天正八年二月，羽柴秀吉返回近江，和母親阿仲、正室寧寧享受難得的家居生活。然而，擁有近江長濱和播磨一國總計五十多萬石領地的秀吉，再也無法像過去一樣舒適自在地度日了。身為農夫彌右衛門妻子的阿仲，和原本是組頭之女的寧寧，如今都裹著昂貴的絹織品，身旁有一大群女侍在旁服侍，秀吉身邊也總是跟著幾個母衣眾和侍童。況且家中又多了一個怠慢不得的成員，也就是前一年從信長那兒懇求來的養子——織田信長的四子於次丸秀勝。
當時年方十二歲的秀勝，是個和偉大生父大相逕庭的孱弱少年，從三位參議這個遠在養父之上的官職，對他實在是過分沉重了些。不過，既然是主君的親生兒子，不管好壞都是重要人物，也是連接羽柴家和織田家的橋樑，無論館邸的設備或家中的規矩，都必須配合他的水準。
秀吉還故意和他一同前往長濱八幡宮參拜，誇耀羽柴家和織田家穩固不可動搖的關係。秀吉利用這種形式彌補了自己親戚鮮少、無法生子的缺憾。像他這樣天才型的現實主義者，幾乎能將任何不利的條件轉化為有利的材料。
這段期間，秀吉還請了堺市的豪商津田（天王寺屋）宗及等人在長濱城內舉行茶會。宗及是信長的茶師長之一，和他結為摯友在政治上意義非比尋常。此外，秀吉也想透過和天王寺屋等京、堺的豪商來往，把領地播磨的物產銷售給他們，獲取商業上的利益。將物產流通到因織田家統御畿內而產生的龐大市場，利潤極其豐厚，秀吉就是靠著授與這些商業利權，才能三不五時地獻給信長豪華無比的貢物。
總之，待在近江的兩個月間，哥哥秀吉並未清閑度日。不過，負責留守播磨的小一郎秀長，卻遠比哥哥來得忙碌。他數度往返自己所擁有的但馬竹田城和播磨的姬路之間，一面調查新領地的各種狀況，一面為接下來的大戰略預做準備。
「此地遠比近江難統治喔……」
小一郎一再強調這件事，避免家中諸人因驕傲誤事。
事實上，剛佔領的播磨仍有許多舊勢力的餘黨或態度不明的豪族、農村武士，情勢的確輕忽不得，其中尤以一向宗徒的問題最讓人傷神。依照織田信長和本願寺光佐所締結的協議，播磨也接獲了休戰的指示。但中央高層之間達成共識，地方卻未能切實遵行的狀況，古今中外皆所在多有，況且親人、兄弟、好友或同僚遭到殘殺的一向宗徒，不可能因為總寺院發下來的一紙命令便乖乖收兵。
小一郎設法維持治安，敦促因戰火而離鄉背井的農民返鄉，並且詳細調查一向宗徒的狀況。他缺乏秀吉的天縱英才和強烈自信，因此處理任何事都像新手般小心戒慎。只要碰到稍微重要的事，一定稟報上去，聽候秀吉裁決。相對地，他總是將呈給哥哥的報告整理得完備無誤。他之所以能順利服事難以取悅的獨裁者信長，和懂得如何大膽下判斷的秀吉這兩位主君，憑藉的就是這一點。
小一郎以腳踏實地的努力，迅速建立起統治播磨的體制，並且明確地掌握到目前的問題所在。閏三月初，秀吉返回播磨，非常滿意小一郎的表現，並著手摧毀一向宗的勢力。他積極保護和一向宗徒對立的日蓮宗或凈土宗，利用農村與農村間的對立使其互相牽制，並且收攬別所等豪族的舊臣，減少不滿份子。同時，在四月二十四日，秀吉對播磨一向宗徒暴亂的根據地英賀本德寺發動總攻擊，一舉摧毀了這個寺廟鎮，命當地住戶遷居至姬路城下。乍看之下，這似乎是個迅雷不及掩耳的閃電攻擊，但其實事前早就經過小一郎的謹慎調查和布線。
不過，羽柴秀吉可不會以統御播磨一國為滿足，他的眼睛早就已經轉向了下一個目標，也就是攻打毛利領地，掌握織田家西部戰線的整體主導權。攻下三木城後兩個月，秀吉便命歸附不久的宇喜多直家攻打隸屬毛利的美作、祝山城，期望由此一舉攻入毛利家的勢力範圍，立下輝煌的戰果。不料在城主湯原春綱的奮力抵禦，以及吉川元春的即時馳援之下，宇喜多部隊節節敗退，倒過頭來喪失了隸屬宇喜多家的寺畑城，以慘敗收場。毛利家仍然強大得不容輕易侵犯。
「要攻打毛利，一定得由後方著手……」
秀吉是在告訴小一郎，不能從正面的山陽道，而必須從背面的山陰道發動攻擊。由於這也是平定丹波和丹後的明智光秀所覬覦的地方，動作一慢就會失去先機。
可是，說起來容易做起來難。要去山陰，就得先平定尚未歸附織田家的但馬、因幡的豪族或農村武士，而這些人盤據在山間的谷地或小盆地，非常不容易收服。
「小一郎，但馬就看你表現了。」
哥哥以這種說法命令小一郎平定但馬一國。這聽起來似乎是在給小一郎揚名立功的機會，頗有賜恩的意味，結果哥哥派給小一郎的兵力卻只有三千人。當然，對於必須整頓播磨的治安、預防毛利家來襲，並監視宇喜多家舉動的羽柴家部隊而言，撥出這樣的人力已經是極限了。
平定但馬是小一郎第一次單獨進行的正式軍事行動，因此他分外慎重，盡量集中運用兵力，並且將作戰的重點放在拉攏勸降上。
他從獲得竹田城以來長達三年的調查與統治領地的成果，在此終於發揮了功效，整個策略進行得非常順利。許多農村武士因為信任小一郎溫和敦厚的人格，紛紛前來歸順；不少頑固反抗的城邑也因內部分裂而開城投降。小一郎接納了其中大部分的人，將其收為部下，有時也視情況發動猛烈的攻擊，殺死數百名敵兵——武將倘若一味地溫和仁慈，威權便會蕩然無存，因此讓敵人心存畏懼，其實也是招降的手段之一。
小一郎動靜得宜，知所緩急，只花了六個月時間便佔領了整個但馬。他以哥哥所派下來的三千人和自己四萬石領地所養的一千人，總計四千的兵力竟然能有如此輝煌的成果，足見其才華的確不同凡響。
「幹得不錯，小一郎！」
小一郎的優異表現讓哥哥秀吉喜出望外，又賞給他出石城和十二萬石的領地。此時羽柴家轄下的領地，包括近江、播磨、剛佔領的但馬，再加上宇喜多家所擁有的備前、美作，總共將近一百二十萬石。而秀吉也一直遵守著「羽柴家所有的一成分給小一郎」的承諾。
當小一郎忙著平定但馬時，哥哥秀吉在統治播磨上也有長足的進展。秀吉為了彰顯新國主的威權並鎮守山陽道，在姬路興建新的城邑。這兒原本是黑田官兵衛的居城，但秀吉看中此地水陸交通便利，擴建此城，成為擁有三層天守閣的宏偉城堡。
由於信長正式承認秀吉領有播磨一國，九月起，秀吉開始分封領地給家臣。將姬路城讓給秀吉的黑田官兵衛，也得到了揖東郡福井庄的一萬石領地，比他擔任小寺家家老的待遇多了三、四倍。可是若從他一開頭就協助羽柴家，四處奔走遊說播磨豪族，甚至成了殘廢不良於行的這種種貢獻來看，這樣的報酬並不算優渥——即使如此，他也足以列入當時羽柴家的最高層級了。此外，仙石秀久、一柳直末等美濃出身的豪族，大致分到了二千五百石，秀吉的貼身侍衛們則各得到二百五十石。由此看來，小一郎秀長的十二萬石的確極為豐厚，足以看出羽柴家對他的倚重。
小一郎征服但馬為羽柴家帶來了許多額外收入，其一是得到了生野銀山。小一郎立刻整頓開挖這個礦山，於次年，即天正九年（一五八一）二月，將大量的銀產送往安土。其二是羽柴家佔領但馬，使隔鄰的因幡人心動搖。鳥取城主山名豐國驚慌不已，向吉川元春求援，請求派遣同姓的將領前來。元春應其要求，派遣吉川式部少輔經家前來，使秀吉不費吹灰之力便得到了在山陰道與毛利家對決的機會。
天正九年六月，羽柴秀吉開始攻擊鳥取城，成為日後膾炙人口的「兵糧戰」典範。在攻城之前，秀吉先擬定周密的計畫，以高價蒐購因幡的米穀，減少鳥取城內的兵糧。而且據說他還蓄意虐待附近的農民，迫使農民逃入城內，以便在籠城之際消耗城內的糧食。換句話說，秀吉的兵糧戰不單是為了避免血戰的策略，也是經過冷酷計算所展開的戰事。
而籌畫這些事前工作的地點，就是小一郎的出石城，高價蒐購米糧的經費則是出自生野的銀山。
即使做了這種種安排，攻略鳥取城依然耗費了極長的時間。進入八月之後，羽柴陣營開始緊張起來，因為有情報傳來，說毛利、吉川和小早川即將率領大軍前來救援鳥取城。據說信長接獲這個消息後，曾表示毛利大軍如果真的出現，他將親自出馬應戰，似乎是想藉此誘出毛利家的主力，將之一網打盡。
明智光秀得知此事後焦急不已。萬一山陰道的主將也被秀吉奪去，明智軍團就失去了表現的戰場。在平定了丹波和丹後之後，光秀便開始忙著治理自己的領地，同時進行轄下筒井順慶的領國大和之地目普查工作，以致在攻略山陰道方面讓秀吉拔得了頭籌。光秀一向擅長管理內政，也是織田家中最用心統治領地的大名，但也因為缺乏能替他處理這些事務的幕僚，遂耗費了他過多的時間和精力。