戰爭的頭幾天過後，杜魯門總統就知道他必須面對一個不甚愉快的事情：罷免國防部長路易斯·約翰遜。這個任務很艱難，因為杜魯門從第一次世界大戰之後的年代起就跟約翰遜相識，當時兩人都在退伍軍人事務上頗為積極。約翰遜接著成為一名成功的律師，在家鄉西弗吉尼亞和華盛頓兩地都有事務所，他還是美國全國退伍軍人總會會長。第二次世界大戰期間，他在陸軍部任文職高官，當時任參議員的杜魯門發現約翰遜對工業動員的事務很有幫助。杜魯門對約翰遜印象良好，他請約翰遜出掌他1948年競選活動的財務工作。當時幾乎沒有人願意為一個明顯無望獲勝的競選活動捐助，約翰遜在極端困難的條件下表現很出色。
1949年，新設立的國防部第一任部長詹姆斯·福雷斯特的精神狀態開始惡化，最後以自殺告終。杜魯門希望對約翰遜在競選中的效力給予褒獎，就選擇他出任國防部長。此項任命使一些觀察家感到憂慮，如《紐約時報》的軍事記者漢森·鮑德溫。他說：「我相信，我們之中了解他的人……大多數都會認為這將是一個災難。他是一個徹頭徹尾的政客，他將會犧牲任何防務……或者作戰效能來達到政治利益的目的。」在鮑德溫看來，約翰遜「完全就是杜魯門的工具」。
約翰遜一開始還讓杜魯門滿意。他大刀闊斧地削減軍事預算。他取消一艘海軍將領們心儀已久的航空母艦的訂單，從而平息了一場吵吵鬧鬧的海空兩軍之間的紛爭。他並不懼怕高階軍官們。然後，杜魯門開始注意到，他的這位老朋友出毛病了。
發生了一些情況。我的看法是，「華盛頓權欲病」和一種病狀是造成最後慘敗的罪魁禍首。
路易斯開始流露出一種過分以自我為中心的慾望，想要操控整個政府。他冒犯了每一位內閣成員。我們的每一次內閣會議上，他都要明顯表露出他對財政部、商務部、勞工部、農業部的問題，比那些部長們懂得更多。他瞧不上任何人，包括所有這些部長。他從不放過任何機會說我私人助手班子的壞話。
接著，讓杜魯門大為惱火的是，約翰遜「企圖利用白宮記者們來吹捧自己、打壓別人，尤其是針對國務卿」。約翰遜在跟參院里杜魯門的死敵（他們是肯尼思·惠里、約瑟夫·麥卡錫、歐文·布魯斯特、羅伯特·塔夫脫、博克·希根魯珀等人）談話時，還對政府進行惡意攻擊，杜魯門稱他的言論「危害極大」。
在朝鮮戰爭剛開始的日子裡，約翰遜對艾奇遜進行惡意中傷，這尤其令人氣憤。那些受到約翰遜指點的新聞報道宣稱，美國在戰爭開頭時行動遲緩，原因就是艾奇遜的低效無能，並說他有可能被罷免。白宮副新聞秘書埃本·艾爾斯經常被總統用來作為談話的傳聲筒，他援引杜魯門在私下大發雷霆時說的話：「事實是，他們沒有辦法讓國防部行動起來。」總統還說，如果再這樣下去，「我們將要有一位新國防部長了」。
然而，約翰遜不斷地在礙手礙腳。7月1日是一個星期六，杜魯門悄悄離開白宮，乘坐總統遊艇「威廉斯堡號」出遊，放鬆幾個鐘頭，把戰爭暫放腦後。當「威廉斯堡號」抵達華盛頓海軍造船廠時，約翰遜未經通報，不請自來了，還登上了遊艇。艾爾斯在日記中寫道：「我們所有的人都看明白了：他這是在招搖過市，他知道這樣一來，記者們就會在那裡看到他。」
第二天，也就是7月2日星期天的下午，杜魯門和女兒瑪格麗特驅車前往弗吉尼亞鄉間，到喬治·馬歇爾將軍在利斯堡的家中探訪。杜魯門對馬歇爾十分敬佩，馬歇爾在二戰期間曾任陸軍參謀長，後來出任國務卿。但是在1949年初，馬歇爾在摘除了一個腎臟之後不得不退休，目前他擔任美國紅十字會主席，這基本上是一個榮譽性職務。馬歇爾告訴杜魯門，他對退休生活心滿意足，但是他還說：「我是一名戰士，你是我的總司令，如果你要我去國防部，我將效勞。」杜魯門說，他還沒有準備對約翰遜採取行動，但是他希望馬歇爾考慮重返政府的事。
大約一天之後，約翰遜把自己陷入了作為哈里·杜魯門的下屬可能發生的最嚴重的麻煩之中：對總統不忠。艾夫里爾·哈里曼「面色煞白、心煩意亂地」來到白宮，告訴總統一樁非同尋常的事情。他去過約翰遜的辦公室，當時這位國防部長正在跟參議員塔夫脫通電話。哈里曼聽到約翰遜對塔夫脫幾天前的一次講話表示祝賀。塔夫脫在這次講話中批評杜魯門在對朝鮮危機採取行動時，事先沒有跟國會商量，還要求艾奇遜辭職。約翰遜對塔夫脫說，這個講話「可圈可點」。約翰遜跟塔夫脫打完電話後對哈里曼說，如果他們「能把艾奇遜拿下」，他將會「看到哈里曼當上國務卿」。
哈里曼離開了，立刻向總統彙報了這次談話，並說他（哈里曼）「可沒有這麼輕易就被收買」。
杜魯門還聽到其他一些令人不安的消息。一位朋友告訴他，約翰遜對一幫西弗吉尼亞共和黨人宣稱，「在艾森豪威爾將軍可能作為候選人的一定條件下……」他願意「成為共和黨保守派的總統候選人」。約翰遜還不停地向專欄作家德魯·皮爾森泄露政府機密，通常是一些對艾奇遜和其他內閣成員不利的內容。杜魯門在8月末與艾爾斯的一次談話時說，約翰遜的狀況「已經變得無可救藥」，但是總統「目前似乎還沒有辦法」罷免他。艾爾斯在日記中寫道：「總統……很明白，如果現在就罷免約翰遜，將會引發一場風暴，並給批評者和政敵提供更多炮彈。」
然而，艾奇遜拒絕在華盛頓齷齪的政治後院里跟約翰遜做鬥爭。雖然艾爾索普兄弟在他們的報紙專欄中指出「完全喪失原則」是「約翰遜的主要法寶」，但是艾奇遜吩咐國務院的部下們不要以任何形式批評或貶低這位國防部長。他知曉總統對他的信任，也知道杜魯門對這樣一個倒行逆施的內閣成員不會容忍太久。時候一到，約翰遜就會咎由自取，犯下致命大禍。果不其然，約翰遜栽在與麥克阿瑟將軍有關的一件事情上。
8月25日星期五晚上，國務院副新聞官邁克爾·麥克德莫特在全國記者俱樂部大廈，一邊站著啜飲酒水，一邊閱讀著一台紙帶收報機上的通訊稿。他看到一則消息，是有關麥克阿瑟已經發到美國的一項聲明，將遞交給下周舉行的海外戰爭退伍軍人大會。麥克阿瑟的公關官員把聲明的副本提前發給了多家出版單位，其中包括《美國新聞與世界報道》。該雜誌的編輯決定刊登聲明全文，美聯社的那則消息就是根據這個文本而寫的。麥克德莫特感到出了政策問題。他從機器上撕下這條消息，立刻打電話給艾奇遜。艾奇遜回答說，馬上到他鄉間的家裡去。
艾奇遜閱讀著麥克阿瑟的聲明，臉上的鬍鬚顫動著。這個聲明對政府的遠東政策全面橫加指責。艾奇遜對其中一段特別反感：「沒有什麼能比那些在太平洋地區鼓吹姑息主義和失敗主義的人的陳詞濫調更荒謬的了，他們認為如果我們要防衛台灣，我們就是在放棄亞洲大陸。」麥克阿瑟宣稱，東方人的心理是：尊重「勇於進取、果敢決斷和充滿活力的領導者」，反對「猶豫不決或者畏縮不前」的領導性格。他最後說，美國人要在太平洋地區「堅守」美國戰略地位的決心，已經使遠東大受鼓舞，「執行任何其他方針……都會把未來的任何戰區向東推移5 000英里，直達美洲大陸的海岸」。
用艾奇遜的話來說：「沒錯，我們過去是在防衛台灣，沒有人說我們不應該防衛台灣。第7艦隊正在那裡防衛著它，這好像是在朝鮮戰爭之前，政府當時的一個完全不必要的失策。」
第二天一早，艾奇遜向哈里曼和迪安·臘斯克談了這個消息，大家都同意此事應該呈報總統。約翰遜也來到了白宮。杜魯門在瀏覽那份聲明時，「他顯然是非常生氣」。他對約翰遜說：「我希望撤回這封信，我要你給麥克阿瑟下令撤回這封信，這是我的命令。你明白嗎？」
約翰遜回答說：「是，閣下，我明白。」
杜魯門接著說：「那就去做，就這樣。」
令人難以置信的是，約翰遜一到五角大樓辦公室，就馬上想辦法對該做的事情重新進行討論。他打電話給艾奇遜，說他「一直在反覆思考」命令麥克阿瑟撤回那個聲明的問題，因為這樣做「將會引起巨大的尷尬」。他和參謀長聯席會議另有一個主意：他們會告訴麥克阿瑟，如果他發表那個聲明，「我們（顯然是約翰遜和參謀長聯席會議）」將會發表一項免責聲明，「宣稱這只是他一個人的意見，並非政府的官方政策」。
艾奇遜堅決不同意，此事「已經關乎誰是美國總統」。麥克阿瑟說的話，跟杜魯門以及駐聯合國大使沃倫·奧斯汀已經宣布的美國對台灣政策背道而馳。簡單地宣稱此聲明只是個人觀點，這將使總統和政府對這些問題「完全亂套」。聲明的哪些部分不是官方政策？政府在該聲明發表之前知曉多少？「只能讓總統維護其權威，此外別無他法。」
約翰遜問艾奇遜，他是否認為「我們真要給麥克阿瑟發電報，說總統指示他撤回他的聲明」。艾奇遜「看