穆彰阿走後，道光帝又將長齡的奏摺反覆看過，心道：將在外君命有所不受。萬一長齡堅持己見，對此我也沒有辦法，戰場上如有失誤他便推向我，認為我戰略不對。現在我權且尊重前線軍事指揮機構意見，也讓臣下知道我是能夠接受下屬見解的，一旦戰場上有所失策，我再好好整治這些自以為是的朝臣。
想至此，道光命御前太監常永貴服侍他擬定諭旨一份，火速派內閣送往回疆。
回疆逆裔張格爾，潛謀煽惑，興兵作亂，欽命授大學士、伊犁將軍長齡為揚威將軍，由京頒給印信，前線軍營大小官員，一律歸長齡節制。命武隆阿由山東來京，頒給欽差大臣關防，與欽差大臣楊遇春共同參贊軍務。組成三人最高軍事指揮機構，並授長齡以指揮全權。如有續行添調官兵之處，並著長齡等一面奏聞，一面飛調。軍火、糧餉一切經費，已飭戶部速行籌款，源源接濟。兵精糧足，天戈所指，無難悉數掃除。
欽此
道光六年七月二十四日
回疆，地處西北邊陲，幅員遼闊，人煙稀少，地形卻特別複雜，幾萬大軍跋山涉水，遠征這樣一個地方，所需軍火、軍糧、軍餉、軍服、馬匹、馱隊等軍用物資能否接濟上，這也是這場平叛戰爭能否取勝的關鍵。
道光帝從調派大軍的開始就一直在思考這項工作的進行。道光接到回疆告急文報當天就傳諭楊諭春為欽差大臣立刻赴疆，接著傳諭陝西巡撫鄂山趕往甘肅，署理陝甘總督，籌備軍火、糧餉、馱只接濟前線。
七月中旬，命軍機大臣傳令烏魯木齊都統英惠坐鎮北路準備軍需物品，並設法運解回疆。與此同時，諭令哈密辦事大臣恆敬對運往回疆的各路清軍和糧資及時接應並安排接待和護送。
內閣把諭旨送往伊犁將軍長齡之後，道光稍稍鬆口氣，隨即又想到軍用物資的接濟工作剛展開，還需要進一步擴大，於是命太監傳令召軍機大臣、吏部尚書王鼎到養心殿議事。
吏部尚書王鼎近期特別繁忙，他知道軍需供給是戰爭的後盾，也是戰爭的命脈。身為朝廷命官不能為君王分擾解慮就枉為人臣，因此，回疆告急文書一到，王鼎就著手整理全國各地的財物、軍需品整理登記，一旦聖上需要及時呈上。多日不見皇上提出此事，正準備奏報皇上，讓皇上早早安排軍需供給，忽聞皇上召見，心想必為此事，不敢有半點耽擱，就把自己近期整理出的國家財物報錶帶上，入養心殿叩見皇上。
禮畢，平身坐下，道光便開口問道：「王愛卿，朕早有宣你面談之心，近日事務較忙，一直沒有閑暇，才拖到今天。你知朕召你為何事吧？」
「回皇上，臣知皇上為平叛之事心勞，臣不能為聖上解憂這是臣的失誤，請皇上治罪！」
「不必如此客氣，王愛卿對平叛工作有何看法？」
「皇上已傳下諭旨，調派指揮大員入回疆作戰，征殺討伐，攻城奪隘等軍事謀略，臣實在愚笨，不敢妄談。臣在吏部為官多年，做點後勤工作，也是臣的份內之事，懇請皇上隨時調用。」
「朕宣你上殿正為此事！」
「聖上有何遣使，臣當竭心盡躬，以報聖上知遇之恩。」
「你對平定叛軍工作有何看法？」
「回皇上，軍需接濟是戰爭的最重要因素，而這次入疆平叛又非平常作戰，實是戰爭史上罕見的後勤運輸之難題。」
「是呀！」道光吁了口氣，「運輸距離長達萬里之遙，到處是荒無人煙的沙漠戈壁荒灘，水草缺乏、氣候多變、環境惡劣、地遠人偏、夷人凶蠻，朕也為運輸之事擔憂。」
「臣等竭力輔助聖上多方面謀劃，盡量把這工作做得周全、完備就是了。」
「朕已傳旨給陝西巡撫鄂山、烏魯木齊都統英惠、哈密辦事大臣恆敬，命他們先行準備軍用接濟。王愛卿，你看此事還有誰能參與辦理？」
王鼎略一思忖說：「陝甘地處河西走廊地段，與回疆距離較近、物產尚豐，可以此地區為大本營，調撥物用，雖有鄂山總理一切，但一人未必事事考慮周全。」
「那誰能前往協助處理此事？」
「前任陝西巡撫盧坤為人厚道持重，又熟悉陝甘事物，可往甘肅輔助鄂山工作，專門停駐肅州，操辦一切過往回疆的物品。」
「嗯，盧坤可以前往。但朕考慮到發兵四萬，軍用耗資大，想組織一個後勤運輸網路，不知王愛卿對此有何異議？」
「運輸網路？」王鼎喃喃自語，「但不知皇上想組織一個怎樣的運輸網路？臣愚昧不知，請皇上細說。」
「朕考慮運輸路途遙遠，道路艱險，唯恐一條運輸線跟不上前線部隊所急需而貽誤戰機，想用三條線路運輸，分時前進，交錯進行。這樣，前線軍需品就會源源不斷。」
「但不知皇上選用哪三條運輸線？」王鼎仍有疑惑。
道光讓王鼎走近御案，用手指點著御案上的地圖說：「這是東路運輸線，從京城向西由西安出蘭州到達肅州，肅州是三條運輸線的總樞紐。由此一分為三，從肅州到哈密、沿吐魯番轉道喀喇沙爾、庫車，直抵阿克蘇大營，這為第一條運輸線。還有北路運輸線，由烏魯木齊南行，經吐魯番盆地，轉道喀喇沙爾、庫車，抵達阿克蘇。」
王鼎看著地圖，目光沿著道光的指點，心中已明白大半，但又提出疑問，「這第三條運輸線呢？」
「你瞧這裡。」道光點了一下地圖上的伊犁，「從伊犁經冰嶺也可到達阿克蘇。」
王鼎點了點頭，「是的，皇上果然才智過人，處理事務妥當。一般人只能設計出前兩條運輸線，而這第三條運輸線確實令人難以設計出，不僅路途簡捷，而且安全可靠，叛匪絕對想不到我大軍糧草將從此處經過，實在高明。」王鼎不住稱讚。
「有這三條軍需運輸線，還怕前線供給跟不上？」道光停了一下，又嘆口氣說，「話說過來，線路設計好了，但真正運轉起來也是相當困難。路遙道艱，眼看又要入冬，回疆奇寒的天氣，士兵要遭受多少苦難。仗一打起來，又有多少無辜的百姓流離失所，徒遭征戰之苦！」
道光顯然有點氣憤，也有點情緒激昂，邊說邊站了起來，踱了幾步，望著遠方，陷入沉思。
過了一會，道光回過頭，對王鼎說：「朕已傳旨讓鄂山駐紮蘭州，盧坤停駐肅州，恆敬進駐哈密，英惠坐鎮烏魯木齊，德英阿前往伊犁，分別管理所在地的軍需品調撥。這幾處應互為呼應，彼此聯絡，由你統一調度管理，這樣，一個運轉靈活，舉措周密的後勤補給指揮網路就形成了。」
王鼎撲通一跪：「臣遵旨，決不負聖望，盡臣之所能為國出力，為我皇解憂。」
道光走上前扶起王鼎說：「王愛卿不必有所顧慮，可放手去做，你看哪些人可以調用，隨時調用，有困難奏請朕給你解決。」
「運輸之事，臣也有考慮，不過沒有皇上分析制定的如此周密詳盡。」
「好，能夠事先考慮一下就好，然後再做就得心應手，但不知王愛卿如何考慮的？」
「臣認為陝西、甘肅兩省距回疆較近，可先在這兩省挑選精明強幹的道府大員專門負責後勤事宜。像陝西鹽道查廷華。寧陝廳同知朱紹穎、寧羌知州諸能定等人均可調用處理各地物資投運工作。然後再從內地像山東、直隸、河南等地調人籌集糧餉軍火，隨後運行。」王鼎頓了一下又說道：「不過，臣的設想比皇上的謀劃可差遠了。」
道光笑了笑。
「不能這麼說，朕是總體上部署，而王卿的設計則是這宏觀布署的具體做法。王卿設想挺好，切合實際，正好納入運輸工作之中。」
「謝聖上誇獎，臣有愧。」王鼎說道，「由內地籌集後再運往回疆，為了保障物源充足，就要啟用一批府、州、司、道。縣、廳的官吏，讓他們在各處分駐，督率軍需物資的靈活轉輸。」
「可以啟用這些官吏，特別是有實際工作經驗的老臣也可動用，不必多慮，對於不聽調遣者隨時奏給朕！」
「皇上對這次平叛需多少物用是否估計過？」
「朕尚未考慮，由於戰爭規模和時間難以預料，軍需物資要多少是難定的，但一定要充分，只可有餘，不可欠缺，當然要節省，不能過分的運輸而造成糧餉物用的浪費。」
「臣明白這個道理，『一餐一粟當思來之不易，半絲半縷恆念物力維艱。』臣豈敢拿天下百姓之血汗而無所作為？」
「王愛卿能夠理解朕的苦心就好，但不知王愛卿對各地物用是否有個大概數目？」
「根據各地報表，臣已命人統計出一個大致的數目，請皇上過目。」
王鼎邊說邊把隨身帶來的一個簿本呈給道光，道光接過一看，只見上面寫滿了各地詳細的軍用物資和糧餉數目。
「陝西已備戰箭八十萬枝、火繩一百九十五萬丈、火藥四十五斤、槍子六百五十萬發、炮子十二萬發。甘肅常備鐵馬掌四萬副、戰弓五千張、馬匹一萬二千匹。伊