信長的長子信忠那天黎明時的驚愕表情才真正令人擔心。讓我們回過頭來看一下他所住的妙覺寺吧。天色還有點暗，當信忠和部下聽到不同尋常的戰鼓和吶喊的聲音從床上跳起來的時候，妙覺寺已經和本能寺一樣，完全處在明智軍隊的包圍中了。但是，妙覺寺這邊駐紮了比本能寺更多的兵力，有五百六七十人。
信忠馬上明白是明智謀反了，聽上去敵人已經逼近了，妙覺寺中的騷亂自然是語言無法形容的，儘管如此，轉眼之間全軍的戰鬥部署已經完畢，是在此防守還是殺出去，就只等信忠的一聲令下了。不用說，明智的主力部隊現在都集中在本能寺。雖說明智事先就知道妙覺寺的兵力比本能寺多，但是派到這邊的是明智光忠的第二軍隊，人數遠遠少於第一軍隊。
「只要取下了右府的首級，馬上就能分出一部分援軍，在那之前只要不讓信忠跑了就行。」這就是光秀對光忠講述的作戰計畫。如果六百多士兵豁出性命拚死突圍的話，即便是光忠有信忠四倍左右的兵力，也難保能夠形成滴水不漏的包圍。而明智這邊沒有像對本能寺那樣突襲，因此信忠和將士們在震驚之餘還有穿戴鎧甲、護具，甚至商議前後對策的時間。
說是商議對策，在這種生死存亡的關頭，大家也沒有什麼不同的意見，「趕赴本能寺」「最重要的是保護信長公的安全」。大家一致決定先到本能寺會合，堅守在一起之後再作打算，於是信忠率領全軍即刻放棄妙覺寺匆忙趕往本能寺。
然而，即便他們如此迅速，已經為時已晚了。信長和他的隨從們不用說穿甲戴盔了，幾乎沒時間拿起刀槍就和敵人針鋒相對了。儘管妙覺寺和本能寺距離很近，這邊的人穿戴盔甲、整頓好隊伍準備出發的時候，即便是飛奔過去，從時間上來說也已經錯過營救信長的時機了。不夠迅速並不是信忠的錯，反而是這裡的六百多士兵導致了延誤。與六十人的狼狽相比，六百個人一下子慌亂起來會更加混亂。如果是六十人的小部隊的話，說不定能夠赤手空拳地突圍出去，正因為是六百人的軍隊，整頓武裝、集合隊伍，不得不以軍隊的形式出動才延誤了時間，這也是無可奈何之事。
就這樣，信忠和他的將士們剛要從妙覺寺出發的時候，對面跑來了不到十個人，個個蓬頭垢面、渾身是血。原來是村井春長軒父子和他的家臣，他們本來要去本能寺，卻沒能進去，最後只好流落到此。聽春長軒父子說本能寺已經被敵人圍得水泄不通，沒有希望救出信長了，信忠咬著嘴唇顫抖著說：「可恨！」
他眼裡含著悲痛的淚水說道：「難道我要成為不孝之人了嗎？」
有人從身後扶著他說：「中將大人，您要保持清醒，振作起來！」聽了這話，他才意識到自己已經有些踉蹌了。同時，他也強烈地反感自己的失神，在心裡對自己說：「你是信長的兒子！你不是織田信長的兒子嗎？身為三位中將信忠，現在可不是像女人一樣哭哭啼啼的時候。」然而，一看到本能寺上空的黑煙和火光，他心中的怒火也幾乎發瘋了似的熊熊燃燒起來。在那煙霧和火光之下，還有他的父親，不知道父親是不是陣亡了。
敵人發射的子彈和箭落到周圍的土牆、樹梢和地面上，發出了異樣的聲響。眾將圍在信忠身邊像盾牌一樣保護著他，又異口同聲地勸說道：「事到如今也是無可奈何。殺出一條血路，趕赴安土才是萬全之策。只要進了安土城，以後總會有辦法的。」
信忠似乎很生氣，一把甩開從身後扶著他的武將的手，說道：「父親生死未卜，身為人子，我怎能離開這裡半步？而且明智計畫如此周全，不可能輕易讓我們過去。作為武門中人、為人之子的道義，只能留在這裡全力戰鬥。」他又猛然回過頭，向著全軍將士喊道，「做好準備，敵人靠近了！」
受他的氣勢鼓舞，大家馬上達成了一致，決心拚死一戰。話雖如此，在這個只有一層土牆的妙覺寺也無從防守。距離這裡不遠有個二條城，眾將向信忠建議那裡才是非常堅固的防守之地，說完就先行一步趕往那邊的門口了。
妙覺寺和二條城之間只隔著一條外護城河的寬闊街道。這裡曾經是室町幕府的府邸。趕走了足利義昭之後，信忠的父親信長便拆了舊館，重新修建了城池，入京的時候也曾留宿在此，現在已成為皇室的御所。正親町天皇的皇子誠仁親王就住在這裡。信忠的手下雖然十分惶恐，但是還是先去城門那裡訴說了事情的來龍去脈，得到允許後擁了進去。為了阻止信忠他們轉移，在外護城河道路的一角，明智軍和信忠那邊斷後的士兵已經開始了一場血戰。然而，正在那個時候，從市內趕來了很多己方將士，給薄弱的織田軍增加了不少氣勢。在這期間，信忠也順利地轉移到了二條城。
因為本能寺很小，市內的各處旅館也駐紮了不少信長的部下。信長的馬前護衛小澤六郎三郎住宿在烏帽子屋町。他在拂曉時聽說了本能寺之變，馬上跳起來責備自己說：「太疏忽了，太大意了！」
他穿戴好護具，想要衝出去的時候，旅館的主人全家都說：「火勢已經那麼大了，聽說信長公也已經自盡了，身邊的侍從也全都戰死了。妙覺寺那邊也都是明智的軍隊，各個路口恐怕也都過不去了。與其去白白送死，不如躲到屋頂閣樓，我們一定能把你藏好。」
因為平日交情甚好，大家都扯著衣袖挽留他。小澤向大家行了個禮說道：「多謝各位的好意，如此說來我更要儘快和信忠卿會合，最後盡一點自己的職責。打擾大家這麼久了，希望各位都平安無事。」
小澤甩開袖子，頭也不回地朝大路跑去。他平日里德高望重，現在就連鄰居都走出家門，含淚看著他的背影說：「天哪，六郎三郎大人要去送死了！」除此之外，分別住宿在市裡各個旅館的將士還有野野村三十郎、菅屋九右衛門、豬子兵助、福富平左衛門、毛利新助、筱川兵庫等人。豬子兵助和毛利新助等人是信長的老部下了，都是從桶狹間之戰時起就小有名氣的勇士。特別是毛利新助的名號，當時作為槍挑今川義元的特殊功臣就已經無人不知、無人不曉了。
在戰場上，這些人都是出類拔萃的部將，如果他們都住在本能寺附近的話，不會那麼輕易就讓明智軍得逞的。怎奈他們分散在各處，而且距離本能寺還挺遠。既然如此，這些人全都不約而同地向妙覺寺趕來。恰巧當時信忠正率領部下向二條城轉移陣地，前來阻擊的明智的先鋒軍隊和織田方的斷後部隊之間拉開了激烈的戰幕，這些率先趕來助陣的人發揮了很大作用。有的人當場戰死，也有不少人受傷後被捲入敵軍之中，但是大部分人瞅準時機，猛地退向城門，拉起了最後一道弔橋。
妙覺寺里信忠的手下大約有六百人，加上從市內各處趕來的三百多人，總數約一千人的將士就這樣在這個早晨獲得了藏身之地。明智方面完全沒有預料到信忠的部隊會逃離妙覺寺、據守二條城。由於是親王居住的地方，絕對不能在那裡開戰。
「糟了！」一時之間，困惑的氣氛籠罩著明智軍隊。
「讓他們進去了？真是大意了。」身為主將的明智光忠也責備先鋒部隊的阻撓不力，趁著敵人沒有加固城門，馬上派士兵分別到三個城門，將這裡包圍起來。二條城有東、西、南三個門。這裡的護城河又深又寬，與本能寺的壕溝不同，這條河裡注滿了水，看來是從什麼地方自然湧出來的水，清澈見底，微波蕩漾。
「敵人在裡面嗎？」光忠目測著已經緊閉的鐵城門和護城河之間的距離，喃喃自語道。四周的空氣靜悄悄的，以至於讓人如此懷疑。
不一會兒，一支箭從城內的石倉上的箭樓越過護城河，射了過來。由於箭上綁著信，並河掃部拾起來後馬上交給了光忠。信上署著三位中將信忠的名字，是申請暫時休戰的。大意是：「親王大人和王子大人正在御所之中，黎明時分打擾了他們的清夢就已經惶恐萬分了，如果我們在這裡繼續交戰，難保不會將金枝玉葉的貴體捲入其中，造成意想不到的傷害和不敬。因此，首先雙方都暫時收起弓箭，將皇親們轉移到安全的地方，然後再無所顧忌地決一死戰，不知意下如何？」
「當然有異議！」光忠本打算馬上回信，聽了並河、藤田、松田等幕僚的建議後，先給城中回了一箭，上面寫道：「稍等。」然後馬上派人去堀川大本營詢問光秀的意見。
這時光秀正從最初的營地向二條城附近轉移。因為本能寺已經攻下，現在只剩下二條城了，光秀移動的同時下令本能寺方面的人馬勻出一部分，馬上前往二條城協助光忠。
讀了信忠的信，光秀說道：「不愧是信長的兒子」，言外之中表露了他的感動，又傳令應當欣然允諾，並告誡說，「當皇室人員轉移的時候，要嚴令全軍上下，不能有絲毫差池。」一接到命令，光忠馬上按照光秀的意思答覆了城中。時間終於到了卯時，本能寺那邊的軍隊將寺內的煙霧拋在腦後，陸陸續續加入到這邊來，形成了一個包圍圈。
護城河沿岸到處都是明智的兵馬。很快迎來了停戰的一瞬間，寂靜得