當教皇英諾森三世得知君士坦丁堡所遭遇的災難時，他立刻預感到了這場災禍會帶來什麼樣的後果。教皇勃然大怒，對所有參與其中的人處以絕罰的懲戒，他大聲疾呼，宣稱基督教世界教統一的夢想將永遠無法實現。他寫信給自己的特使，詢問東方的希臘人怎樣才能夠原諒他們的天主教兄弟，這些兄弟的利劍上依然流淌著手足的鮮血，並且曾經背叛和玷污了他們最神聖的土地。 英諾森三世最終做出了合乎情理的解釋，他認為東方的基督徒們如今已經對西方拉丁人恨之入骨，比痛恨惡犬更甚。
同時，君士坦丁堡的新主人似乎也在不斷激化當地的社會矛盾。人們匆匆清理了聖索非亞大教堂的廢墟，這裡幾天前還有一名娼妓在牧首的聖座上休憩取樂。一名拉丁人皇帝登上了帝國的寶座，拜占庭的殘骸之上從此將舉行西方的典禮儀式。眾多貴族階級被賜予豪宅，眾多半獨立王國組成的政體取代了原本獨立的中央集權的帝國。一名十字軍騎士佔領馬其頓，自稱為塞薩洛尼基的國王，另一人則自立為雅典公爵， 在拜占庭最為衰敗的歲月中，也未曾有過如此任人擺布的時刻，甚至連拉丁人都能夠鳩佔鵲巢。
令人矚目的是，雖然都城此時此刻的災難令人扼腕，但大部分城郊的拜占庭人生活都堪稱富足。隨著第四次十字軍東征前皇帝的中央集權被削弱，拜占庭的城鎮和村莊逐漸發展繁榮。西方、東方和伊斯蘭世界的商人聚集在此，公平競爭，販賣那些充滿異國情調，來自俄國、印度、中國和非洲的商品。城市人口飛速膨脹，因為腐敗麻木的帝國政府已經無法收取稅賦，人民能夠將財富保留在自己手中。皇帝再也無力建造奢華的建築物，因為國家的財富已經幾近枯竭，然而，普通市民的經濟實力卻有所提升，城市逐漸成為個人炫耀財富的競技場。一種新的人文主義精神逐步興起，人們的求知慾也越發高漲。拜占庭藝術數世紀以來已經形成了特定的風格，如今突然有了全新的發展，變得更加生活化；作家們開始從古代世界混亂、陳舊的著作風格中脫離出來；個體贊助人開始對充滿生氣的本地藝術作品提供贊助，壁畫和馬賽克鑲嵌作品大都以私家住宅為主題。雖然帝國的財富逐漸枯竭，拜占庭的精神卻繼續繁榮發展，即使是第四次十字軍東征帶來的巨大災難也未曾長久壓抑這種精神的延續。
儘管文化和經濟開始恢複，帝國的力量依然不可避免地走向衰竭。阿歷克塞·穆澤福魯斯曾經嘗試與他的共治皇帝、遭到流放的阿歷克塞三世一同組織一次反擊，但他愚蠢不堪的同盟卻選擇了背叛，十字軍最終判處穆澤福魯斯死刑，將他從高聳的狄奧多西紀念柱頂端拋下。在遙遠黑海岸邊的特拉布宗，昏君安德洛尼卡的孫子們宣布他們自己才是正統皇位繼承人；同時在伊庇魯斯，阿歷克塞二世的曾孫也做出了同樣的聲明。然而，帝國如今最強大的力量聚集在尼西亞，當地牧首擁立阿歷克塞三世的女婿狄奧多爾·拉斯卡利斯為皇帝。
當難民和財富同時擁入以東正教信仰和拜占庭文化為根基的尼西亞避難所之時，十字軍在君士坦丁堡建立的拉丁帝國正逐漸衰弱。不到一年，一支保加利亞軍隊便成功攻破此地的防線，將拉丁帝國軍隊擊敗，俘虜了無力抵抗的皇帝，並允許狄奧多爾·拉斯卡利斯重新佔據大部分小亞細亞西北部的疆土。然而，繼位的拉丁皇帝並未正面應對尼西亞城的危機，而是專註於從君士坦丁堡人民手中榨取財富，禁止他們享受宮廷式的奢華生活。
最終，塞爾柱突厥人在帝國後方掀起的威脅阻止了尼西亞的皇帝進一步利用拉丁人的弱點；但公元1242年，一支可怕的蒙古騎兵突然來襲，事態發生了頗具戲劇性的轉折。蒙古可汗重創前來進犯的突厥部隊，然後迫使塞爾柱蘇丹成為他的臣屬，並承諾每年向他進貢數目巨大的馬匹、獵犬和黃金。蒙古騎兵或許將下一個目標對準了尼西亞，但令人意外的是，他們在第二年突然撤兵，留下了飽經蹂躪的塞爾柱王國。拜占庭人此時大大鬆了一口氣，似乎上帝終於決定將他們從災禍中解救出來，或許還能夠賜予他們一個強大有力的新同盟。聶斯托利派的基督徒曾經被放逐出拜占庭帝國，在7世紀到達蒙古地區，雖然可汗似乎還未完全接受一種新的宗教，眾多蒙古權貴，包括成吉思汗的兒媳，卻都成了基督徒。無論蒙古人是否樂於接受這種宗教，蒙古國的多次進攻最終導致尼西亞獲得自由，重新開始醞釀佔領君士坦丁堡的計畫。
通過謹慎的外交策略和軍事行動，尼西亞逐步對動亂頻發的拉丁帝國施加壓力。如今，十字軍王國的領域顯然已經只剩君士坦丁堡一座城池，並且處於長期盤桓的陰影之下，城中四處是破敗的街道和荒廢的宮殿。皇帝鮑德溫二世感到十分恥辱，但如今帝國貧困潦倒，只能被迫廉價出賣宮殿屋頂上的鉛換取錢財，這些宮殿也隨著帝國的衰落而搖搖欲墜。在皇帝不顧一切搜刮金錢的過程中，他甚至開始典當在洗劫中倖存的所剩無幾的文物古迹。公元1259年，一名勁頭十足的年輕將領米海爾·巴列奧略在尼西亞加冕為帝，鮑德溫徹底失去了在權力鬥爭中的地位，很少有人質疑這位年輕將領米海爾的能力，都認為他能夠挽救城市於水火之中。一切不過是時間問題。
尼西亞依然處於混亂與動蕩之中。米海爾時年34歲，攝政王在前任皇帝葬禮的儀式上被殘忍殺害之後，他正式開始執政，但當米海爾在聖誕節當天正式加冕為帝時，整個帝國已經逐步強大繁榮起來，遠超拉丁帝國。1261年夏天，米海爾與主要對手熱那亞簽訂合約，緩和了威尼斯海軍的威脅，又派出他的愷撒阿萊西奧斯·史特拉特高普羅斯去勘察君士坦丁堡防禦的強度。當愷撒於7月率領800士兵到達城外時，當地農民立刻報告說，拉丁衛隊同威尼斯海軍一起，正在進攻一座博斯普魯斯海峽上的島嶼。史特拉特高普羅斯簡直無法相信自己的好運，立即率領部下躲藏在一座城門外不遠的修道院中，直到夜晚降臨，藉助夜色掩護成功躲過了城門守軍的搜查。愷撒在附近發現了一扇未曾上鎖的小後門，於是派出一隊士兵暗中進城，打倒守衛，然後打開了主城門。1261年7月25日清晨，尼西亞軍隊蜂擁而入，喊聲震天，他們舉起利劍敲擊盾牌，發出巨大的響動。皇帝鮑德溫二世大驚失色，將皇冠拋在地下，匆忙逃出了布克里昂的皇宮，他在附近找到了一艘威尼斯的船隻，然後坐船逃走。幾小時內，一切都結束了。威尼斯人的駐地被付之一炬，返回的威尼斯海軍忙於拯救他們的親屬，根本無力及時還擊。
城內的拉丁人根本沒有想到動手抵抗，而是驚恐萬分地四散奔逃。他們已經完全迷失了方向，只得躲藏在教堂中，將自己假扮成修道上，甚至躲藏在下水管道中躲避襲擊。當他們小心翼翼地從躲藏之處現身後，卻發現周圍根本沒有發生任何屠殺。拜占庭人回歸故鄉，只不過是為了謀生，並非為了劫掠。狼狽不堪的拉丁人匆忙地來到港口，登上返回威尼斯的船隊，慶幸拜占庭人在戰勝後表現得十分克制，並沒有像他們的十字軍先人那樣肆意妄為。
這個令人震驚的消息傳到米海爾·巴列奧略的耳中，此時他正在200英里外的帳篷中沉睡。起初米海爾完全不相信自己的軍隊已經佔領城市，直到目睹鮑德溫丟棄的節杖；重新奪回都城也是他長久以來的夢想，卻從未期盼能夠真正實現。1261年8月15日，他步履莊嚴地邁進黃金城門，走向聖索非亞大教堂，在那裡他正式加冕為米海爾八世。57年的流亡生涯之後，拜占庭帝國重歸正統。
米海爾八世重新回到了君士坦丁堡，但此時這座城市僅剩下曾經輝煌都城的蒼白暗影。每一個角落都有廢棄燒焦的房屋，仍然未能從50年前的洗劫中恢複元氣，始終風雨飄搖，每況愈下。教堂遭到洗劫，荒廢大半，宮殿也大多破敗腐朽，珍貴的寶藏散落四處。規模宏大的狄奧多西城牆亟須修理，帝國的港口無人保衛，隨時可能陷入危機，周圍的鄉村地區也遭到了毀滅性的破壞。城中的居民已經精疲力竭，對於未來是否能有一位皇帝拯救他們絲毫不抱希望，從公元780年的伊琳娜女皇到1204年的阿歷克塞·穆澤福魯斯，這座城市半數的統治者最終都遭遇了被人推翻的命運。然而最糟糕的是，拜占庭世界長久以來的統一狀態已經被徹底顛覆——帝國在特拉布宗和伊庇魯斯的分裂疆域依然堅持獨立，對極度衰敗的拜占庭勢力而言無異於雪上加霜。似乎只有西部才是唯一的救贖希望，但第四次十字軍東征早已嚴重破壞了西部的對外關係。
如果任何人有機會彌補傷害，毫無疑問，這個人選只能是米海爾八世。此時這位皇帝還不到40歲，精力充沛，雄心勃勃，在他輕鬆愉悅的微笑背後，隱藏的是極其智慧敏捷的頭腦。他出身正統，十分高貴，身上流淌著帝國世系中超過11位皇帝的血液，三個王朝中有著他的祖先。米海爾不僅出身名門、能力卓越，並且比周圍的任何人都更具聰明才智。他的第一個任務便是鼓舞全城人民的低落士氣，同時十分果決地興建新的建築，修補城牆，重建教堂。在聖索非亞