由於白娘娘的聰慧能幹，彭安國在位安享了多年太平。八十二歲那年他才病逝。其長子彭思萬於寶佑二年（1254）年繼任。這時，元軍在忽必烈的統領下大舉南伐。1276年，南宋都城臨安被攻克，南宋滅亡。又過三年，趙氏一個小皇帝在崖山被大臣陸秀夫抱著跳海而死。元軍消滅了南宋最後一支抵抗力量而統一了全國。彭思萬眼見宋王朝滅亡，元世祖入主朝廷，便在這年冬月來到武漢，拜見了元朝廷大臣行中書省湖廣平章奧魯赤。彭思萬對奧魯赤道：「我部土司願意歸附大元皇朝，請您向皇上轉達我的意願。並乞封安撫司為盼。」奧魯赤道：「爾等歸附我朝，吾皇必定欣悅。待我當面稟報，再予爾回覆。」
彭思萬遂在武漢擇店住下，一連等了兩月。這期間，奧魯赤親至大都，向元世祖忽必烈轉呈了土司彭思萬的歸附意願和乞封請求。忽必烈聽了稟報後，果然高興地說：「溪州土司願意歸附，我朝表示歡迎。不過，我朝改制新建，不宜濫施官員。安撫司使職權過大，土司酋長不能擔此重任。」
「還有別的官職，可否考慮封任？」奧魯赤又問。
「朕封他為武德將軍如何？」忽必烈道，「給個武將職位，不設衙署。」
「可以，這對土司也是個安慰。」奧魯赤即回武漢，轉達了皇上旨意，彭思萬乃到京城作了朝見。忽必烈當面給他賜了印章並授其職為武德將軍。彭思萬連忙跪頭謝恩。
一個多月後，彭思萬一路遊山玩水轉回了永順。其弟彭勝祖得知元世祖不肯封永順為安撫司，表示十分不滿地對兄長說：「我們溪州之地歷朝都有衙署分封，為何元朝只封了個武將之職，卻不授安撫司衙署，這不象話。朝廷不願封，我們自己設安撫司吧！」
彭思萬道：「沒經朝廷同意，我們怎能自己設安撫司衙署，這事不能做，做了會惹火燒身。」
因為兄長不願意，彭勝祖也無可奈何。後來，彭思萬去世，其子眼睛瞎未能襲職，彭勝祖乃於元貞二年（1296年）繼任爵位。
大約在南宋末年，朝廷便在各蠻吏之地始設安撫司和宣撫司。元朝時，繼設安撫司、宣撫司和宣慰使司。元延佑七年（1320年），彭勝祖開始自稱為永順撫司。其子彭萬潛於元至正九年（1349年）襲職。至正十一年（1351年），彭萬潛自稱為宣撫司。
與永順比鄰的桑植大庸境內，這時也有兩支土司開始興盛起來。一支是桑植的土司向思勝，於宋景炎三年（1278年），奉朝廷之命，從四川盤龍洞到桑植征苗。向思勝善於征戰，到桑植後，先後征服了土酋、苗酋十二處。元世祖忽必烈滅南守後，向思勝率土酋入朝歸化，被元朝廷封為湖廣桑植等軍民宣慰使司之職。同年在桑植沙塔坪鄉茶盤口屋場築了一座老司城。其孫向仲山於元統三年（1333年）襲職後，又將司城遷往桑植兩河口鄉舊街村，當地人稱舊司城。這支土司後來一直廷續了數百年才漸漸衰亡。
另一支崛起的土司是大庸茅崗的覃氏。其第一代始祖名叫覃添佑。在覃氏之前，茅崗地區的統治者本屬吳氏宣慰都元帥府。吳氏世襲了好幾代，最後一代的吳邀，卻被覃添佑的兒子覃垕推翻了。覃垕據考是覃添佑的次子，有關他的傳奇，至今在大庸，慈利一帶的民間被說得活靈活現。據說覃垕老家在澧水河的煙柱山上，他出生時，身上有幾條肉龍，有很多人還看到一個紅球從天上落到他家屋頂上，照得滿屋金光。為此有人說他是真龍天子出世，這話傳到官府，被皇帝知道了，於是皇上傳令把覃垕捉來殺掉。覃垕的爹娘急壞了，倆口子吩咐覃垕的姐姐把他帶到一個洞里藏了起來，官軍沒找到覃垕，就把覃垕的爹娘殺了，屍體放在堰塘里。不久，堰塘中間鼓起一個墳包，上面長出幾根楠竹。而覃垕在姐姐的撫養下慢慢長大了。他小時吃過各種苦，會打柴摸魚蝦，又學得一身好武藝，10多歲時，覃垕夢見父母在夢中對他囑咐說：「孩兒，你把墳包上的楠竹砍了，做成弓箭用功操練，只要練完三年六個月，等到雞飛狗上屋時刻一到，就朝東方開弓射箭，就可把皇帝射死，為你父母報仇。」覃垕醒來，即照父母夢中的吩咐，砍了楠竹做成了弓箭，從此開始天天練習射箭。
晃眼三年過去，覃垕練得一身好箭術了。他姐姐急著催他開弓射箭報仇。覃垕說：「我還差六個月練滿，還要等到雞飛狗上屋的那一刻才能開弓射箭。」其姐姐一夜急得沒睡著，第二天一早，她把雞放到屋上，又把狗一陣亂打，接著就喊：「兄第，時候到噠，快開弓射箭吧！」覃垕起來一看，真見雞飛狗上屋了，就拿出弓箭，對準東方連射了三箭。那第一箭沒搭上弦，落到深山下潭裡，這個潭以後就叫「箭潭」。第二箭射到皇帝龍椅上，第三箭射到皇帝的金冠上，皇帝嚇了個半死，忙吩咐人捉拿刺客。刺客沒捉到，皇帝發現那箭頭上有「覃」。乃下令派兵去捉姓覃的刺客。不久又聞覃垕造反起義，皇帝就派兵把覃垕打敗殺死了。這個故事雖然只是一種神話傳說，覃垕起義的真實經歷，實際上是很複雜的一段歷史，其過程據有關史料考證應約略如下。
元至正十二年（1352年），覃垕聯絡夏克武、八鼓皮、田大、茅頭等九溪十八峒上萬人舉行反元起義，首先攻佔了茅崗的吳氏都元帥府。吳都主倉皇逃往了桃源蓼江坡。元朝廷很快派了指揮官任文大等前來圍剿鎮壓。任文大將元兵分成兩路。一路由茅頭關、黑樅關進抵溫陽關，一路由桑植進抵神擋坪。覃垕先在七年寨附近路口設伏，將進犯元軍殺退。繼而在神擋坪埋伏設卡。其時，有數百元軍乘夜來到卡口偷襲，覃垕守兵因連日作戰疲勞過度，一個個打了瞌睡。正在危急時刻，忽有一隻飛鳥突然撞擊掛在樹上的銅鑼。眾守兵驚醒了，立刻掀動擂石，元軍猝不及防，結果被打得人仰馬翻，紛紛向後潰退。覃垕乘機率部追下山去，元軍陣腳大亂，最後爭過一座木橋逃命時又將橋壓斷，人馬大半摔死在深澗中，覃垕部獲得大勝，時人傳為神助，故其地名後被稱做神擋坪。
第二年，元軍在南方各地被農民起義軍打敗，覃垕就殺出茅崗，很快攻佔了慈利州。紅巾軍首領陳友諒這時便給覃垕、夏克武授予了慈利軍民安撫使正副職。
至正二十三年（1363年），陳友諒兵敗鄱陽湖。朱元璋奪得天下，不久命楊璟為湖廣平章。楊璟率部進駐澧屬三江口。覃垕在大軍壓境下，乃赴三江口與楊璟講和，同時派兒覃仁等表示願歸附朝廷。明朝廷仍授覃垕為慈利軍民宣撫使職，秩正三品。但朝廷對覃垕當宣撫使掌兵很不放心，不久又改任他為湖廣理問，這個職務只是一個掌管行省刑事訴訟的官職，沒有多大實權，覃垕亦不滿意。他依然留守在慈利，並在澧二水交匯的永安渡修築了一城，作為宣撫使的治所。
明洪武三年（1370年），明朝廷為剿滅四川明玉珍的起義軍，派了數萬大軍從湘西北過境。其年正逢慈利一帶天干大旱，糧食絕收，官民流離失所，明軍又要地方供應軍需，覃垕被迫無奈，只得聯合九溪十八峒的土司於四月揭竿而起，宣告反抗明軍起義。明太祖朱元璋聞訊大驚，乃命湖廣平章楊璟率兵急討。朱元璋在諭中還批示：「此役宜多方取之，礙其山寨，絕其樵採，乘機剿捕，脅從開釋，收復鎮撫，以絡遠人。」又批示：「今師入其境擊之，但使遠去，不令出擾州縣可也，不必虜其巢穴，更宜約束麾下，慎勿逐利輕進。」楊璟領命，率四萬大軍前往進剿。覃垕率部與明軍對抗，雙方先後經歷了4次激戰。
第一次激戰在慈利永安渡。覃垕據城防守。楊璟揮兵將此城包圍，雙方激戰數日，覃垕棄城退走。
第二次激戰在今武陵源景區的百丈峽。覃垕利用峽谷險據守數日，其大將田大在此力戰而死。覃垕率部退至官坪觀音山。
第三次激戰在橋頭鄉肖家峪二卡子隘口，一場短兵相接，雙方傷亡都很慘重。覃垕接著退至茅崗。
第四次在茅崗溪峒，覃垕據險固守，楊璟久攻不下。此時明軍糧餉不繼，楊璟在永順羊峰山扎了大本營，雙方對峙多時。覃垕派人詐降，乘機將楊璟部將黃永謙扣留。接著，覃垕又派兵偷襲明軍糧草供應隊伍，將其軍糧奪走。楊璟吃了虧，又捉拿不到覃垕，只得向朝廷請求增兵。朱元璋下諭申斥楊璟道：「爾違吾言而妄動，不能平賊，既已答矣，又中其詭計，陷爾之部將，爾之智謀何在？今命參議戴德以兵從爾，凡諸山寨，限以日月平之……若再違朕命，以潞州失利之罪治爾。」（見《明史》卷《楊璟傳》）楊璟奉令再向茅崗進攻，卻始終沒找到覃垕蹤影，最後勞師無功，只得不了了之。
楊璟征戰失利後，覃垕於洪武五年（1372年）春，再集九溪十八峒舉行反攻，一舉攻佔了慈利、石門各縣；長沙各地積積響應。明朝廷引起震動。朱元璋下令衛國公鄧愈和江夏侯周德興統兵十萬進剿。面臨朝廷大軍壓境，覃垕後又退往茅崗地區進行固守。鄧愈和周德興分北南兩路向茅崗進攻。北路由觀音寨、二卡子、野雞山、神擋坪包抄襲七年寨，南路進軍龍伏關、大庸