都同姓一個蕭字，雖然出了五服，但卻是同宗同族的兄弟。想當年朕的父親曾為輔佐你們父輩而出生入死，因此，我們也算得上是同甘共苦的一家人。當初明帝當政，高帝十九個兒子、武帝二十三個兒子全部被殺。
「蕭寶卷當政，更是殺人如麻，朕的大哥蕭懿以及朕的另兩位兄弟都被蕭寶卷所殺，就是你們，能有今天，也算幸運。朕自去年襄陽起兵，既為廢昏立明，也為蕭姓家族雪洗心恥。在朕取得建康後，有人建議朕按照慣例將你們斬盡殺絕。的確，朕要是那樣做了，天下不會有人對蕭衍說半個不字。朕之所以沒有這樣做，是因為知道，欲得天下，光憑藉武力是不夠的，得靠天命。你們兄弟如沒有天命，朕又何必費力去殺你們，如果有天命，非朕所能誅殺。東晉以來，禪代之際，相互屠殺之風盛行，殊不知屠殺後國祚又豈能長久？以殺制殺，只能使怨怨相報，無有盡期。從今往後，朕與你們仍是同宗兄弟，朕希望大家能坦誠相待，共生共榮。」
天監元年公元502年六月，蕭衍發布詔書，令停止各郡縣為後宮和東宮貢獻珍貴的土特產，只允許各州和建康最近處的會稽郡可根據本地的具體情況制定貢品種類，如果不是當地出產，也不必遠征上貢，以免勞民傷財。接著，他又發布一系列關於在用人方面的詔書：凡小縣的縣令如果有能力，就升到大縣任縣令，大縣的縣令有能力，可破格升任郡里做太守。正所謂「大臣用大人，小臣用小人」。
七月，梁武帝一連發布幾道詔命，號召振興綱紀，加強文治，並對訴訟、司法、用官制度以及倡導儉樸等一系列前朝弊政作出大幅改革，在朝中引起極大震動。尤其是在儉樸方面，梁武帝決定從自己做起，即日起，開始縮減自己的日用開支。如果不是招待貴重來賓，決不上酒水，非要飲酒，也決不超過三盅。平時飲食，以素菜為主，宮中人員不論男女，一律不準穿高廣大服，即使皇后，也不準塗脂抹粉。
建康局勢剛剛穩定，蕭衍又收到大臣王亮等十二人遞交的一份奏章，此奏章以向蕭衍建議新朝當以孝治為治國之本的名義，直陳了蕭衍在孝親問題上的種種不當。譬如他當年在父死後守喪上未能遵從嚴格的祖制，頻繁擔任各種官職；稱帝後在追薦亡親上又先兄後父等等，分明就是一封向新帝的討檄文本。不久，他為紀念新林戰役而建設的法王寺工程剛剛動工，就遭到一些人的批評。蕭衍知道，這個王亮，是越來越拿他不當皇帝了。
八月，蕭寶卷遺妃吳淑媛在東宮為蕭衍順利生下一子。這名嬰兒的提前降生讓外界對他的真正來歷發出多種猜疑，但蕭衍對這位皇子的降生還是感到滿心的歡喜。他為他的次子取名「綜」。十一月，蕭衍宣布立長子蕭統為太子。緊接著是他的三十九歲生日。儘管他自己並不主張做壽，但畢竟是蕭梁立國後皇上的第一個生日，大臣們還是在明堂為他熱熱鬧鬧地舉辦了一次生日慶典。這天清晨，文武百官在壽昌閣向蕭衍賀壽。蕭衍注意到，所有的大臣們都到了，獨獨尚書令王亮稱病未到。
如果說當初蕭衍對王亮不肯在表示擁戴的效忠信上簽字的氣節還有些欣賞，但現在，王亮的一再挑釁，就足以讓他惱火了。偏偏幾天後又傳來前蕭寶卷王朝的又一位儒臣因拒不合作而絕食身亡的消息，這是繼顏見遠絕食身亡後的又一次以絕食的方式抗議新政的事件，從而在建康引起輿論大嘩。那天的早朝上，蕭衍在太極殿公開發起牢騷說：「蕭寶卷朝廷腐朽沒落，遭天譴人憤，朕建立南梁帝國，實在是順天應人，這些士大夫們為什麼就不能理解？」對於這些士大夫們的迂腐，蕭衍實在是忍無可忍了。不久，蕭衍宣布一項新的詔書：削去王亮一切爵位，將其貶為布衣。
蕭梁立國未穩，國內局勢零亂如麻，蕭衍暫時顧不上蕭寶卷留給他的那幾位國色天香，每天批閱奏摺到三更才歇。為了穩定新生的帝國，蕭衍計畫對各大軍區進行一次大換防。他把他的計畫同范雲商量，卻遭到范雲的強烈反對。范雲認為，帝國初建，人心不穩，此時急於換防，只會造成人為的恐慌，更有可能激化已經存在的矛盾。范雲認為，對於新生的帝國來說，目前最需要的就是穩定，穩定是壓倒一切的要務。但蕭衍卻認為，如其讓虎伏在暗處伺機傷人，不如將虎引出山林，再一頓亂棒將其撲殺來得乾脆。
范雲知道，蕭衍目前最不放心的就是江州刺史陳伯之。陳伯之為人首鼠兩端，那一次蕭衍義軍打到江州，陳伯之迫於壓力率城投降；而當義軍打到建康城下時，陳伯之又做起了小動作，結果被蕭衍用計穩住了。陳伯之身邊的幾個謀士一個比一個刁鑽，一個比一個奸滑，江州處於長江要塞、吳楚咽喉之地，江州一旦出事，那就不是一件小事。蕭衍部分接受了范雲的意見，放棄了大換防的計畫，卻把目標鎖定在陳伯之一人身上。
四月，一份新的任命下達江州，此次被派去江州的兩名官員，一個文職，一個武職，都是在江州的要害部門。蕭衍此舉，明顯是要觸動陳伯之的神經，起到引虎出林的目的。
蕭衍在江州摻沙子，當然地激怒了江州刺史陳伯之。他知道，剛剛上台的蕭衍要對他下手了。陳伯之問計於身邊的謀士，那幾個謀士便趁機說，朝廷憑什麼要撤換您的人，憑什麼要在江州安插他蕭衍的親信？這不明擺著要架空您嗎？
陳伯之來氣了，說：「他蕭衍要架空我，我偏不尿他這一壺。」
那幾個謀士要的就是陳伯之的這種情緒，於是進一步說，蕭梁朝廷剛剛建立就遇到百年不遇的洪澇災害，這是蒼天對他的懲罰。現在建康城裡國庫空虛，糧食儲備幾乎為零。大人您沒注意到這幾天火星靠近南斗的位置嗎？這多少年才出現一次的天象說明，又是一個改朝換代的時候