面對「非典」疫情，4月2日，溫家寶總理主持召開國務院常務會議，研究防治工作，這是媒體報道中首次提及國務院會議討論「非典」問題。會議聽取了衛生部關於「非典」防治工作的彙報，同時第一次提出要抓緊建立國家對突發公共衛生事件的應急處理機制。
4月6日，溫家寶與吳儀等國務院領導來到中國疾病預防控制中心。溫家寶指出，政府要將保護民眾健康和生命安全放在第一位，將防治「非典」作為各級政府的一件大事。他要求每天向世界衛生組織報告疫情。
4月9日，吳儀在中南海會見了世界衛生組織駐華代表貝漢衛和專家組成員。外電注意到，吳儀在談話中沒有使用衛生部長張文康在幾天前的國務院新聞發布會上對外界所說的「有效控制」一詞，而是用了「有效遏制」的說法。
4月12日，溫家寶和吳儀專程到救治「非典」病人最多的北京佑安醫院看望醫務人員，高度讚揚白衣戰士們救死扶傷的人道主義和無私奉獻的革命精神。
4月13日下午，國務院在京召開全國非典型肺炎防治工作會議，這是國務院首次就非典型肺炎召開專門會議。國務院總理溫家寶坦率地承認，「非典」對我國旅遊、交通、商貿和對外交往等活動造成的暫時影響是難以避免的，但要正確對待，把眼光放長遠一些，不必計較一時的得失。
在廣大群眾的印象中，這是幾十年來國務院第一次就一個特定的疾病召開專門會議。
4月14日，中共中央總書記胡錦濤出現在廣州市北京路商業街上。胡錦濤是在考察廣東省疾病預防中心後，在事先未打招呼的情況下直接來到這裡的。人們的驚訝在於，胡錦濤抵達前，有關方面並未展開任何清場行動。
由廣東回到北京，胡錦濤主持召開了政治局常委會議。在這次會議上，他要求各級黨政機關「不得緩報、瞞報」疫情。
在短短10多天的時間裡，國家主席和政府總理相繼出現在重點疫區，國家領導人和國務院頻頻就非典型肺炎防治問題作出專門的安排和部署，而且所採取的措施有逐步升級的趨勢。敏感的人意識到，中央政府的弦已經綳起來了。
但是，來自衛生部和部分省市的公開信息卻是樂觀的。4月3日，國務院新聞辦召開新聞發布會。衛生部負責人在會上表示：在中國工作和生活都是安全的。北京由於汲取了廣東的教訓，有效地控制了輸入病例以及由這些病例引起的少數病例，所以沒有向社會擴散。這是中國衛生部第一次就「非典」情勢公開發表看法。
4月10日，世界衛生組織公開批評了北京的疫情報告系統。認為北京只有少數醫院每日彙報「非典」病例，派出了專家組赴京考察。4月11日，北京重新被世界衛生組織定為疫區。但是，衛生部並沒有宣布這一消息，國內所有的媒體也對此保持了沉默。
2003年4月20日，距離新一屆政府就職剛好一個月零兩天。當天，衛生部再一次舉行新聞發布會。剛剛擔任衛生部副部長不久的高強對衛生部和北京市的工作進行了批評。他說：「衛生部應對突發公共衛生事件準備不足，防疫體系比較薄弱，沒有及時對全國的疫情制定統一的收集、匯總、報告制度，要求不明確，指導不得力。」而北京市有關部門「信息統計、監測報告、追蹤調查等方面的工作機制不健全，疫情統計存在較大的疏漏，沒有做到準確地上報疫情數字」。他同時宣布取消當年的五一長假，並且自4月21日起將疫情由過去的五日一報改為一日一報。
高強還坦率地承認，北京的疫情已經「很嚴重」。據20日當天公布的數據顯示，截至4月18日，北京已經確診非典患者339例，比衛生部門4月14日宣布的37例飆升了近10倍。
當天下午，新華社發出消息，中共中央宣布免去部分責任官員的職務。
針對中央政府的舉措，媒體當即作出反應。有報道說這是中國新一屆政府前所未有的舉動，稱人們「看到了中國領導人的決心」，此舉表明政府是負責任的，敢於承擔的，中國抗擊「非典」的鬥爭從此將進入一個新的階段。一些評論人士表示，此舉開高官問責制之先例，對政治體制改革有極大的推動意義。海外媒體也宣稱，中國政治文明將由此走進一個全新的時代。
中央的堅定決心和有力措施，標誌著中國真正意義上的抗擊「非典」的全面戰爭打響了。2003年4月20日，歷史將記住這一天，因為它是抗擊「非典」鬥爭的分水嶺。
中國政府的信心和表現，得到了國際組織的認可。2003年4月22日，世界衛生組織發言人迪克·湯姆森接受中國記者專訪時，對中國近期在控制非典型肺炎流行方面的合作精神表示滿意。他說，在當今與「非典」的鬥爭中，中國稱得上是世界衛生組織的合作夥伴。全世界醫學研究人員花了3年時間才找到艾滋病病毒，而這次中國的兩個實驗室與世界衛生組織和其他國家同行通力合作，僅用8天就確定了「非典」的病原體。現在世界衛生組織每天都能收到中國方面提供的關於「非典」的疫情報告。22日，中國實驗室還提出了一個診斷報告，對世界衛生組織掌握疫情的發展情況很有幫助。湯姆森說，只要高度重視，採取有力的措施，相信「非典」會在中國得到有效的控制。
4月23日，北京市中小學宣布放假。同一天，中國將「非典」列入法定傳染病進行管理，違法者刑期可達7年。
4月24日零時，北大附屬人民醫院開始封閉隔離，這是北京第一個整體隔離的「非典」重點疫情地區。同一天，中央財經大學、北方交通大學兩處宿舍樓也被隔離控制。之後，被隔離的人數節節攀升，最多的時候高達27000多人。
4月26日，溫家寶總理宣布吳儀兼任衛生部部長。美國有線新聞網（）的報道認為，中國由吳儀出掌衛生部，是要向國際社會表明，中國正認真對待非典型肺炎，並有足夠經驗應付國內和國際的問題。民間對吳儀寄予的期望和信任相當大，以至於聞知此消息後即有民謠傳出：吳儀吳儀，無疫無疫。
中央政府的措施是堅決的，也是有力的。至2003年4月30日，國務院已經向內地所有省區市派出了共計5批督察組。
與此同時，世界的目光也注視著中國。5月16日，國務院副總理兼衛生部部長吳儀率中國代表團飛抵日內瓦，出席在那裡舉行的第五十六屆世界衛生大會。作為繼溫家寶總理出訪泰國後第二個出訪的新一屆政府高官，與溫家寶一樣，吳儀此行要爭取改變國際社會對中國抗疫的懷疑眼光，消除「非典」疫情給中國帶來的負面影響。在大會發言時她坦陳：在「非典」疫情發生的初期，我們對這場疫情的嚴重性認識不足，公共衛生系統存在缺陷，防治工作在一段時間內有些被動。在對從道義、資金、物質和技術等方面理解、支持和援助中國的所有國家和國際組織致以誠摯的謝意時，她稍稍離開講台，向與會代表鞠躬致謝，全場報以熱烈的掌聲。全世界都看到了中國的改變。