在戰爭的第一個星期，杜魯門總統除了要應付節節敗退的戰局外，還得處理兩個與戰爭有關的重大問題：一是麥克阿瑟將軍惹出的對台灣政策的爭論，二是以解除路易斯·約翰遜國防部長職務而告結束的一場嚴重爭執。第一個問題最為關鍵，因為這是將軍與他的華盛頓上司之間長達數月爭鬥的第一次交鋒。
以下是一些背景情況。蔣介石從中國大陸逃到台灣以後，杜魯門政府設法與國民黨政府保持一種融洽但又有距離的關係。美國在40年代曾給予蔣介石數十億美元的軍事和經濟援助，結果一無所獲。1949年12月，迪安·艾奇遜向《時代》周刊非正式透露說：「現在我們必須疏遠中國國民黨人。如果我們站在台灣這邊（指繼續支持蔣介石），那麼就很難做出這一必要的決裂。」在1949年12月29日舉行的國家安全委員會會議上，杜魯門決定不再向台灣提供物質援助，並且在共產黨人試圖奪取該島時採取「不插手」的態度。
這項決定使麥克阿瑟大為不滿，有幾個原因：他把台灣看作是保衛日本的一個必要因素，這是他從太平洋戰爭中所吸取的教訓；他佩服蔣介石；他不再願意坐視共產黨在亞洲侵吞更多的地盤。麥克阿瑟通過與訪問者的談話表明了自己的觀點，他把台灣看作是「一艘不沉的航空母艦」，美國失去它將後患無窮。
朝鮮戰爭爆發時，杜魯門修改了對台灣的政策，採取了謹慎的雙軌路線。在6月28日他授權麥克阿瑟在朝鮮使用軍隊的訓令中，也命令第7艦隊保護台灣免遭進攻，但同一個訓令也要求第7艦隊阻止蔣介石進攻大陸。這項命令在軍事上沒有什麼意義，因為1950年夏季，第7艦隊只有1艘航空母艦、1艘重巡洋艦、1艘輕巡洋艦以及12艘驅逐艦——這樣一支「艦隊」要負責防衛整個東亞。正如翌年5月艾奇遜在參議院聽證會上所承認的，由於艦隊承擔在朝鮮作戰的任務，因此，它將無力阻止中國共產黨人奪取台灣。
但部署一支虛幻的力量具有象徵意義。外交史學家福斯特·雷亞·杜勒斯認為，杜魯門在台灣周圍劃定的這條防禦線對共和黨人是一個必要的安慰，他們長期以來一直鼓吹需要這樣一個屏障。杜勒斯稱這項決定是贏得必不可少的兩黨支持干預朝鮮的「一個決定性因素」。然而，據印度駐北京大使潘尼迦說，中國共產黨人認為，美國在台灣的行動對他們的安全構成了……「直接威脅」。
但麥克阿瑟卻認為，杜魯門的命令「太便宜了」中國共產黨人，使他們無須在台灣對面集結大批軍隊防止蔣介石的入侵了。麥克阿瑟要求不要公開美國的這一政策，讓中國共產黨不知所措。
但麥克阿瑟卻支持杜魯門有關蔣介石的另一項決定。在戰爭頭幾天，蔣介石提出派三個師到朝鮮作戰，被杜魯門婉言謝絕了。杜魯門希望不要把台灣同朝鮮戰爭扯在一起，他知道接受國民黨部隊會給英國人帶來麻煩，因為他們得以保留香港這塊殖民地僅僅是由於共產黨的容忍。最後，他認為蔣介石的部隊沒有什麼軍事價值。麥克阿瑟同意後一種觀點：裝備國民黨部隊並把他們運送到千里之外既費錢又費時，而且沒有理由認為他們在朝鮮會比在中國大陸打得更好。況且，抽調出蔣介石提供的3.3萬人，會使台灣經不起攻擊。杜魯門想說的很清楚：任何有關台灣的權宜行動絕對不能影響長遠的政策。總統在7月19日發表的一項聲明中說：
當前台灣在軍事上的中立不會損害與該島有關的政治問題。我們希望台灣不要捲入危及太平洋安全的敵對行動，一切有關台灣的問題均應如聯合國憲章所期望的以和平方式加以解決。
隨著和平的恢複，甚至連最棘手的政治問題也可以得到解決。然而在野蠻無端的侵略面前，從整體的根本安全利益出發，一些問題還須暫時擱置。
儘管如此，杜魯門依舊擔心中國共產黨人會隨時進攻台灣（幾個月來，中央情報局和威洛比將軍在東京的G-2一直在預言會發生入侵）。7月下旬，情報部門的報告說，在台灣對面集結了一支約20萬人的共產黨部隊，儘管台灣有美國的保護屏障，但這支部隊足以取得進攻的勝利。7月28日，國防部長約翰遜和參謀長聯席會議主張允許蔣介石在台灣和中國大陸之間的水域佈雷，並轟炸共產黨的集結地域。艾奇遜成功地否定了這兩個主張，認為這是「毫無可能」的。杜魯門的最終決定是，派遣一個調查小組前往台灣，以擬出一項增加軍事援助的具體計畫。
7月29日，參謀長聯席會議就可能為台灣採取的「防衛措施」徵求麥克阿瑟的意見，同時拐彎抹角地提到，布雷和轟炸兩項行動已在兩天前的國家安全委員會會議上被否決。參謀長聯席會議還告知麥克阿瑟關於派調查小組去台灣的事。麥克阿瑟在回電中極力贊成轟炸和佈雷，說這樣就可以平息許多國民黨軍官對美國的「強烈不滿情緒」，並且可以終止敵方「軍事上的明顯優勢」，而這個優勢是由於美國對蔣介石加以限制造成的。他還宣稱他打算於7月31日親自前往台灣視察防務，並且親自向蔣介石解釋不使用其部隊的理由。參謀長聯席會議建議麥克阿瑟考慮另派一名高級軍官前往，但電文的結尾卻是：「請便，這是你的職權」。（麥克阿瑟的下屬考特尼·惠特尼將軍說，麥克阿瑟認為這句話中含有兩層意思——是國務院而不是參謀長聯席會議對此行有保留意見，但參謀長聯席會議語焉不詳地告訴他：「放心去吧！」）
因此，麥克阿瑟如期前往。引人注目的是，隨行人員中未包括美國駐東京高級外交官威廉·西博爾德。麥克阿瑟對西博爾德說，此行只談軍務，因此他無須同行，他拋頭露面會帶有「政治含義」。（疑心重重的艾奇遜認為這明擺著是一個花招，是不讓國務院了解會議情況。）
國民黨人在機場給麥克阿瑟以隆重的歡迎。麥克阿瑟同蔣夫人同車並行，並稱她的丈夫是「我在上次大戰中的老戰友」。惠特尼感到「驚訝的是」，儘管他倆抗擊共同敵人，但是多年來從未見過面，然而交談起來卻彷彿是多年老友。
不幸得很，兩人的會談成效甚微。他們共同審視地圖，沿著海灘漫步，蔣介石比比畫畫地指向中國大陸。麥克阿瑟確實不得不強調一點令人不快的消息：如果蔣介石進攻大陸，第7艦隊將奉總統之命予以制止。惠特尼後來寫道，會談的主要成果是：麥克阿瑟不僅對當地軍事形勢，而且對國民黨人所收集到的有關大陸的情報有了一個「基本了解」。訪問以豐盛的宴會和相互過分恭維的祝酒而告終。
次日，麥克阿瑟在他東京辦公室發表聲明，對杜魯門早些時候關於美國打算保衛台灣防止共產党進攻的聲明（文字簡明扼要但經過深思熟慮）橫加發揮。麥克阿瑟一開始就巧妙地說：「在當前的形勢下，該島包括附近的澎湖列島不會遭到軍事入侵。」他接著又說，他同蔣介石探討了關於「迅速並且慷慨地提供」國民黨部隊到朝鮮作戰的事宜，但兩人一致認為，派遣部隊「可能會嚴重削弱台灣本身的防禦。目前已就我指揮的美國部隊和國民黨部隊之間的有效協同做出了安排，這是對付一個敵對勢力企圖發動進攻的上乘之策」。麥克阿瑟最後對蔣介石大加頌揚：「他抵禦共產黨統治的不屈不撓的決心令我肅然起敬。他的決心同美國人的共同利益和目標並行不悖，那就是太平洋地區的人民都應自由，而不是被奴役。」
杜魯門和艾奇遜覺察到麥克阿瑟的台灣之行有著潛在的麻煩，特別是當在東京「提供背景材料的人士」開始透露細節時更是如此。《時代》周刊在那裡採訪到一位「可靠人士」，他以權威的口氣說，麥克阿瑟「相信」，朝鮮戰爭將會毫無作用，除非美國願意「對共產主義在亞洲抬頭的任何地方」予以打擊，即使這意味著要支持蔣介石、香港的英國人，以及支持印度支那、暹羅（泰國）和緬甸的反共分子，「沒有如此堅定果斷的行動必將招致共產主義席捲整個亞洲」。早在4月份，國家安全委員會就已經確定了這一系列行動方針（不包含支持已經垮台的蔣介石政權），不過，細心的讀者可以從這番話中得出這樣的結論，亞洲是杜魯門政府「對共產主義心慈手軟」的又一例證。
麥克阿瑟對引起的混亂佯裝「吃驚」，他把責任都推到聯合國內和其他地方一些對他進行「習慣性批評的人」身上，說他們「對蘇聯和紅色中國姑息縱容」，他還指責「美國內部的某些集團」。他在傾聽幾天批評之後發表了一項「調解」聲明，實際上是向對他提出異議的人士進行惡毒攻擊。他說，台灣之行——
被那些一直鼓吹在太平洋地區採取失敗主義和綏靖政策的人們向公眾惡意地歪曲了。我希望美國人民不要被那些狡猾的暗示、輕率的推測和一貫出自匿名來源的虛偽陳述引入歧途，這些都是由那些離實際事件十萬八千里的人在國內和國際上陰險地灌輸給他們的。
麥克阿瑟的聲明危言聳聽，含沙射影，本身就是一篇蠱惑人心的傑作——政府如果不解除麥克阿瑟的職務就無以應對。
8月5日，參謀長