正如羽柴筑前守秀吉所預料的那樣，從元龜元年到元龜二年的兩年間，對信長來說是田樂狹谷之戰以來的厄運之年。
信長已四面楚歌，如果說還有朋友的話，只有德川家康一個。雖然一切都是意料之中的事，但信長和秀吉都忙得焦頭爛額。
如果是尋常的凡人，這樣的難關未必能闖過去。
除武田、朝倉、淺井、六角等人之外，本願寺徒眾已在伊勢的長島和大坂兩地開始行動。更有甚者，叡山的僧徒為阻截信長進京，來到坂本城附近。一直斂聲屏氣的三好一夥也舉兵在攝津修築野田和福島兩城，與信長為敵。
這樣一來，松永久秀的行動更加令人難以測知。
他泰然處之，揚言一旦確認織田勢力垮台，他立刻叛變。到元龜二年五月，他果真謀反易旗了。
「信長威風凜凜的時代宣告結束。」
在這個梟雄的眼中一定清楚地映出這一結論。
不，不僅松永久秀認為信長大勢已去，甚至連稱信長為「恩父」的將軍義昭也在幕後策劃。秘密地向武田和本願寺發出「討伐信長」的指令。
與其說信長四面楚歌，……不如說八方受阻。確實是危機四伏，令人窒息。
但是，信長並沒有惶惶不可終日。他本來就是這樣打算的。不是奪取天下，就是以尾張的大傻瓜宣告結束一生。他早已將生命置之度外，一切聽天由命。他是這樣想的，也是這樣乾的。
「甚麼？十個，十五個敵人，各個擊破，一個也不能漏掉。」
德川家康對付武田信玄，兒子忠信對付松永久秀。柴田勝家派到近江，他首先親自去長島平息農民暴動。
當時，包圍長島的兩萬人被燒死。那種驚心動魄，令人瑟縮發抖的戰鬥場面，在此略筆，不多描述。
這一切都是信長的決斷，秀吉無能為力。
長島城內不光是軍隊，還有老人、婦女和兒童。
「一個不留，全部燒死！」
信長也為失去一個弟弟而惱怒狂暴，但仍按他宣布的那樣，嚴密地封鎖出口，一個不漏地燒死了。
他一到近江，立刻作出任何人都作不到的重大決斷。
八月二十日攻打了淺井長政，當然一時難以決定勝負。派往坂本城的森三左衛門及其部下五百人都與城同生死共命運。
「火燒比叡山！」信長雙目怒睜，下達命令。
明智光秀等人大為震驚。不光是光秀，秀吉也感到十分驚訝，急忙派密使去勸告叡山方面採取中立態度。
不管怎樣，比叡山作為鎮護王城的聖地，七百年來是不曾有一兵一卒涉足的靈地。
從前，後白河法皇曾說，不尊朕之命者只有賀茂川的流水和山法師……這樣一來，比叡山便成為世外桃源，不可侵犯的聖地。這一不成文的規定，成為人們因循的舊習戒律。
當然朝倉、武田也都堅信無人破戒，故將比叡山的僧徒拉去入伙……
信長燒毀那個靈場後還蠻不在乎地解釋說：
——以前，比叡山是日本的王立大學，同時也是天台宗這一佛教的總本山（天台宗的總寺院），利用允許自治的特權，以武裝暴力介入政治的話，自然就既不是學府也不是殿堂了，是墮為實力主義的證據。所以我是以實力對付實力……
長島也不例外，信長不承認它是宗教府，因此，反抗者一律視為仇敵格殺勿論。
學府的謹言慎行，宗教殿堂的精神權威統統被信長拋到九霄雲外。因為比叡山介入俗世的政治鬥爭，與朝倉、武田串通一氣反抗織田，所以毋須客氣，必須立刻嚴密包圍，統統殺死。
秀吉一向深思遠慮，他急速派密使勸說對方採取中立，但一向趨炎附勢的光秀拜見信長，建議慎重從事。
「恕我不揣冒昧，只這件事請您三思而後行。」
「噢——！為甚麼要三思，為甚麼要取消這一計畫，不這樣做，我們必定滅亡！」
「但那裡是鎮護王城的聖地，如果燒毀將來會落個暴虐無道的罪名。」
「禿頂光秀！」
「是！」
「你認為比叡山現在仍然有鎮護王城的實效嗎？蠢貨！現在真正鎮護王城的只有我信長一個人。是信長進京後才使百姓安居樂業，著手修建皇宮的。然而為這一偉大事業設置重重障礙的，……就是比叡山的那幫禿和尚。信長就是神，就是佛！比叡山的和尚是反抗神佛的蛆蟲，神佛要蹍死這些蛆蟲是理所當然，難道還要講甚麼客氣嗎？」
信長說罷踏入比叡山，邊砍殺僧徒邊四處放火燒山。這一事件發生在九月十三日黎明。
社會一般認為比叡山是不可冒犯的聖地。僧兵們也萬萬沒有想到會有暴徒涉入此地。這裡的僧徒看風駛舵，局勢於己有利時出兵參戰，局勢對己不利時迅速撤回聖地，為此他們自以為得計。
以前沒人敢譴責他們的野蠻無理，信長也是出於萬般無奈，忍無可忍。
十三日拂曉，這個以七百年的悠久歷史為自豪的延曆寺的根本中堂噴射出熾烈的火焰。這時，所有的山谷都濃煙滾滾，天大亮時，數百個堂塔已變成一片火海。
得意忘形的僧兵，竟將朝倉和淺井的軍隊帶到勤行修行的聖地。他們自以為進了保險箱。這時，無憂無慮安心養息的僧兵們都驚叫著跳起來。
不用說，起初他們很想抵抗，但他們做夢也沒想到這裡會成為戰。了如指掌的地理條件也背叛了他們。
熊熊火勢不斷擴張蔓延，火舌越伸越長，瘋狂的火浪從一個山谷滾向另一個山谷，張牙舞爪地撲向古老的森林。
站在琵琶湖對岸眺望火景，山峰、湖泊統統被卷進火焰的漩渦之中。
這時，信長已驅馬來到坂本的神社門前，開始發號施令。
「毀滅叡山的是叡山本身！僧俗無別。不分老幼，活著的一個不留統統殺掉。這個世上不允許腐朽的聖地存在。只有這樣，才能從那裡升起新的太陽。」
聽聲音不像是人在講話，簡直是革命的羅剎在咆哮。
帶著強弓追蹤信長飛奔而來的只有山門隨一荒法師一個人。他身高六尺四寸，長相酷似金剛，但他的強弓始終未能射中信長。
他的箭是特大型的。一旦射中，定會人仰馬翻，粉身碎骨。雖然他射了兩箭，但只是馬倒下，信長死裡逃生。
慘不忍睹的全山大屠殺是在這以後開始的。
對僧兵中的暴徒採取視而不見態度的學者僧，以為不會殺到自己頭上，他們紛紛逃離火場，到山中避難。
然而，信長下的是一個不留統統殺光的嚴格命令。
「我們甚麼壞事也……」
「請饒命……」
隨著暴亂和屠殺的猖獗，女人的禁區——佛門聖地也出現了婦女和兒童。她們被認為是和僧兵同夥的，自然也被列入砍殺之列。
特別是逃上八王子山的人們，他們東躲西藏，更是悲慘已極。不論男女老少，不管你是僧人、俗人，還是智者、上人，完全徹底，毫不留情地斬盡殺絕，無首屍滿山遍野。
第二天，房梁長四十間 的根本中堂自不待言，連三王二十一社，靈神、靈社、僧坊、寶塔、佛像、經卷……全部化為烏有。
當時在京都的基督教的傳教士們作了如下記載：「——信長的命令部署嚴密周到，如同猛獸覓尋食物，讓士兵躲在洞穴里，發現逃亡者立刻殺掉。他懲治這一大敵（佛教徒）那天，是一五七一年，聖彌賽亞祭日。」
基督教徒見佛教徒遭受懲治幸災樂禍，京都及其附近的佛教徒無不膽顫心驚。
「——信長的行動我們無法理解……」
信長狠狠地懲治了僧兵，使他們知道當今不是一宗門 的僧兵逞威風的世界。
這一惡魔般的決定，終於把信長從自取滅亡中解救出來。他邊放心地休整邊致力於皇宮的修建，慶祝皇宮竣工時，迎來了元龜三年。