9月25日，第10兵團完成了漳廈戰役第一階段的作戰任務，解放了以漳州為中心的閩南大陸，共殲國民黨軍1.7萬餘人，廈門、金門國民黨軍暴露在解放軍的攻擊面前。28日，第28軍主力到達廈門東北地區之石井集結。
9月26日，葉飛在泉州作戰會議上提出了金廈同取、先金後廈、先廈後金3種方案。古往今來，軍事上一直是金廈並稱。因為兩島唇齒相依，相鄰並列，扼台灣與大陸海上交通要衝，緊緊拱衛閩南大陸，是東南海防要地。
會上大家對3種方案一一作了分析。
第一是金廈同取。其利端是可造成國民黨軍指揮及兵力火力的分散，使其顧此失彼，可求全殲；但徵集船隻十分困難。
第二是先金後廈。這可形成對廈門的完全包圍，暴露廈門的側背防禦弱點，便於我乘隙攻擊；但廈門國民黨軍已有逃跑跡象，如先攻金門，廈門之敵極有可能逃跑而達不到全殲目的。
第三是先廈後金。其利端是當面之敵清楚，距離近，便於準備，攻擊易於奏效；但一旦廈門攻下，金門之敵也可能逃跑，同樣達不到全殲。
與會者點頭稱是。於是決定由第28軍擔任攻取金門，第29軍和第31軍擔任攻取廈門的任務。
會後，葉飛立即深入部隊，卻發現第29軍只有3個團用的船隻，第31軍和第29軍差不多，而第28軍只有1個多團用的船隻。看到這種情況，葉飛的雙眉緊緊地皺在一起。時不可待，怎麼辦？他經一番深思，決定改變原方案，而採取先廈後金的第三方案。10月7日，他將這一方案報告野司。野司首長複電：「如考慮條件比較成熟，則可同時發起攻擊；否則是否以一部兵力（主要加強炮火封鎖敵船阻援與載逃）牽制金門之敵，此案比較妥當……請你們依實情辦理，自行決定之。」
葉飛分析說：「國民黨軍雖然在拚命作頑強固守，但也顯露出恐慌動搖心理。湯恩伯總部後方和廈門補給司令部移到小金門，巡防處也從廈門移到金門總部，軍級以上指揮機關移到軍艦上辦公，技術兵團等撤往台灣。種種跡象表明，湯恩伯口硬卻心虛，並無堅守的信心和決心。」他揮動著拳頭，堅定地說：「我們應趁敵士氣瓦解之際，一鼓作氣，同時進攻金廈兩島。」
葉飛下達作戰命令：第31軍及第29軍攻取廈門。第28軍攻取大、小嶝島，並作攻金門準備。待攻佔廈門後，再打金門。