2003年1月2日，廣州醫學院第一附屬醫院接收了一名來自河源市奇怪的肺炎病人：持續高熱、乾咳，X光透視呈現陰影佔據整個肺部，使用各種抗生素無效。而且，在河源當地醫院救治過該病人的8名醫務人員，全部被感染髮病，癥狀與病人相同。專家們給這名患者臨床診斷為「非典型肺炎」 尼醫生根據當時已經掌握的情況將其命名為「嚴重急性呼吸道症候群」（Severe Acute Respir—atory Syndrome），英文簡稱SARS。">。這是「非典型肺炎」這個詞在公眾面前第一次「亮相」。
2003年1月30日，中山大學附屬第二醫院也收治了一位特別的病人：芳村的「大葉性肺炎」患者周某，入住呼吸內科。是福不是禍，是禍躲不過，禍根自此肇始。與此同時，廣東省衛生廳文件《省專家組關於中山市不明原因肺炎調查報告》也到達二院。報告稱：2002年11月16日起，佛山、河源、中山先後爆發一種新的疾病，病原體至今不明，密切接觸病人的醫務人員感染率高，抗生素無明顯效果，部分病人病情進展很快，導致呼吸衰竭，需要機械通氣支持呼吸，已經有少數病人死亡。
當晚，二院於1月18日收治的一例病人搶救無效死亡。醫院主管醫療的副院長、呼吸和急診學專家黃子通察覺到患者的病徵與省衛生廳的「調查報告」相近，覺得有必要進行「屍檢」，查明這種「不明原因」疾病的病原體。黃子通連夜動員死亡病人的家屬，多方聯繫和請示，在第二天帶領兩名醫生冒著巨大風險完成了屍體取材工作。
當時的人們誰都未曾料到，潘多拉的盒子已經打開，一場前所未有的瘟疫正向人類襲來。
繼河源發生病原之後兩周，1月19日，中山市有28名患者出現同樣病徵，其中13位是醫護人員。早在2002年11月28日，廣州軍區總醫院呼吸內科就收治了一位高熱男性患者，當時醫生給這位患者下了「重症肺炎」的診斷。事後追溯，該患者患的正是「非典型肺炎」。從2月5日至10日是「非典」在廣東的爆發期，每天新增病例50宗以上。
在大多數人茫然無知的情況下，神秘的病原體開始了它奔赴全國、全世界的旅程。
2003年3月，香港最早的「非典」病例出現在位於沙田的威爾士親王醫院，一名醫院員工出現發燒及上呼吸道感染癥狀。不久，香港大批醫護人員感染病倒，疫情不斷擴散蔓延。到3月下旬，病毒已經進入了社區，受感染人數每日以數十人的速度增加。
早在3月1日，北京就發現了第一例「非典」病例。患者是26歲的山西籍女子於某，此前她在廣東從事珠寶生意，她家人先後受到傳染，來到北京求治。這是北京「典型」流行的源頭之一。作為首都的北京，疫情危害尤烈。以北京為中轉站，全國各地紛紛出現可疑病例。
2003年3月27日，內蒙古發現第一例疑似病例報告。此後，內蒙古的「非典」發病來勢凶、危害大、流行範圍廣、傳播力極強，且屬輸入性與繼發性病例並存，防治形勢嚴峻。
進入4月，湖南報告了6例輸入性「非典」病例。其中一名19歲的女病人，患病後先在深圳龍崗醫院治療，病重後回湘治療，因呼吸衰竭搶救無效，於4月2日死亡。
「非典」肆虐，快速地向全國其他地區擴散開來，相繼有患者被確診於不同的省份：
4月7日，寧夏出現病例。
4月20日前後，天津、河北、山西。
4月中旬，湖北、吉林。
4月19日，遼寧。
4月21日，甘肅、陝西。
4月1日，福建。
4月2日，上海。
4月8日，山東。
4月16日，河南。
4月18日，重慶。
4月20日，江西、江蘇、浙江。
4月23日，安徽。
截至6月20日，全國報告有疫情的省份達26個。
按6月23日公布的累計數字，全球共有32個國家和地區出現過「非典」和疑似「非典」患者，其中以中國的情況最為嚴重：
台灣671人感染，死亡84人，死亡率12％。香港1755人感染，死亡298人，死亡率16.86％。在全球感染的8400多人中，香港只佔20％，但是，在死亡的800多人中，香港卻佔了36％。內地感染5327人（其中醫務人員969人），死亡348人，死亡率為6.5％。
4月21日到4月底的這段時間內，北京每天都有約90到100個新病例，最高甚至達到一天新增150多人。
「非典」的肆虐，一時間造成了巨大的社會恐慌情緒。
2月14日西方的情人節這一天，類似的手機簡訊鋪天蓋地：「情人節，情誼深，送花不如板藍根；情侶餐，點蠟燭，千萬記住抗病毒；情人夜，好氣氛，趕緊回家把醋熏。」
從廣東開始，不少城市出現了搶購風潮。先是瘋狂搶購白醋、板藍根、口罩，原本六七元一盒的板藍根竟然賣到了幾十元，再後來根本買不到。後來又有人怕大米、油鹽等染上病毒，於是又大肆搶購起這些東西，一時間恍若戰爭來臨。
飯店裡很少有人就餐，商場較以往冷清了許多，公交車上的乘客也寥寥無幾，很多人戴著大口罩行色匆匆。彌散在人們周圍的到處是一種令人窒息的氛圍。