皇帝以下，中央設置三公九卿。石本是計量單位，漢代專指官吏秩級，以計俸祿。漢官吏秩共十八等，秩越高，祿也越高。
三公謂丞相、御史大夫與太尉：丞相掌全國政務；御史大夫輔助丞相，主監察執法並掌管圖籍；太尉督理全國軍事。
1．丞相
丞相居百官之首，俸祿最高，掌佐天子，助理萬機。金印紫綬，秩俸萬石。
丞相府主要官吏：丞相司直，輔佐丞相，檢舉不法，秩俸千石；丞相長史，輔佐丞相，督率諸吏，處理各種政務，秩俸比千石；丞相史，秩俸四百石；丞相少史，秩俸三百石。
2．太尉
太尉專掌武事，地位和丞相相同，為最高的武官職位，秩俸萬石，金印紫綬。主要是充當皇帝的最高軍事顧問，多半不直接領兵。漢武帝建元二年（公元前139年）後不再設置。後武帝改太尉為大司馬，作為大將軍、驃騎將軍的加號。
3．御史大夫
行使副丞相的職權，是丞相的助理，三公中地位最低。秩俸二千石，銀印青綬。
九卿是指太常，光祿勛，衛尉，太僕，廷尉，大鴻臚，宗正，大司農，少府九個機構。同時執金吾，大長秋，將作大匠的地位和秩俸都與九卿相同，因此把他們和九卿統稱為諸卿。京北尹、右扶風、左馮翊是三輔即京師地區的地方行政長官，有資格參加朝議，具有高於一般郡國長官的特殊地位，因此也得以列於諸卿。
1．太常
太常原名為奉常，漢朝景帝時改名為太常。掌宗廟事，一般不參加具體的行政事務，是九卿之首。秩俸中二千石，銀印青綬。
太常機構主要官吏：太常丞，秩俸千石，銅印黑綬，掌凡祭祀及行禮之事，總署曹事，典諸陵邑；太常掾，秩俸四百石，銅印黑綬，助太常丞；太史令，秩俸六百石，銅印黑綬，掌天時、星曆；太史丞，秩俸四百石，銅印黑綬，輔佐太史令；侍詔，秩俸二百石，分掌星曆，龜卜，請雨事；治歷，主曆法。
2．郎中令
郎中令掌宮殿掖門戶，同時也是皇帝的顧問參謀和宿衛侍從。太初元年（公元前104年）改名為光祿勛，秩俸中二千石，銀印青綬。屬官有五官中郎將，左右中郎將，稱三署。署中各有中郎、議郎、侍郎、郎中，皆無定員，多至千人，主要是執戟宿衛宮殿。
主要屬吏：車郎將，秩俸比千石；戶郎將，秩俸比千石；騎郎將，秩俸比千石。此三郎將統稱郎中三將，主宿衛護從。左中郎將，秩俸比二千石；五官中郎將，秩俸比二千石；右中郎將，秩俸比二千石。此三郎將統稱中郎將，主宿衛護從。虎賁中郎將，秩俸比二千石；羽林中郎將，秩俸比二千石。此二將統稱為虎賁羽林，主宿衛護從。光祿大夫，秩俸比二千石；太中大夫，秩俸比一千石；中散大夫，秩俸六百石；諫議大夫，秩俸六百石。此四大夫掌故問應對，為皇帝謀事。議郎，秩俸六百石，為皇帝謀事。
3．衛尉
衛尉，職掌宮門衛屯兵，是皇帝的衛隊長。秩俸中二千石，銀印青綬。
主要屬吏：衛尉丞，秩俸千石，衛尉卿助手；公車司令，秩俸六百石，掌殿司馬門，夜徼宮中；宮殿掖門司馬，秩俸比千石。
4．太僕
太僕掌車馬，天子每出，負責安排前後的禮儀隊伍。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：考工令，秩俸六百石，製作兵器，弓弩刀鎧。
5．廷尉
廷尉主管刑法和監獄以及審判案件，秩俸中二千石。銀印青綬。
屬吏：廷尉丞；廷尉左監；廷尉右監；廷尉左平；廷尉右平；廷尉正。
6．大行
分管諸侯及外事。秦及漢初稱典客，漢景帝中六年（公元前144年）改名大行，太初元年（公元前104年）改名大鴻臚。為九卿之一，秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：治禮丞；卒史；行人；翻譯；主客。
7．宗正
宗正主管皇室的宗室事務，皇帝、諸侯王、外戚男女的姻親嫡庶等關係都由宗正來記錄。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：宗正丞，秩俸比千石；宗正員吏；公主家令；公主丞。
8．大司農
大司農主管全國的賦稅錢財，是漢朝的中央政府財政部。凡國家財政開支，軍國的用度，諸如田租，口賦，鹽鐵專賣，均輸漕運，貨幣管理等都由大司農管理。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：大司農丞，秩俸千石，掌財政收支的統計財會事；大司農部丞，共有十三人，負責十三州事務；治粟都尉；太倉令。
9．少府
少府主管皇室的財錢和皇帝的衣食住行等各項事務以及山海池澤之稅，是皇帝的私庫。秩俸中二千石，銀印青綬。
少府機構屬吏：少府丞，秩俸比一千石，輔佐少府卿治事；符節令，秩俸六百石，率符節台，主符節事。
蘭台屬官：御史中丞，秩俸一千石，領殿中蘭台，掌圖書秘籍，受公卿奏事，糾舉不法；侍御史，秩俸六百石，分五曹辦事；御史員，秩俸六百石，留台治百官。
尚書屬官：尚書令，秩俸一千石，掌皇上的奏章及出納；尚書僕射，秩俸六百石，主章奏文書；尚書丞，秩俸四百石，佐尚書僕射；太醫令，秩俸六百石，掌諸醫；協律都尉，掌校正樂律。
供皇帝服御諸令丞屬官：織室令，主織；御府令，主天子衣服；水衡都尉，掌上林苑；上林令，主上林；六廄令，掌天子六廄。
黃門令丞屬官：黃門令，掌侍左右，通報內外；中謁者，掌侍左右，通報內外。
1．中尉
中尉領京師北軍，掌京師徼循，太初元年改名為執金吾。秩俸二千石。
屬官：中壘令；中壘丞；武庫令；武庫丞等。
2．將作大匠
將作大匠，原為將作少府，本是從少府中分離出來，主要是掌治宮室，秩俸二千石，銀印青綬。
3．大長秋
大長秋是後宮皇后的官署，秩俸二千石。
4．右扶風
秦置主爵中尉，掌列侯。景帝中元六年（公元前144年）改為主爵都尉，負責有關封爵的事宜。武帝太初元年（公元前104年）改為右扶風（取扶助風化之意），成為地方行政長官。治所長安，轄境約當今陝西秦嶺以北、鄠縣、咸陽、枸邑以西之地。職掌相當於郡太守，因地屬畿輔，故不稱郡，與京兆尹、左馮翊合稱「三輔」（即把京師附近地區歸三個地方官分別管理）。
5．京兆尹
秦以內史掌治京師，漢武帝時分置左右內史，太初元年（公元前104年）改右內史為京兆尹，分原右內史東半部為其轄區，因地屬畿輔，故不稱郡，職掌相當於郡太守，但參與朝議。治所在長安。
6．左馮翊
秦以內史掌治京師，漢武帝時分置左右內史，太初元年（公元前104年）改左內史為左馮翊，職掌相當於郡太守，因地屬畿輔，故不稱郡。治所長安，轄區約在今陝西渭河以北、涇河以東、洛河中下游地區。
漢朝在地方實行郡國並行的制度，郡國同級。推行郡縣制的地方，設郡縣兩級政府；建立王國的地方，模仿中央設立一套專門的職官制度。郡的最高長官稱郡守或太守，縣的最高長官稱縣令或縣長；王國諸侯衣食租稅，不干預行政，所以諸侯相是王國的最高長官：地方的守相及縣令長，既是當地最高的行政官員，也是最高的司法官員。
郡國編製：郡守，秩俸二千石，掌一郡大小事；國相，秩俸二千石，掌一國大小事；都尉，比二千石，掌郡地士兵的徵集與訓練；郡丞，秩俸六百石；長史，秩俸六百石。
郡府屬官：主記事掾史，主錄記事；錄事掾史，主記；門下掾，雜務人員。
漢朝在郡以下設縣，大縣（萬戶以上）設縣令，小縣（萬戶以下）設縣長，都是一縣的最高長官。與縣同一個級別的地方行政機構還有道、國、邑。國是侯國；邑是皇后，皇太后，公主的封地；境內有少數民族居住的稱為道。
縣官員：縣令，秩俸為一千石至六百石，管轄縣內的所有政務；縣長，秩俸五百石至三百石，管轄縣內的所有政務；功曹史，總揆眾事；縣尉，秩俸四百石至二百石，掌縣軍事；縣丞，秩俸四百石至二百石；縣史，秩俸百石以下。
縣以下的基層機構是鄉，里，亭。漢制，十里一亭，十亭一鄉。鄉官主要有三老：秩、嗇夫、游徼。秩掌教化；嗇夫掌一鄉之行政，兼收賦稅；游徼捕盜賊，官治安。鄉有司法審判權。鄉下有里，什，伍。里（聚族列里以居，里有里門）設里長，什（十家為什）設什長，伍（五家為伍）設伍長。
漢制是十里一亭，十亭一鄉。亭設亭長，秩俸百石以下。掌治安警衛，兼管停留遊客，治理民事，以服兵役滿期之人充任。漢高帝劉邦曾任泗水亭長。亭長下兩卒：一為亭父，掌開