如果說鄧小平南方談話為社會主義市場經濟體制的確立奠定了理論基礎，那麼，這些談話決不是鄧小平的突發奇想，而是十一屆三中全會以來，中國共產黨對於計畫和市場關係的認識在實踐中不斷深化，不斷反思和總結經驗教訓的結果。
社會主義市場經濟理論的孕育，經歷了一個長期的歷史過程。
建國初期，由於各方面因素的作用，中國選擇了計畫經濟的目標模式。直至1978年，儘管中國的經濟體制發生過幾次變動，也曾經進行過某些改革的嘗試，但從總體上來說，始終未跳出計畫經濟的條條框框。計畫經濟等於社會主義、巾場經濟等於資本主義，這種觀念在當時似乎是天經地義的。
十一屆三中全會之後，中國共產黨重新恢複了解放思想、實事求是的思想路線，黨和國家領導人以及理論界人士開始總結和反思中國經濟體制存在的缺點和不足，並以此為基礎探索中國經濟體制改革的目標取向。
早在1978年7月到9月間，國務院務虛會就曾提出了「計畫經濟與市場經濟相結合」的思想。在草擬《解放思想，實事求是，團結一致向前看》的講話提綱時，鄧小平也提出：「自主權與國家計畫的矛盾，主要從價值法則、供求關係來調節。」以此為基礎，十一屆三中全會公報提出：「應該堅持實行按經濟規律辦事，重視價值規律的作用。」
1979年春，陳雲和李先念明確提出「計畫經濟為主，市場調節為輔」的改革思路。與此同時，理論界圍繞計畫與市場的關係問題展開了激烈討論。
1979年11月26日，鄧小平在同美國不列顛百科全書公司副總裁吉布尼等人的談話中，明確提出了「社會主義也可以搞市場經濟」的論斷。他指出：說市場經濟只限於資本主義社會，只有資本主義的市場經濟，這肯定是不正確的。社會主義也可以搞市場經濟。我們是計畫經濟為主，也結合市場經濟，是社會主義的市場經濟。他進而提出了「計畫調節和市場調節相結合」的思路。
1980年9月，國務院經濟體制改革辦公室《關於經濟體制改革的初步意見》指出：「我國現階段的社會主義經濟，是生產資料公有制佔優勢、多種經濟成分並存的商品經濟。」這個觀點得到了當時的中共中央總書記胡耀邦的支持。
但是，由於當時佔主流的意見還是強調計畫經濟，因此，以上觀點提出之後不久即受到指責。1981年4月之後，一些報刊上開始出現對商品經濟觀點的批評。
1981年6月十一屆六中全會通過的《關於建國以來黨的若干歷史問題的決議》，出現了「必須在公有制基礎上實行計畫經濟，同時發揮市場調節的輔助作用」的提法。相對於只承認計畫經濟而排斥市場調節的傳統觀念，這一提法是一大進步，但在當時傳統觀念仍佔主流的歷史背景下，它顯然刻意迴避了使用「商品經濟」「市場經濟」這些概念。
歷史的潮流是無法阻擋的。隨著改革的不斷深化和對外開放的不斷擴大，黨內外思想解放的步伐也不斷加快。
計畫和市場問題上解放思想的階段性成果，是在1982年9月召開的中共十二大上収得的。十二大正式肯定了「計畫經濟為主，市場調節為輔」的原則。以此為基礎，對於計畫和市場關係的認識在此後的改革開放實踐中不斷深化。
1982年12月2日，在同出席五屆全國人大五次會議的上海代表團部分代表談話時，陳雲形象地把市場和計畫的關係比喻為鳥和籠子的關係。他指出：搞活經濟是在計畫指導下搞活，不是離開計畫的指導搞活。這就像鳥和籠子的關係一樣，鳥不能捏在手裡，捏在手裡會死，要讓它飛，但只能讓它在籠子里飛。沒有籠子，它就飛跑了。如果說鳥是搞活經濟的話，那麼，「籠子」就是國家計畫。當然，「籠子」大小要適當，該多大就多大。經濟活動不一定限於一個省、一個地區，在國家計畫指導下，也可以跨省跨地區，甚至不一定限於國內，也可以跨國跨洲。另外，「籠子」本身也要經常調整，比如對五年計畫進行修改。
儘管在計畫與市場關係問題上已經取得了許多成果，但從1982年到1983年，也就是中共十二大前後，對於「商品經濟」提法的批評聲仍然很高。1982年上半年，剛剛創辦的經濟特區也受到了「搞資本主義」的嚴厲指責。儘管1980年中央文件明文規定特區主要是實行市場調節，但有人卻認為市場調節為主是想和計畫經濟脫節。
但在另一方面，中國經濟體制改革不斷深化的形勢，又要求突破「計畫經濟為主，市場調節為輔」的框架，進一步進行市場取向的改革。為了促進中國改革開放事業的發展，鄧小平等領導人堅強地頂住了反對和批評的聲浪。
1983年2月，鄧小平視察蘇州，當他看到蘇州鄉鎮企業崛起的良好勢頭時，明確肯記了市場經濟的重要性。
1984年10月中共十二屆三中全會通過的《關於經濟體制改革的決定》，正式確定了社會主義經濟「是在公有制基礎上有計畫的商品經濟」的提法。在中國特色社會主義市場經濟體制確立的過程中，這個決定否定了社會主義與商品經濟不相容的傳統觀念，是理論上的一個重大突破，為社會主義市場經濟體制的最終確立打下了基礎。
但是，由於十二屆三中全會之後，堅持認為社會主義不能搞市場經濟的傳統觀念不僅仍然存在，而且對改革的進步發展已經產生了影響。因此，客觀地說，「有計畫的商品經濟」的提法，實際上是當時條件下政治和理論上折中調和的產物，在計畫與市場的關係問題上，這個提法仍未擺脫姓「社」姓「資」的朿縛。中國的改革開放事業仍然需要理論上的進一步發展和突破。
1985年10月23日，在會見美國時代公司總編輯格隆瓦爾德為團長的美國高級企業家代表團時，鄧小平再次強調：社會主義和市場經濟不存在根本矛盾，問題是用什麼方法才能更大力地發展社會主義生產力。
1987年10月至11月，中共十三大召開。在計畫與市場的關係問題上，十三大提出了「國家調節市場，市場引導企業」的經濟運行機制。這樣，在中共十二大的基礎上，十三大確認了中國經濟體制改革的市場化取向，進一步推動了社會主義市場經濟理論的形成。
在十三大方針的指引下，中國經濟體制改革進一步深化。但1989年之後，關於姓「社」姓「資」的意識形態爭論再次興起，對計畫和市場關係的認識又發生了曲折。
一方面，鄧小平堅決強調，十三大報告一個字都不能改，要繼續堅持計畫經濟與市場經濟相結合；另一方面，在關於計畫與市場的關係問題上，思想理論界發生了激烈的論爭。一些人在反對「資產階級自由化」和反對「和平演變」的名義下，對市場取向論進行了嚴厲的批評，認為把改革的目標定位在市場取向上，會改變社會主義經濟的性質。
據經濟學家吳敬璉回憶，1990年7月5日，中央政治局邀請一些經濟學家座談，商討當時的經濟形勢和對策。在座談會上，發生了計畫取向與市場取向之間的激烈爭論。主張計畫取向的人認為，市場調節只能在計畫的範圍內發生作用，而不能喧賓奪主，1988年的通貨膨脹就是由於前些年顛倒了這種關係，采収了市場取向的錯誤路線的結果。主張市場収向的人則強持十一屆三中全會以來的改革路線，維護市場取向的改革方向。經濟學家薛暮橋在座談會發言之後，給中央主要領導人寫了一封長信，信中指出：東歐劇變的主要原因是未進行徹底的改革，跳不出亂物價、軟財政、軟信貸的圈子。因此，我們必須認清形勢，當機立斷，推進以建立奠定在商品經濟基礎上經濟體製為目標的綜合改革，才能克服困難，走向繁榮。由於這些學者在而對猛烈批判時堅持自己的觀點，許多人在個人名譽上受到攻擊。如吳敬璉因為始終堅持搞市場經濟的觀點，就被反對者稱為「吳市場」。
關於計畫與市場關係問題的理論論爭，對於當時的改革開放進程不能不發生影響，承包制、股份制等制度創新的改革試點停了下來。
在農村改革方而，對於家庭聯產承包責任制的認識也出現了動搖。1989年11月24日，有關部門報送中央領導的一份有關農村情況的調查報告，就反映出當時首先在全國實行大包乾的安徽省風陽縣小崗村農民對農村形勢的憂慮。報告指出：農民存在怕變心理。風陽縣小崗村村委會主任嚴俊昌說，農民都擔心再搞一大二公那一套，農村的私營企業主、個體戶也憂心忡忡。中央一些文件和領導講話中相繼提出「私營企業存在剝削關係」「私營企業主不能入黨」等等，使他們感到「前途渺茫」。一些基層幹部聞風而動，在加強集體經濟的名義下，釆収了一些措施，引起了農民的不安和不滿。
在對外開放方而，也受到了很大程度的消極影響。當時的海南決定把洋浦30平方公里的土地租給外商投資開發，租期為70年，雖然鄧小平曾經