在諾曼王國走向終結的過程中，有一個中心人物顯然沒有參與。這個人就是威廉二世的姑母康斯坦絲。她的侄兒曾許諾將王國傳給她，亨利六世以她的名義入侵併征服了西西里，但康斯坦絲卻錯過了他的加冕儀式。
儘管康斯坦絲擁有奧特維爾家族血統，並且嚴格意義上是西西里的統治者，但她卻從未跨越海峽參加西西里的慶典。她在歐洲大陸生活，並在那裡生下了亨利六世唯一的兒子。由於他在阿西西（Assisi）受洗，因此被當地人稱為「阿普利亞之子」，並深受南義大利人歡迎。他的教名是腓特烈和羅傑，以此紀念他的兩位祖父，並體現了大家對他的希望：即能擁有腓特烈一世的英勇鬥志，又具備羅傑二世的治國之才。
如此期望簡直令人目眩。他出生時人們的慶祝堪比彌賽亞降臨。人們預期他的統治就如同完美的太陽，沒有烏雲遮蔽，不會受到侵蝕。
腓特烈二世的青年時代在華麗宜人的宮殿中度過，身邊不是穆斯林導師的教導就是奢華的享受，但他的童年時代並沒有陽光。兩歲那年他的父親去世，自己被送到德意志繼承皇位。途中他發現叔父斯瓦比亞的腓力（Philip of Swabia）質疑自己的繼位，並已經發動了內戰。腓特烈二世被送回巴勒莫，於公元1198年5月17日加冕。其母康斯坦絲試圖安撫臣民，於是斷絕了與德意志帝國的所有聯繫。她把專橫的帝國顧問遣送回國，放棄腓特烈二世對德意志帝位的繼承權。不幸的是，康斯坦絲本人也在同一年去世，三歲半的腓特烈二世成為孤兒，交由教皇照料。
由於腓特烈二世要依賴教廷，他那些炫麗的頭銜看起來不過是毫無意義的嘲諷，而更糟糕的羞辱還在後面。年事漸高的教皇沒有興趣恢複腓特烈二世在德意志的利益 ，事實證明他甚至無力保護腓特烈二世在義大利的領土。叔父腓力率領的德意志軍隊成功入侵那不勒斯，並在熱那亞的幫助下跨過西西里，控制政府。德意志人甚至都懶得正式罷黜腓特烈二世；他們已經完全無視他的存在，只是以其名義進行統治。
腓特烈二世遭到囚禁，已經完全被無視了。他只能在巴勒莫的街頭遊盪，由富裕的市民每周或每月輪流提供日常餐食。對於年輕的腓特烈二世來說，他顯然上了重要一課：人生的成功不是出自頭銜或地位，而是實現目標的意願。他周圍每個人都試圖利用自己，因此他不會相信任何人，而是把自己的籌碼深藏不露。成功顯然屬於更加自私、更加殘酷的目標追求者。
14歲那年，腓特烈二世結束了未成年時期，正式執掌西西里政權。他很大程度上有名無權，他在宮中發表講話，充分表露出沮喪之情，也體現出他的彌賽亞傾向：
「國民們，聚集起來，過來看看，是否存在像我這般的悲傷。我的父母去世時，我還沒有感知到他們的愛撫。我出自一個令人敬畏的家族聯盟，但從小就被交給不同的僕人，但他們在侍奉我和皇室成員時只是敷衍了事……我不是君王：我沒有統治，而是被統治者；我乞求恩寵，而不是賜予恩寵。我一次次地乞求你們，地上的王公們……釋放愷撒之子吧！」
腓特烈二世努力在義大利樹立自己的權威，而一場危機正在德意志醞釀著。他的叔父腓力在一場曠日持久的內戰中敗給了貴族不倫瑞克的奧托（Otto of Brunswick）。儘管教皇本該維護腓特烈二世的利益，但他卻給叛亂篡位的奧托加冕。這個34歲的篡位者轉而把腓特烈二世視作王位的首要威脅。他剛剛準備就緒，便入侵義大利，試圖消除這個威脅。他的軍隊橫掃卡拉布里亞，無人阻擋，而16歲的腓特烈二世正在尋找盟友。
令人驚訝的是，教皇第一個同意結盟。自從諾曼人在南義大利建立王國後，歷代教皇都把它視作抵抗德意志帝國的堡壘。由於腓特烈二世是德意志和西西里兩國的君主繼承人，他也變成教皇的夢魘：羅馬從南到北將被一個強權包圍。因此他特地為奧托加冕，阻止這一情況發生，但如今奧托進軍義大利，極有可能拿下西西里，這又會把教皇的噩夢變成現實。教皇得到了兩個承諾——繼續十字軍東征，德意志和西西里君主永遠不再由一人獨攬，隨後便轉而支持腓特烈二世。
至少從短期來看，教皇徹底轉變立場的選擇非常明智。奧托的侵略看似不可阻擋，但實際上來也匆匆去也匆匆，因為教廷在他不在場的情況下便將其逐出教會。這場勝利的遠征變成了尷尬的競賽，他要搶在腓特烈二世之前登上王座，而後者將西西里交給妻子治理，返回德意志。他搶先一步，抵達德意志西南部城市美因茨。
儘管腓特烈二世的王位繼承權更合法，但他和奧托起初都不曾佔據上風。南方的貴族從來沒有完全支持過奧托，這一次他們支持腓特烈二世。但北方的貴族卻更傾向於支持他們熟知的「惡魔」奧托，而非自己並不了解的腓特烈二世。雙方陷入僵持，誰都無意冒險進攻，除非確定自己握有某些優勢。小心謹慎很有必要。兩軍在第一次也是唯一一次衝突中基本相持不下，直到奧托的坐騎受傷，侍從才焦急地護送他離開戰場。此時謠言四起，說他拋棄了大軍，結果導致撤退變成了潰敗。奧托回到北方的一處家族領地，堅持抵抗了三年。
公元1215年盛夏，腓特烈二世在首都亞琛再次加冕。這場慶典並不完美，因為教皇在賜予他「皇帝」頭銜的問題上拖沓不決。但無論是國王還是皇帝，腓特烈二世現在面臨著一個重要的問題：他在哪裡立足？他控制著歐洲另一端的國家，中間隔著阿爾卑斯山和敵對的倫巴第諸國。巴勒莫和亞琛都是西歐世俗權力的中心。
如果只考慮個人威望的問題，這個選擇很容易做出。「皇帝」的宮邸、查理曼的繼承人，以及——至少從宣傳上說——古羅馬帝國的榮光，顯然勝過西西里王國。然而，他還有更加實際的考量。在德意志腓特烈二世權力受限，他要對封建貴族負責，而這些貴族聚集到他的麾下，並非出於忠誠，而是要擺脫先前的統治者。但另一方面，在西西里，他將是擁有絕對權力的君主，可以隨心所欲制定法律。在南義大利，他也更有在家的感覺。儘管腓特烈二世擁有條頓人的名字，但他是南方諾曼人的後裔。他在巴勒莫成長，這裡塑造了他的神形思想。因此，當他面臨選擇時，他毫不猶豫地回家了。之後大約35年間，他只回過德意志一次，只是短暫停留。
可以料到教皇對此憤怒至極。教皇支持腓特烈二世的條件之一，就是後者將南義大利傳給其子，將勢力範圍限定在德意志。因此腓特烈二世才重新立誓，參與十字軍東征，以圖安撫教皇。如果說腓特烈二世當即備戰，他的表態會更有效果，但事實上他對耶路撒冷幾無興趣，對基督教更沒興趣。有時他還卑鄙到嘲諷自己軍中的基督教元素。在一次戰鬥途中，他指著一片麥地說「你們的上帝就在這裡生長」——這話是在貶損聖餐餅。
然而，如果說他對宗教沒有興趣，他對其他一切事物倒是充滿好奇。他的好奇心永遠都不滿足，如果學界權威的觀點與他的觀察結果不合，他願意一反常態地抨擊這些權威，如普林尼、希波克拉底和亞里士多德。他收集了各種動物，尤其喜歡異國物種。他集齊了大象、長頸鹿、駱駝、獵豹、黑豹、猴、熊和開羅蘇丹送來的珍禽——白色鳳頭鸚鵡。不過他不只是動物愛好者。他用科學的方式接觸萬物。例如，他曾記錄蒼鷹瞄準獵物時眼睛會瞪大，還記載過兩種獵鷹的不同並非過去傳統所論述的那樣。他寫了數篇關於馴鷹的論文；還將鳥分類，並研究它們築巢、遷徙的方式和日常習慣。
他邀請各國學者入宮。數學、幾何學和代數學專家都為他寫過論文。醫學在歐洲其他地區幾乎不存在，但他解囊資助。那不勒斯成立了一所大學，成為義大利僅有的兩個獲准教授醫學的地方之一。 未來的醫生需要該校專家委員會授予執業許可，方能服務病人，這樣就為質量控制提供了統一標準。學校獲贈一批希臘文和阿拉伯文文稿，這樣（如腓特烈二世所說）有助於學生「舊瓶裝新酒」。學生都有補助，在外旅途中還有皇家衛兵保護，這一切都由國王出資。學生們也被低廉的學費和實用的補貼款所吸引，紛紛來到那不勒斯求學。
腓特烈二世是一位多產作家，他完成了數篇醫學論文，甚至親自開業行醫。在處理政務期間，他抽時間指導獸醫照顧馬匹，參加最著名的數學家的講座，還親自試驗，切開屍體的腹腔，探索腸胃功能。
他還是一位頗有成就的詩人，熱愛語言學 ，曾試圖實現義大利語的標準化。但丁為完成這一任務做出了主要貢獻，他非常認可腓特烈二世，稱其為義大利詩歌之父。腓特烈二世精通西西里王國境內所有語言，包括義大利語、希臘語、拉丁語、阿拉伯語、德語和法語。
正如祖父羅傑二世一樣，他大力資助藝術，在（自己設計的）宮中填滿了馬賽克藝術品、大理石、油畫和雕塑。他在巴勒莫的宮殿成為歐洲著名的學術中心，儘管離文藝復興運動還有兩個世紀，這裡已經成為