金門戰役失利，是「解放戰爭以來的重大損失」。解放軍兩批登陸部隊（3個多團9000餘人）6000人英勇犧牲，3000人被俘。國民黨軍傷亡7000餘人。蔣經國戰時由台北飛往金門「勞軍」，也不禁哀嘆戰場印象：「俯瞰全島，觸目凄涼」，「遍地屍體，血肉模糊」。（《蔣經國自述》，第298頁）
三野在檢討失利原因時指出：此次金門戰役失利，「不是由於敵人的強大或頑強，而是由於指導思想上（重廈不重金）、（輕敵急躁），缺乏細緻的組織工作與技術上的充分準備，受氣候變化及地理條件的影響，後續部隊不能繼續渡海登陸，以致眾寡懸殊，而有此慘痛結果」。（《第三野戰軍政治部關於金門戰役失利後的政治工作指示》）
具體來說，主要原因有：
第一，準備工作失策。
第10兵團司令員葉飛回憶說：「事後表明金門尚未解放之時，我即將兵團部移駐廈門，這是一個失策，因為這影響了解放金門的準備工作。」之所以發生這種失策，「這是因為輕視了金門，認為金門沒有什麼工事。」（《葉飛回憶錄》，解放軍出版社1988年版，第598頁）
第二，麻痹輕敵。由於進軍福建作戰十分順利，以及攻擊廈門的勝利，從而主觀上產生輕敵麻痹的思想情緒。
第三，缺少渡海登陸的經驗。對由大陸作戰向海上作戰的轉變，以及渡海作戰的困難認識不足，缺少渡海登陸的經驗，只「以3個半團9000人進攻金門島上之敵3萬人，無援、無糧，被敵圍攻，全軍覆滅。」（《毛澤東軍事文集》第6卷）
第四，缺乏作戰的統一指揮。毛澤東認為，參加金門作戰的「是3個不同建制的團，又無一個統一的指揮官，由3個團長各自為戰。」（《毛澤東軍事文集》第6卷）
金門戰役失利的教訓是極為沉痛的，它再次證明了毛澤東、朱德的名言：「戰略上要鄙視敵人，戰鬥上則要小心謹慎」，「弱敵當做強敵打」。
葉飛在總結這一戰役失利的教訓時談到：
第一，是船隻不夠，只能一次運載3個團，而這麼少的這樣寶貴船隻又在第一批登陸後擱淺在海灘上，全部喪失，以致後續第二梯隊完全無法登陸。
第二，就是違背了渡海登陸作戰的規律。渡海登陸作戰，無論你兵力多大，首先要奪取和鞏固登陸灘頭陣地，然後才可以向縱深發展……28軍登陸，首先奪取了金門古寧頭灘頭陣地，這是對的；但是，第一梯隊登陸部隊沒有立即構築工事，鞏固灘頭陣地，後續第二梯隊尚未到達，只以一個營兵力控制古寧頭，就向縱深發展，又犯了違背渡海登陸作戰的規律，犯了兵家大忌。
第三，第一梯隊3個團的兵力登陸，竟然沒有一名師指揮員隨同登陸統一指揮。從宏觀上看，攻金門失利的教訓在於，在現代戰爭的條件下，沒有制海權、制空權，要實行大規模渡海登陸作戰是非常困難的。（《葉飛回憶錄》，第606～608頁）