「今年出現了一件特別的事情……歷史上聞所未聞。」
——科隆皇家編年史
征服君士坦丁堡的消息讓歐洲人心情複雜。一方面，他們有了一座堅固的城市，可以作為將來進軍聖地的跳板。另一方面，他們奪取城市的過程又過於可恥。即使是最樂觀的記載，也無法掩蓋這批十字軍遭到了教皇和自己領導者的公開蔑視，被兩次逐出教會，並無可挽回地破壞了與東方基督教世界的關係這些鐵一般的事實。
如果說第四次十字軍東征是一場悲哀的鬧劇，那接下來發生的事情就完全匪夷所思了。由於傳教士們聲稱《啟示錄》中的大災難即將降臨，公眾對收復聖地的熱情依舊高漲，法國各地出現了一系列農民運動。農民隊伍被統稱為「兒童十字軍」，儘管嚴格意義上說，他們既不是十字軍，也不是童子軍。
中世紀的人們沒有忽視一個事實：只有國王未曾參與的第一次十字軍東征取得了勝利。耶穌基督偏愛窮人，願意花時間幫助那些妓女和受壓迫者。《聖經》說，溫柔的人必承受地土。也許正因為基督號召凡間的弱者完成他的工作，所以親王和教皇們才會屢次失敗。
1212年，這些想法在一個名叫科隆的尼古拉斯的德意志年輕牧羊人身上得到了體現。他聲稱上帝顯聖，指引他向南前往義大利。抵達海岸之時，地中海的海水將自動分開，讓尼古拉斯和追隨者們步行前往耶路撒冷。在那裡，他們會讓穆斯林改信基督教，從而和平解放聖城。
這個消息大受歡迎，沒過多久，尼古拉斯就吸引了幾千名追隨者。 他們都是社會底層人士，兒童、婦女、教士、老人，因為貧窮和相信此事而聚到一起。無論他們走到哪裡，歡迎和禮物都接踵而至——對見慣輕蔑的人來說，這種感受簡直令他們飄飄然。那些表示懷疑的神職人員普遍遭到嘲笑，而隊伍經過的每座村莊都有新人加入。
在穿越阿爾卑斯山脈時，他們遇上了第一個麻煩。天氣熱得令人窒息，食物已經耗盡，隊伍也幾乎沒有組織性。大部分參與者以為上帝會提供一切所需的補給。不用說，人員的死亡率高得驚人，多達2/3的「東征者」在穿越山脈時都因無法跟上而被拋棄或是死亡。
倖存者抵達義大利後就散開了。有些人選擇直接前往義大利的各大港口，其他人則試圖去羅馬找教皇。尼古拉斯本人在夏末抵達了熱那亞（Genoa），不過他試圖成為當代摩西的舉動失敗了，海水並未應他的要求分開。在等待了幾周也未出現奇蹟之後，隊伍解散了，人們打算各自尋找前往聖地的途徑。有一群人最遠抵達了馬賽，在那裡，兩個商人答應免費帶他們去耶路撒冷。感激的朝聖者們登上了船，並被立刻運往亞歷山大港，在那裡被當作奴隸賣掉了。
幾乎沒有人再回到過自己的家鄉。那些成功打道回府的人成了笑柄，居民嘲諷他們天真無知，信仰不夠堅定。尼古拉斯可能死在了重新翻越阿爾卑斯山的路上，再也沒能返回德意志。他被視作整場鬧劇的罪魁禍首。由於很多鄉民跟著他踏上了死亡的旅程，他的父親也被憤怒的鄰居們私刑處死。
英諾森三世認為整個事件就是一場悲劇。他接見了「東征者」中的幾個成員，感謝他們的虔誠，並建議他們打道回府。在他看來，事件唯一的積極影響就是表明公眾對東征仍有興趣。
號召新一輪東征的想法，已經在教皇的腦海中縈繞好一陣子了。他很清楚第四次十字軍東征的虛偽性，並認為有必要立刻援助十字軍國家的殘餘勢力。伊斯蘭教的威脅太大，必須調動基督教世界的全部力量。對方的短彎刀隨時準備著給十字軍國家最後的一擊。穆斯林已經在基督顯聖的他泊山上建造了巨大的堡壘，籌備著對東方基督徒的最終攻勢。
每位基督徒都應當行動起來。戰鬥的事情應當由貴族完成，但貧民的力量也應當善加利用。他們可以為勝利祈禱，並同樣獲得好處。英諾森三世開始了自己的政治表演，為所有在物質上和精神上支持東征的人分發十字標記。如今從最窮困的寡婦到最富有的公爵，每個人都為勝利盡到了一分力量。
教皇選擇了義大利南部的港口城市布林迪西（Brindisi）作為集合點，東征的正式出發日期則定在1217年6月1日。英諾森三世讓天主教會支出了3萬磅白銀，並對所有的神職人員徵收了5%的稅費。他命令商人不得與東方口岸進行貿易，並鼓勵他們貢獻船隻用於運送士兵。最後，他還給所有從經濟上支持東征的人發放了贖罪券。這一點尤其受到世俗人士和神職人員的歡迎，因為它讓那些無法或不願親身參加東征的人也能享有精神利益。英諾森三世無意間從經濟上利用了十字軍廣大的群眾基礎。虔誠的捐贈源源不斷地流入了教會的金庫。
沒過多久，歐洲的貴族就有了反應。奧地利大公利奧波德六世、匈牙利國王安德魯二世和其他一些小貴族紛紛答應參加十字軍。不過這些領導人的風頭很快就被神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世宣誓解放耶路撒冷的驚人消息蓋過了。
沒有人可以和腓特烈二世相提並論。他擁有母親的諾曼血統，是財力雄厚的西西里王國的後裔，也擁有父親的德意志血統，是不斷擴張的神聖羅馬帝國的合法繼承人。腓特烈執掌兩大國家，控制了西歐三分之一的土地，而真正讓他決定東征的是自己旺盛的好奇心。
腓特烈對物質世界有著如饑似渴的求知慾。他熱愛收集動物，那些來自遙遠地區的生靈尤其得他歡心。在他統治的末年，西西里的皇宮彷彿成了動物展覽館，大象、河馬、獵豹、黑豹和熊應有盡有，甚至還有開羅蘇丹送來的鳳頭鸚鵡，以及來自格陵蘭的北極獵鷹。他以科學的眼光研究一切，系統地分析這些動物的飲食和習性，甚至還撰寫了幾篇關於獵鷹馴養的論文，在其中對它們的遷徙模式、築巢習慣和日常行為做了詳細分類。
這種好奇心延伸到了人類的身上。為了研究腸和胃的功能，腓特烈解剖過多具屍體。按照當時一名修道士的說法，他還在宴會之後剖開過兩名男子的腹腔，只為進一步探索運動和休息哪種狀態可以幫助人體更好地消化食物。也許他最著名的試驗是那個有關語言學的研究。為了揭示人的天然語言為何，他讓兩個女傭在完全安靜的情況下養育兩個嬰兒，看嬰兒會自己開口說什麼。他猜測的答案是希伯來語，因為那是創世之初的語言，但很遺憾兩個孩子都在試驗完成之前死去了。
腓特烈還會邀請各國學者來宮廷講課。算術、幾何與代數方面的專家都為他撰寫過著作。這不是單純的討好。因為腓特烈與當時的所有人都有一些不同，如果他的研究結果與過去學術權威的結論相抵觸，那他會立刻提出質疑。對一個連亞里士多德（Aristotle）都敢批判的人，阿諛奉承恐怕起不到什麼作用。這些獻給排特烈的專著是為了得到腓特烈的贊助。他還試圖打造一個國際學者交流會。從很多方面來說，他都是一名具有濃厚文藝復興風格的君王，儘管此時距離文藝復興時期還有兩個世紀。
如果腓特烈生活在米開朗琪羅（Michelangelo）和達·芬奇（da Vinci）的時代，就不會顯得如此格格不入了。他精通自己廣袤領土上的國民所使用的6種主要語言，還是個頗具成就的詩人，其作品在現代義大利的發展中起到了重要的作用。作為一位天賦異稟的政治家和開明的統治者，他創建了西歐最早的大學，禁止了嚴刑拷打的審訊，因為它違背了理性原則。
腓特烈設立了一所醫學院來培養執業醫師，並私人捐贈了許多珍貴的藏書作為課本，希望學生可以「從古井中汲出新水」。他願意自費資助那些對醫學感興趣的學生，還派遣了帝國護衛當作他們遊學時的保鏢。這些學生旅途的額外費用也可以獲得貼息貸款的支持。
腓特烈在管理兩個國家的同時，還抽空撰寫了幾部醫學專著，教導獸醫如何合適地照看馬匹，旁聽了當時最富盛名的學者講座，甚至成了一名執業醫師。他的宮廷成了歐洲知識分子的聚集中心，他親自設計的宮殿則充滿了拜占庭、北非等世界各地的藝術元素。人們尊稱他為Stupor Mundi，意為「世界奇蹟」。
因此，當腓特烈在美因茨的一場儀式上發表感人肺腑的宣言，宣布自己要參加東征時，引發了巨大的轟動。他的加入必將帶動神聖羅馬帝國的許多上層貴族，從而極大地增強這批十字軍的實力。
諷刺的是，對這個消息最不興奮的人是英諾森三世。他出於政治原因，非常不希望腓特烈二世加入東征。神聖羅馬帝國控制了羅馬以北的地區，而西西里王國則位於羅馬南邊。以往的教皇都會利用西西里王國來對付咄咄逼人的神聖羅馬皇帝，但現在卻不可能了。腓特烈既是皇帝，又是西西里國王，他的勢力完全包圍了羅馬，成了教皇的夢魘。
正因如此，英諾森之前用盡一切辦法，想要阻止腓特烈同時繼承兩個國家。他對西西里無計可施，因為腓特烈在兩歲的時候就加冕了，王國也沒有其他合適的候選人。