唐生智的這個決策在當時是比較明智的。南京是座江城，這麼多部隊要渡江，加上難民，缺乏足夠船隻，而城外雖布滿日軍，但是空隙仍然非常大，同時大規模反向突圍，日軍也難以料及。
問題是此時軍心已寒，大數人還是想往後逃。唐生智自己也不是沒有漏洞，他千不該萬不該，在發完書面命令後，又畫蛇添足般地向參戰的中央軍部隊傳達了口頭指示：「如不能全部突圍，有輪渡時可過江，向滁州集結。」
命令的嚴肅性一下子降低了，也再次顯示出由於不是自己的嫡系部隊，唐生智在掌控部隊方面確實存在不小的問題。因為有此一說，除粵軍大部奉令向城外突圍外，其餘部隊包括七十四軍在內，都自行選擇了過江到滁州集結。
按照俞濟時的囑咐，王耀武將七十四軍殘部分成兩撥，一撥在八卦洲附近綁紮木排，一撥趕到下關碼頭坐船。當王耀武親自率部準備前往下關時，卻遭到了三十六師的攔阻，該師按照唐生智的命令，阻止各部隊向下關撤退，並不斷開槍示警，子彈從頭頂唧唧地飛過。
看到這一情形，不少官兵又氣又急，有的說我們沒有叫日本人給打死，倒很有可能死在自家部隊的槍下，真正是冤枉，還有的乾脆提出跟三十六師對打，說不準還能擠出一條求生之路。
眼看無法通行，王耀武深怕再耽擱下去會過不了江，便決定繞道前往挹江門。行進途中，人喊馬嘶，亂到了極點，各部隊都有很多遺棄的傷兵，其中勉強能夠行走的，才能自己拄著棍子前往下關。這種情景是很讓人痛心的，因為這些被遺棄的傷兵都只會面臨一個結局，那就是被日軍殺害。有的傷兵憤怒地罵道：「你們都逃了，把我們甩在這裡。早知如此，誰肯打仗！」
王耀武只能裝作充耳不聞。到了挹江門，他看到城門只開了一扇，人多門窄，極為擁擠，有的馱馬在經過時被擠倒踩死了，但沒有人顧得上將地下妨礙行走的馬車拉開。每個人臉上都充滿了無限的驚慌和狼狽。這個時候沒有英雄，只有一種本能的求生慾望在胡亂地衝撞著人們的內心。
擠過鬼門關，王耀武總算來到了下關江邊。碼頭上已經塞滿了人，但江面上的船隻卻很少，而且那些船都是被早有打算的部隊預先佔用了的。無船的人急得像熱鍋里的螞蟻一樣到處亂躥，他們見船就搶，為了爭奪船隻或木排，甚至相互開槍射擊。實在搶不到船的，便利用一塊門板或圓木橫渡長江，連這個都弄不到的，便只好化裝隱藏到老百姓家裡去。
許多士兵，包括那些可憐的傷兵，都跟留在南京城內的老百姓一樣被遺棄了，他們將任由日軍屠殺。在中國的五千年歷史中，這樣的例子不勝枚舉，基層的人民總是自覺或不自覺地被推到戰火的最前沿，但是到最後，第一個被拋棄、被犧牲掉的又往往是他們，這不能不說是一個民族醜陋的陰暗面。
江岸上的王耀武叫天不應，喚地不靈，正在著急，軍部的一名聯絡副官給他帶來了救命信息。
原來俞濟時在預感到戰事不利時，就通過族叔、交通部長俞鵬飛的關係，為部隊準備了一隻用於接送的小火輪。這隻諾亞方舟式的小火輪每次可裝送三百多人，俞濟時等人已經乘小火輪過江了。
王耀武急忙用小火輪搶運部隊。搶運了一夜，至12月13日凌晨，日軍對長江進行封鎖，日艦在下關八卦洲的江面上橫衝直撞，被炮火打死以及被軍艦撞翻後淹死的軍民不計其數，小火輪再也無法過江接人了。
南京淪陷，隨之而來的便是慘無人道的大屠殺。這是一次有組織的屠城，並且在日本軍人中有著極為深厚的心理基礎。戰前關東軍參謀、後來干到陸軍省兵務局長的田中隆吉毫不掩飾地對別人說：「你把中國人看作是人，而我把中國人當作是豬，無論怎麼處置都可以！」
正因為統帥層有「中國人是豬」的想法，所以從登陸上海起他們就有令在先：「不管女人、小孩，是中國人統統要殺，房屋全部燒毀。」下級士兵你行我效，也養成了「強姦、掠奪、胡作非為」的倭寇作風。
南京屠城只是這種變態心理的一次集中爆發。由於被視為「豬」的中國人實施了頑強抵抗，更進一步刺激了他們的復仇情緒。一位記錄「南京百人斬競賽」的隨軍記者在東京審判時承認，他當時的神經已處於麻木狀態，「每當看見眼前大批倒下的日軍戰死者，就會騰起一種一心想對敵報復的復仇心，就會閃出嗜虐心理」。
連新聞記者都是如此，一般日軍官兵更把屠殺視為理所當然之事。駐紮於下關的日軍用鐵絲網把戰俘每十人捆成一捆，然後推入井中潑油燒死。野獸們把這種殺人方法叫作「勒草包」，認為「殺時有種像殺豬一樣的感覺」。
良心未泯和膽小者則深感驚恐不安。有人在經歷殘酷的斬首場面後，當天晚上就會失眠，而且一閉上眼便能看見離開軀體的腦袋飛向空中，滴溜溜地旋轉著。此後三四天過去，同樣的噩夢仍舊輾轉不去。