在漢城，李承晚總統認為，關於三八線不可侵犯性的討論毫無意義。9月19日，他在釜山舉行的一次群眾集會上宣布說：「我們必須推進至『滿洲』邊境，直到我們國家沒有一個敵軍士兵為止。」他全然不顧聯合國軍司令部的決定，「我們不會止步不前」。
麥克阿瑟直言不諱地支持李承晚擔任一個統一的朝鮮的總統，然而國務院的態度並非如此。9月初，國務院請麥克阿瑟說明奪回漢城後他打算怎樣對待李承晚。
人們在這個問題上必須對麥克阿瑟表示同情。他收到的來自聯合國和華盛頓的指令都在說「恢複」和平與安全；艾奇遜甚至公開說過美國作戰的「唯一目的就是讓大韓民國恢複到入侵之前的狀態」。可想而知，麥克阿瑟滿腹牢騷，他答覆說：「我不是很清楚你們來電所指何意，但是我除了一絲不苟地執行我已收到的指令外，別無其他任何計畫。」他打算——這也是穆喬大使所同意的——儘快使李承晚重返漢城。他並不認為恢複一個即便被趕出首都但仍在行使職能的政府，應該被說成是「重建」。
但國務院仍不滿意，說它只同意在南方恢複韓國的權利，北方的未來有待聯合國的行動。杜魯門同意國務院這一補充意見，這個意見也體現在參謀長聯席會議9月27日發給麥克阿瑟的、基於國家安全委員會第81/1號文件精神的正式命令之中。電報最為重要的部分是開頭兩段。
本命令……旨在……提供關於你在朝鮮採取進一步軍事行動的詳細指令。然而，這些指令可能需要根據事態的發展加以修改，因此不能認為它們是最後的指令。為此，你要繼續做出特殊努力，以確定中國或蘇聯是否對實現你的目的構成威脅，並將有關情況速報參謀長聯席會議。
你的軍事目的是摧毀北朝鮮的武裝力量。為達此目的，授權你在朝鮮的三八線以北進行軍事行動，包括兩棲登陸和空降或地面行動，只要在採取這種行動的時候沒有蘇聯或中國共產黨的主力部隊進入北朝鮮，沒有發表要進入北朝鮮的聲明，也沒有威脅要對我們在北朝鮮的行動進行軍事反擊。然而，無論在任何情況下，你的部隊都不準越過朝鮮與「滿洲」或與蘇聯的邊界，出於政策上的需要，在與蘇聯接壤的東北地區或在沿「滿洲」邊境的地區，不得使用非朝鮮人的地面部隊。再者，對於你們在三八線南北作戰的支持將不包括對「滿洲」或對蘇聯領土的空軍或海軍行動。
命令繼續說，在蘇聯軍隊的「主力」介入朝鮮北部，或者蘇聯或中國共產黨的軍隊在南部參戰的情況下，麥克阿瑟都要採取守勢，並向華盛頓報告。（「主力」一詞只適用於蘇聯人。據知，北朝鮮軍隊中有很多士兵以前曾在中共軍隊當兵，還有很多人原籍不明。敵軍士兵中來自中共軍隊的人被俘的概率還是很高的。雖然參謀長聯席會議的公開文件對此緘口不言，但是五角大樓卻不希望這些身份錯位者的存在影響向北進軍。）該命令最後授權麥克阿瑟「促進恢複」韓國政府，但又要他避免捲入有關北方政治前途的問題。
參謀長聯席會議發布密令的當天（9月28日），發自遠東的新聞報道中援引的沃爾頓·沃克的話卻令人迷惑不解。沃克的話大意是，第8集團軍要在三八線停止前進，以等候對追擊敗退的北朝鮮人的許可。當麥克阿瑟被問及此事時，他否認沃克曾說過這樣的話。但這條消息卻引起了一場小小的政治風波。參議院共和黨領袖、參議員威廉·諾蘭指責說，不窮追猛打入侵者就是「姑息共黨分子」。報紙社論都堅決支持摧毀這個共產黨衛星國，以防止再度爆發戰爭。
但是，三八線一事給美國在國際上造成了問題。那些曾被秘密告知國家安全委員會第81/1號文件中約束性內容的盟國駐聯合國大使，都支持把戰爭打到北朝鮮及統一朝鮮。英國外交大臣歐內斯特·貝文公開要求結束朝鮮「人為的分裂」。儘管如此，美國卻不希望就是否應突破三八線這個直截了當的問題冒險在聯合國投票。蘇聯人已經回到了安理會，他們肯定會投否決票。國務院認為，一張否決票會使在三八線以北採取任何行動的合法性喪失殆盡。杜魯門政府因此決定避開這個問題，不聲不響地去干應該乾的事。9月29日，馬歇爾將軍給麥克阿瑟發去了一份僅供他個人閱知的電報：
我們希望你可以在戰術上和戰略上感覺不受約束地向三八線以北推進。前面提到的聲明（即韓國軍隊也許要停下來「重新部署」）因為需要聯合國對越過三八線一事進行投票，從而可能陷於窘境，這還不如由你來發現軍事上這樣做的必要性。
次日，麥克阿瑟回電說，他「一直在提醒沃克不要攪在與三八線這個詞有聯繫的事情里」，而且他還繼續堅持他肆意發揮授權的那些說法：
在我們力量的軍事使用方面，三八線並不成為考慮因素。我們部隊的後勤供應是主要問題，這使我們不能立即推進。為利用敵軍的失敗，我軍在採取試探性行動或在戰術上利用現地地形時，在任何時候都可能越過三八線。我對北朝鮮的整個戰略計畫（分開使用第8集團軍和第10軍這兩支縱隊）你們已經知悉。除非並且直至敵人放下武器，我認為我們可以在朝鮮全境採取軍事行動。