1996年以來，中國農業步入一個困難時期，農民收入和城鎮居民收入差距越拉越大。2000年3月，時任湖北監利縣棋盤鄉黨委書記的李昌平在上總理書中列舉了農村中觸目驚心的危機：盲流如「洪水」、負擔如「泰山」、債台如「珠峰」、幹部如「蝗蟲」、責任制如「枷鎖」、政策如「謊言」、假話如「真理」。李昌平的上書通過媒體震動了全國，「三農」問題的危機暴露在公眾面前。
中國的農業是弱勢產業，農民是弱勢群體，農村是落後地區。不解決「三農」問題，也就談不到全國的小康，談不到和諧社會。黨中央對農業、農村、農民問題高度關注，將其作為工作的重中之重。
2002年11月14日上午，胡錦濤和其他8名新一屆中共中央政治局常委出現在人民大會堂的聚光燈前。此時，全世界都在猜測：這些在革命戰爭結束後成長起來的新一代領導人，如何面對日益突出的中國「三農」問題？
事實證明，新的一代領導集體在「三農」問題上一直在不斷地探索。
2002年11月，中共十六大要求必須統籌城鄉經濟社會發展，解決「三農」問題，並規划了「全面建設小康社會」的宏偉目標。中共十六屆三中全會提出「統籌城鄉發展」，將其放在「五個統籌」之首，「建設社會主義新農村」的新理念呼之欲出。
2004年年初，中央針對全國農民人均純收入連續多年增長緩慢，糧食主產區農民收入增長幅度低於全國平均水平，許多純農戶的收入持續徘徊甚至下降，城鄉居民收入差距仍在不斷擴大的狀況，用中央「1號文件」要求全黨必須高度關注「三農」問題。文件指出，農民收入長期上不去，不僅影響農民生活水平提高，而且影響糧食生產和農產品供給；不僅制約農村經濟發展，而且制約整個國民經濟增長；不僅關係農村社會進步，而且關係全面建設小康社會目標的實現；不僅是重大的經濟問題，而且是重大的政治問題。在當年召開的十六屆四中全會上，胡錦濤進一步指出，農業是安天下、穩民心的戰略產業，必須始終抓緊抓好，並且首次提出了「兩個趨向」的理論。12月底，下發了《中共中央國務院關於進一步加強農村工作提高農業綜合生產能力若干政策的意見》，對進一步加強農村工作、提高農業綜合生產能力提出了9個方面的27條具體措施。
又經過近一年的實踐探索，黨對怎樣加強農業、關注農村、關心農民有了更加清醒而全面的認識。2005年10月8日至11日，中共十六屆五中全會在北京召開。在這次會議上，中央從系統解決「三農」問題出發，作出了「建設社會主義新農村」的重大部署。會議明確提出，建設社會主義新農村的主要內容是生產發展、生活寬裕、鄉風文明、村容整潔、管理民主。會議要求各地從實際出發，尊重農民意願，紮實穩步推進新農村建設，堅持「多予少取放活」，加大各級政府對農業和農村增加投入的力度，擴大公共財政覆蓋農村的範圍，強化政府對農村的公共服務，建立以工促農、以城帶鄉的長效機制，搞好鄉村建設規劃，節約和集約使用土地，培養有文化、懂技術、會經營的新型農民，提高農民的整體素質，通過農民辛勤勞動和國家政策扶持，明顯改善廣大農村的生產生活條件和整體面貌。
中共十六屆五中全會之後，新農村建設成為中央高層領導的一個不衰的話題。2006年2月，胡錦濤在省部級領導幹部建設社會主義新農村專題研討班上講話時，對這種創新用「四個更」作了高度概括，即這次社會主義新農村建設，指導方針更明確、發展起點更高、工作布局更全面、扶持力度更大。2006年1月25日，胡錦濤主持中央政治局第28次集體學習，強調要從建設中國特色社會主義事業的全局出發，深刻認識建設社會主義新農村的重要性和緊迫性，切實增強做好建設社會主義新農村各項工作的自覺性和堅定性。要深入實際、調查研究；因地制宜、搞好規劃；抓住重點、積極推進；完善機制、形成合力；總結經驗、分類指導。
2月14日，中央舉辦省部級主要領導幹部建設社會主義新農村專題研討班。胡錦濤出席開班儀式並作了長達100分鐘的講話。講話回顧了黨一貫重視「三農」工作的戰略思想，強調了建設社會主義新農村8個方面的重要意義，詳細闡述了建設社會主義新農村的六大任務。
2月20日，溫家寶在研討班上對社會主義新農村建設的意義、目標、內涵、原則作了重要闡釋。
從2006年4月到2007年1月，中央把全國5300多名縣委書記、縣長分批集中到中央黨校等五所幹部院校，進行新農村建設專題培訓，曾慶紅和參加培訓的學員代表進行座談並發表講話。各地和有關部門也舉辦了不同層次、不同形式的新農村建設培訓班、研討班和學習班。新農村建設已經成為神州大地上的強音。