1949年初，蔣介石任命薛岳為廣東省政府主席，余漢謀為廣州綏靖公署主任。4月下旬，人民解放軍發起渡江戰役後，國民黨政府南遷廣州。
7、8月間，解放軍第4、第二野戰軍布陣湘、贛，第三野戰軍南下福建，廣州岌岌可危。8月23日，國民黨政府代總統李宗仁召集兩廣軍政首腦余漢謀、薛岳、陳濟棠、白崇禧等人，商討對策，並將余漢謀的廣州綏靖公署改稱華南軍政長官公署，賦予余漢謀統一指揮廣東境內陸、海、空軍的權力，要求他與白崇禧主力配合，「鞏固粵北，確保廣州」。
這時，廣東全境計有國民黨正規軍劉安琪第21兵團（轄第32、第50軍）、沈發藻第13兵團（轄第23、海軍第4軍區、5個保安師、5個縱隊、虎門要塞司令部、海南警備司令部、廣州衛戍司令部、廣州保警部隊、稅警部隊、鹽護部隊、交警部隊等特種兵及地方部隊4萬餘人。這些部隊，看起來數目不少，但吃飯的多，管用的少，而且劉安琪、胡璉等蔣系中央軍，余漢謀是指揮不動的。於是，余漢謀首先把他自己的舊部布置在湛江、肇慶、海南等地，第70軍）、胡璉第12兵團（轄第10、第18軍）及第39、第62、第63、第64、第109軍共11個軍31個師，12.5萬人。另有空軍第1軍、以圖萬不得已時，退至湛江，以海南為基地，雷州半島為外圍，坐觀時局，據守待變。
9月7日，蔣介石由重慶電示參謀總長顧祝同，重申他的守粵方針：「應集中現有駐粵兵力，保衛廣州革命根據地，為目前剿共軍事革命戰略之最高指導原則，如有餘力，則可擴大範圍，以期保衛華南，萬不可再蹈保衛長江全線，而放棄京滬重地，以致江防部隊，幾遭全部被殲之覆轍。」蔣介石強調：「對現駐粵中之第50、第39、第63、第109軍之建制，切莫再分割使用，以免陷於被動，為匪各個擊破，今後一切部署，均應准此原則實施，切莫舉棋不定，俾確保革命基地。」（《國民革命軍戰役史》第5部，《戡亂》第6冊，《戡亂後期》（上冊），台灣「國防部」史政編譯局1989年版，第357頁）
根據這一指令，余漢謀又作了一些調整。至9月底，廣東國民黨軍布防的具體情況是：第39、第63軍於樂昌、曲江、南雄一帶組成第一道防線；第23、第50軍和第70軍於英德、翁源一帶組成第二道防線；第32軍和第109軍於廣州外圍的花縣、從化、河源、增城、博羅、惠陽一帶組成第三道防線；第10軍和第18軍布防於潮汕，相機增援廣州；第62軍和第64軍布防於雷州半島和海南島，保護後撤道路；其餘各特種兵及地方部隊均駐防於轄區。余漢謀的打算是，爭取穩住粵漢鐵路的廣州至曲江（今韶關市）一線，控制由湖南、江西入粵的交通要道，阻止解放軍進軍廣東，如果一旦頂不住，則撤往雷州半島、海南島或廣西。