儘管大清國已經表態，同意就貴陽府發生的兩樁教案作出巨額賠償；儘管兩教案的當事人趙國澍、戴鹿芝，已經先後在戰亂中死亡，然而，法蘭西駐華公使哥士耆，仍然堅持要田興恕「以命償命」。同時，他一再炫耀般地強調法蘭西的軍事威脅。
然而，慈禧太后和恭親王奕決心已定，他們不願再向法方作任何讓步。
恭親王奕：「太后，田興恕那小夥子，他好歹是我朝一品要員、封疆大吏！我們豈能任那洋夷說殺就殺呀？」
「對。」慈禧太后緩緩點頭道，「那田興恕，他即便千錯萬錯，也只能最終由我朝皇上賜旨懲辦。何況今後，我們這孤兒寡母，也許還用得著他呢！」
恭親王點頭：「太后英明……我，我也是這麼考慮的。」
「那，小六子，」慈禧太后親熱地呼著恭親王的小名，鄭重其事地問他，「那法蘭西人怎麼去應付？」
恭親王：「太后，這件事情，我朝可以多賞些銀兩給他。但法夷的『處死』之說，我們絕對不能答應。倘若我們一味順承，今後定會遭人恥笑！」一臉憂慮的慈禧太后一邊點頭，一邊喃喃自語：「賠、賠……怎一個賠字了得啊？！」
恭親王憤憤不平地說：「太后，說到這個『賠』字，我看該是他們英吉利、法蘭西賠！他們殺害了大清國那麼多無辜百姓，還焚毀我圓明園，盜走那麼多珍寶——要講賠，他們又賠得起嗎？！」
「算了，小六子，咱叔嫂不說這些啦！」慈禧太后無可奈何地嘆了一口冷氣。她突然感到，自己其實是個很不幸、很孤獨的女人！
經過近兩年的談判，法蘭西放棄了處死田興恕的強硬要求。同治三年（1864年）五月，大清國與法蘭西就「貴陽教案」的善後處理達成協議：在中方履行一系列苛刻附加條件的前提下，把田興恕發配新疆。
隨後，清王朝以雲貴總督勞崇光、兩廣總督兼署貴州巡撫、提督張亮基的名義，公布了「貴陽教案」的最終處理結果——
「已革貴州提督田興恕，起自寒微，十年之間由步卒擢至提督。查天主教業已弛禁，傳教習教者，即均系無罪之人。該教民等並無別項過犯，輒行殺害多命。……而趙國澍、戴鹿芝之敢於殺害教民，實因奉有田興恕、何冠英聯銜公函。
「該革員田興恕從戎十年，轉戰數省，聿著勤勞……仰懇聖主逾格鴻慈，免其一死，發往新疆充當苦差。
「張茂萱等愚弄田興恕，均與同罪例，與田興恕一體發往新疆，充當苦差。
「何冠英與田興恕厥罪維均，業已病故，應勿庸議。趙國澍已於上年四月在貴築水田壩地方打仗陣亡；戴鹿芝已於上年九月在開州殉難，應勿庸議。
「至於田興恕所居之六洞橋公廨，本系入官房屋，年久糟爛。哥士耆及胡縛理屢次請將此房屋給予作為經堂，並無妨礙，尚可俯如所請，以示懷柔。已經臣等派員點驗，交給胡縛理收管。
「……其被殺各教民，應給恤銀，並應給各項銀兩。共應賠銀一萬二千兩。亦經臣等籌款撥給胡縛理收清，取有收文備案。胡縛理深為悅服。」
奉命處理「貴陽教案」的勞崇光、張亮基二人，實可謂殫精竭慮、用心良苦。關於六洞橋的貴州提督衙門賠付法方一款，儘管大清國已同法蘭西辦好了交涉，但是，貴州提督衙門卻被勞崇光、張意地籠統稱做「公廨」。他們之所以這樣做，主要還是為了糊弄國人，減小刺激，避免他們惹出新的麻煩。
此外，清政府還分別在青岩、開州兩地，各為貴陽教區修建天主教堂一座。並為「貴陽教案」的瑪爾大（羅大娘）、羅廷蔭、張文瀾、陳昌品、文乃爾、章天生、吳學聖、陳顯恆、易路濟等九位死者，建造了富麗堂皇的墳墓。