根據中央軍委及第四野戰軍的指示，第15兵團經過1個多月對情況的了解和研究，初步形成了進攻海南島的決心和實施方案。1950年2月1日至2日，中共華南分局第一書記葉劍英和鄧華、賴傳珠，在廣州主持召開作戰會議。
參加會議的有：洪學智、第12兵團副司令兼第40軍軍長韓先楚、第43軍軍長李作鵬、政治委員張池明以及瓊崖縱隊副司令員馬白山、參謀長符振中等人。
會議分析研究了敵我雙方的形勢和戰役特點，認為國民黨軍雖有10萬餘眾，但士氣低落，戰鬥力不強，並且處於環島防禦和同解放軍與瓊崖縱隊兩面作戰的情況下，兵力相對分散，短時間內難以集中優勢兵力同解放軍作戰；解放軍在全國勝利的鼓舞下，士氣高昂，戰鬥力很強，並有瓊崖縱隊的配合接應，島上有根據地、游擊區可以立足，迴旋餘地大；海南島海岸線長，登陸點多，國民黨軍防不勝防，便於解放軍偷渡和強渡與瓊崖縱隊形成裡應外合之勢。
然而，國民黨軍雖然戰鬥力弱，卻有瓊州海峽天險與海、空軍配合作戰，具有相當優勢，不可輕視；解放軍雖戰鬥力強，卻船隻不足，無渡海作戰的經驗，無海、空軍配合和對付國民黨軍飛機、軍艦的有力武器，在渡海未登陸之前還形不成戰鬥力。
在這種情況下，解放軍如何乘木帆船渡過瓊州海峽並打破國民黨軍的海、空封鎖，即成為海南島戰役成敗的關鍵。
圍繞這一問題，在會議討論中，大家覺得，只有夜間大批偷渡，敵人不易發覺，才可使敵機、敵艦無法發揮作用。海南島比較大，登陸點多，又有瓊縱接應，小批偷渡是可以上去的。只要上去幾批與瓊縱會合，增加島上力量，就能接應我軍主力大規模強行登陸。
因此，會議最後確定了渡海作戰採用「積極偷渡，分批小渡與最後登陸相結合」的戰役指導方針。會議同時決定：第40、第43軍在農曆年前爭取各渡過1個團，取得經驗，以利再戰；為加快航速、減小損失和風潮的影響，渡海工具以改裝機帆船為主。
按一次載運3萬人計算，準備改裝機帆船600隻，修理及購買登陸艇30艘。這一工作須在5月前完成，6月即發起大規模登陸作戰。由於國民黨軍白天以飛機轟炸雷州半島，夜間以軍艦巡邏瓊州海峽，建議第四野戰軍增調高射武器和重炮于海峽沿岸地區，掩護船隻和部隊訓練。
會議結束後，第15兵團將會議確定的作戰方針和實施計畫上報第四野戰軍和中央軍委。第43軍則準備以1個團先行偷渡。
2月10日，林彪、鄧子恢等人致電中央軍委並轉毛澤東：「據鄧華、賴傳珠來談：海南島作戰，我軍如一次以一個軍登陸，則船隻問題極難解決，同時又無法對付敵之海空軍擾亂。因此，他們建議在此時間內，先行以偷渡的辦法，到達海南島後即與馮部會合，打小規模的運動戰與游擊，然後大部隊再設法渡海。」並表示：「我們同意43軍一個團先行渡海，並亦同意其他部隊尋機陸續渡海」。
12日，毛澤東在蘇聯複電林彪：「同意43軍以一個團先行渡海，其他部隊陸續分批尋機渡海。此種辦法如有效，即可能提早解放海南島。」（《建國以來毛澤東文稿》第1冊，中央文獻出版社1987年11月第1版，第259頁）