突然，京都的大街小巷裡喊聲四起。
正值新春正月初四，那些毫無心理準備的市民突然聽到有人喊了一聲：「戰爭又打起來了！」他們已顧不得是什麼人、在哪兒又打起來，一心只想快逃。街上並沒看見武士模樣的人，只是一群普通百姓。
「這可不得了了！」
「快收拾一下跑吧！」
家家戶戶立刻亂成一團，城市也失去了往日的寧靜。
任何一個地方的人都不曾像京都百姓這樣飽嘗戰亂之苦，甚至可以說京都的每一寸土地都來源於歷次戰亂時的灰燼。每當這裡發生內亂時，京都內外都是火光衝天。
此次，信長率大軍進京時，百姓都非常恐懼。他們回想起木曾山的軍源義仲進京後犯下的種種燒殺搶掠的罪行，所以他們對於織田軍的畏懼也不難理解。
然而，信長並不是義仲，市民們終於認清了這一點。在一片祥和的氣氛中，京都百姓送走了舊年，迎來了新春。城裡秩序井然，婦女們甚至可以安心地在夜間行走，大街小巷都在傳送信長及織田軍的美德。
然而，就在年底的時候，京都就有傳言說流竄到泉州至河內地區的三好餘黨開始作亂。不過，老百姓都堅信織田軍會保護京都，所以他們並未有任何不安。可是，信長留在京都的駐軍並不多，京城內外只有兩千軍兵負責警備。同時，三好餘黨的細作喬裝改扮悄悄溜進京城，當他們得知信長的大部隊已返回岐阜城時，便將城內兵力不足的消息通知給各地餘黨。
密切注視著信長一舉一動的敵人不只有三好、松永兩黨的殘部，還有那位被信長逐出美濃的齋藤龍興，以及剛被信長掃平的佐佐木家的殘餘勢力。此時，齋藤龍興的身影開始在河內及泉州附近頻頻出現，原美濃重臣長井隼人一直追隨著他。隨後，龍興就與三好、松永餘黨結成了連盟。
這些人打算趁虛而入，攻進京都。
於是，敵人在年底時動了手，負責城內警備工作的藤吉郎不敢有絲毫鬆懈，為了避免引起騷亂，他未將此消息告知市民。然而，戰況的發展卻對織田軍越來越不利。新春剛過，敵人就集結了一萬兵馬向京都逼來。
同時，那些潛入城中的殘黨趁著織田軍忙於布防之機，悄悄與埋伏在城外的部分敵軍會合，並在正月初四白天，突然包圍了本國寺的護城河。
「啊！」敵軍一邊吶喊著，一邊架橋越過護城河。
將軍義昭就住在本國寺里。
因為他剛剛入京不久，幕府的辦公衙門和將軍府第還未來得及籌建。所以在新府第竣工之前，義昭便暫住在本國寺里。
前一位將軍義輝因松永彈正作亂，被燒死在自己的府里。此時的義昭沒想到，在朗朗乾坤、光天化日之下，那慘絕人寰的殺戮又要在本國寺重演，寺內頓時陷入一片混亂之中。當藤吉郎聽到消息時，大喊一聲：「不好！」立刻帶領一隊人馬與敵軍展開了巷戰。兩軍相遇在本國寺與七條道場之間的十字路口，這場巷戰從中午一直打到傍晚仍未結束。
附近民宅的門上、牆上濺滿了血跡，隨後這些民宅也都被付之一炬。
然而，這場戰爭依然未分勝負。
儘管負責警備的織田軍人數不多，但藤吉郎指揮有方，他們仍能與敵人僵持下去。當然，這其中的傷亡自不必說。眼看天就要黑了，藤吉郎覺得這些自信滿滿的敵軍快要堅持不住了。沒想到，敵軍的全面潰敗比他設想得還要快。
「撤！」
「快撤回去！」
敵將拚命喊叫著後退，一時間潰兵如潮，只見他們走過的地上到處散落著殘破的刀槍、頭盔、草鞋、燒殘的旗杆、碎紙和兜襠布。
「木下大人在嗎？木下大人在嗎？」天剛擦黑之時，三四百名援兵從本國寺附近趕到了藤吉郎的營中。
「我在這裡。」滿臉汗水的藤吉郎應聲答道。
當敵軍撤走後，他立刻命令：「不要追趕敗軍，要立刻滅火，以防火勢蔓延至整個城區。」
藤吉郎一直四處奔走查看，臉上、頭上都是熱氣騰騰。看到援兵後，他走上前問道：「請問你們是誰的部隊？」
「就是剛來的人的。」只聽一名全身盔甲的將官從隊伍里走出來答道，原來正是荒木村重。
「咦，怎麼是你？」
「我聽說京都有變，立刻從尼崎飛奔至此。我可以幫你滅火，或是去本國寺看望將軍。不過，如果你現在讓我去追擊敗軍，我保證為你斬下幾顆敵軍首級。總之，一切均聽閣下調遣。」
「在下實在感激不盡。一切拜託你了！」
「那我們就出發了！」
說著，村重高舉戰刀，對嚴陣以待的軍隊命令道：「全力追擊！」
村重一馬當先，從淀川一直追擊敵軍至伏見城方向。敵軍大敗，墜河、被斬殺者不計其數，近千具屍體被丟在了沿途。
轉眼到了正月初六，外面大雪紛飛。
早有探報抵達岐阜城，將本國寺之變和畿輔地區的叛軍動向報告給信長。
「看來事態非常嚴重啊！」信長說了一句。他十分擔心將軍的安危，不過更讓他憂心的是，自己好容易建立起的問鼎中原的基石有可能毀於一旦。「時不我待！不能再猶豫了！」
於是，信長立即下令出兵。此次出兵和往常一樣，他仍是第一個越過城門，然後是十餘名騎兵，再往後是二十名騎兵，接著是三十名騎兵。
大雪已積得很深，甚是難行，信長勒住馬命令道：「所有騎兵均下馬步行。」同時，他還讓士兵將各自馬鞍上的糧食和軍需物品都帶在身上，並讓行李少的人幫行李多的人分擔一下，這樣一來每個人的負重就基本一樣了。
「加快速度！」信長揚鞭命令道。
儘管大雪始終未停，但第二天織田軍就已渡過了瀨田大橋。他們用兩天時間走完了三天的路程，直奔京都。
「織田大人已進入六條了！」
聽到這個消息，瀰漫在京都上空的烏雲頓時消散一空。無論是天皇還是百姓，終於都鬆了一口氣。
信長的鐵軍從都城外一直長驅直入至畿輔地區，再次向世人顯示了「氏族神」的威力。然而，信長此行並不是為了剿滅那些草寇，而是另有他圖。
在二條城的廢墟上，一項浩大的工程已經開始了。工人們壘石牆、挖壕溝，還拆除了東北側的一條街區，原來信長要為將軍義昭修建府宅。
為使工程儘快完工，信長從美濃、尾張、江州及五畿總共十四國籌集了大量人力和建材。雖然此項工程規模龐大，但在四月六日就已基本竣工，還舉行了落成典禮。
隨後，將軍在信長的邀請下，搬到新府內居住。
搬遷之日，義昭緊握信長的手說道：「閣下就是我的再生父母啊！」他的確從心底感激信長，在喬遷喜宴上，義昭還親自為信長滿酒以示祝賀。
看到將軍如此高興，信長也十分欣慰，隨即命令隨身侍童道：「與一郎，給將軍跳一支猩猩舞！」
細川與一郎今年才七歲，是細川藤孝之子。
「是！」與一郎答應一聲，立刻起身跳起來。信長取過小鼓，親自為他伴奏。
「好呀！好呀！」
各國豪傑不禁交口稱讚。不但與一郎的舞跳得好，信長的鼓也打得恰到好處，滿堂上下響起一片喝彩聲。
這個與一郎就是日後的細川三齋，即越中守忠興。
僅過了兩日，信長又投入到繁忙的公事中。
接下來的任務是修築皇宮。
四月八日這天，皇宮前舉行了奠基儀式。自從二次上京以來，信長每日都有忙不完的事，即便晚上也沒有小憩或獨酌的時間。
他不但親自審定建築圖，還多次召見了工程奉行官島田彌右衛門、朝山日乘及村井貞勝等人。
信長並非拘於古禮之人，但他規定修建皇宮時一定要遵循古禮行事。所有工人必須頭戴黑帽、身著素袍，所用建材也必須為潔凈之物，決不允許沾染一絲一毫的污穢。
此項工程的預算為一萬貫，勞力需兩萬人，於是信長決定向京都的富商們徵收一定的賦稅。而且，他自己也經常身著行滕 、手持白刃到工地上視察。
由於信長的名望太高，有一個百姓為一睹信長尊容，竟頭戴女式斗篷，悄悄溜到他身邊。信長假裝不知，默默從後面靠近此人，突然抽刀將對方首級砍下。那些之前認為信長很隨和的人，這才發現他有多恐怖。他表面看上去不拘小節，實則非常嚴肅，他的命令必須要貫徹到底。每當信長信步走來的時候，所有人都立刻屏氣凝神，以待指令。
京都城內的市政工作也在有條不紊地進行中，信長拆除了管轄範圍內的所有關卡，允許百姓自由通行。同時，他還下令收回之前被各武家搶佔的皇家領地，並將之歸還給朝廷。
不久，京都內又有傳言說信長即將回岐阜城，於是將軍急忙向信長建議：「派遣一位善於謀略