福建政府獨樹一幟，撐起來迅速，但倒下去也快，其壽命僅僅五十天。
有史學家這樣評價它的失誤：「由於事變準備不周，策略失當，一開始就另立共和國改換國旗，新組政黨，使國民黨內一些不滿蔣介石統治的地方實力派，如桂系西南及北方各軍閥勢力，都不敢響應而取觀望態度，在政治上十分孤立；在對紅軍的態度上也無確定的決策，疑慮重重；在軍事上過高地估計了十九路軍的力量，以為蔣介石不可能於很短時間內抽調大批部隊入閩，即使來了也可以據古田、水口一帶，支持相當時間，因而採取了消極保衛福州的錯誤作戰方針。」
閩變的主要領導人蔡廷鍇和蔣光鼐在後來總結這一段歷史時，也深感如此。
蔡廷鍇在回憶中寫道：
閩變開始，我電告各師擴為軍的番號命令下達，同時電飭各軍官兵取下青天白日帽徽及孫中山遺像，停止每周的總理紀念周，取消黨旗國旗。平時沒有說服工作，一旦說是反對南京政府之事，當時據報官兵頗為惶惑。
取消黨旗國旗，放棄三民主義，給蔣介石討伐「大逆不道」以借口，福建政府成立的第二天，蔣介石便使出殺手鐧。
汪精衛、孫科之流，平素雖與蔣介石格格不入，此時竟也慷慨相助。汪精衛在南京咒罵說，「閩變」是繼袁世凱以來所謂洪憲、張勳復辟、蘇維埃、偽滿之後第五次變更國體制度的叛國行為，提倡最高權力屬於農工的政策，乃是主張以一部分人對另一部分人的任意屠殺。孫科在南京叫囂，對陳銘樞非用軍事鎮壓不足以掃擊其野心。
整個國民黨中，除上海李烈鈞發電錶示聲援和張學良在歐洲來電支持外，幾乎再也沒有支持者。湖南的方鼎英，原準備在湘西發難，但見形勢不對頭，陳銘樞怎麼策應，也發動不起來。遠在海外的閩粵籍華僑，平日都是熱情支持十九路軍的，這會兒，聲援者也寥寥無幾。
特別是廣東陳濟棠，原本與福建政府訂有盟約，但他在收受蔣介石一百萬補助金後，與福建政府變友為敵，按照蔣介石的部署，實行封鎖閩粵邊各陸地交通要道，封閉十九路軍駐粵各機關。
蔡廷鍇見陳濟棠背信棄義，電責其「本是同根生，相煎何太急」。福建政府原以為盟友中共會給予援助，但結果令其大失所望。瑞金的最高決策層，非但沒有雪中送炭，反倒有落井下石之嫌。
博古說：「如果同蔡廷鍇握手的話，那必須在握手的瞬間罵他一句反革命。」
十九路軍代表應邀參加第二次全國蘇維埃代表大會的開幕式時，會上有人提出應當援助福建政府的提議，但「左」傾關門主義者以「福建政府也是軍閥」為由撤銷了。甚至有人還當著福建代表的面，罵福建政府：「比公開打著反革命旗號的反革命還要壞。」
中共中央機關刊物《鬥爭》和《紅旗周報》發表一系列文章，中共六屆五中全會的《政治決議案》中，都把福建人民政府說成是「為挽救破產的反革命的統治，並為帝國主義瓜分中國的強盜行為施放煙幕彈」，「是為反對蘇維埃，替法西斯鋪平道路」……
福建政府尚在搖籃之中，便四面楚歌，政治上孤立無援。陳銘樞「只要一通電發難，全國將一呼百應」之幻想化為泡影。
僅僅一個月，國民黨的「討伐軍」各部已各就各位。
（1）蔣鼎文所率第二路軍，轄李玉堂第三師、李延年第九師，由贛南竄入閩境後，經崇安、建安、建陽，通過建甌南進，先頭部隊已抵延平附近。
（2）張治中所率第四路軍，轄王敬久第八十七師、孫元良第八十八師，由浙江竄入閩境，經仙霞嶺、浦城、建甌，前鋒已追近古田附近。
（3）衛立煌所率第五路軍，轄宋希濂第三十六師、李默庵第十師、劉勘第八十三師，由贛東竄入閩境後，經邵武、順昌等地，先頭宋希濂部抵延平附近。
（4）被蔣介石計為三十九軍軍長的劉和鼎，率第五十六師已由建甌南進到達延平北部地區，有進攻延平模樣。
（5）後續部隊湯恩伯縱隊，所轄冷欣第四師、王仲廉第八十九師，由贛東竄入閩境後，已在由邵武向順昌前進中。
說來也有意思，這些「中央軍」曾與蔡廷鍇是並肩作戰打日本和打紅軍的盟友，如今劍拔弩張，你死我活。
與此同時，日、英、美軍也對福建政府炫耀武力，予以威脅。福建沿海日本第三艦隊球磨、時風、安雲諸艦，英國兵艦白宮號，美國兵艦杜沙爾號，以護僑為名，在閩江口及廈門等地進行威脅。
蔣介石如此大兵壓境，為陳銘樞、蔣光鼐和蔡廷鍇所不曾料及。十九路軍雖說有七萬之眾，但步調不一致，有的不聽指揮。部隊散落四方，處處設防，沒有機動性，十分被動。
福建政府軍事委員會召開緊急會議，主要討論作戰方針問題。李濟深、陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇、黃琪翔等均出席。面對不利的軍事形勢，會議意見分歧很大。
蔡廷鍇提議：集中主力在閩北採取主動，先行消滅狡猾多端的危害十九路軍最大的劉和鼎雜牌部隊，繼而南下，與東進之敵在建甌以南、順昌以東地區作戰，將敵第一批先頭部隊擊敗，爭取有利的戰略形勢。
蔣光鼐則提出：敵既決心用軍事來進犯，迎頭痛擊即便勝利了也還不能解決戰場問題，因敵軍後續部隊力量強大，如過早使我軍主力激戰，損失我有生力量後，等於不攻自破，全局失敗。因而，宜將主力撤閩西南，背靠紅軍持久抵抗，或將主力往閩東方向，突入浙東，打亂敵之進攻計畫。
陳銘樞、李濟深、黃琪翔等人則認為，福州乃人民政府首都，非萬不得已，決不放棄。我主力有限，不宜分散，應集中確保福州，擴大政治影響。
他們認為蔡、蔣的計畫過於冒險，撤閩西，又過於消極，影響革命士氣。
圍繞上述三案，展開了激烈辯論。軍委會及參謀團大多數人主張守福州，於是便正式通過了放棄閩北守福州的方案。蔡廷鍇、蔣光鼐見大家如此，亦不再力爭。
這次會議所決定的軍事方針，是一個嚴重的錯誤。不到一個月，十九路軍在福州外圍戰中，遭受蔣軍的沉重打擊，福州危在旦夕。
1934年1月10日，李濟深、陳銘樞等匆匆布置疏散政府人員，決定放棄福州擇地再戰，重要人員先回香港，等局勢穩定下來再計。於是，人民政府便開始解體。李濟深、陳銘樞、蔣光鼐、黃琪翔等乘飛機，陳友仁、徐謙、章伯鈞等乘海輪，何公敢則乘車，於1月13日先後離開福州。
未足兩月的人民政府，就是這樣的結局。
福建政府的委員都走了，蔡廷鍇不忍心拋下數萬十九路軍將士。在「討伐軍」的強大攻勢下，蔡率部向南撤退。在泉州塗嶺，蔡廷鍇的警衛隊遭受衛立煌部李默庵第十師襲擊，他的坐車中彈數處，奪路而逃。
蔣介石採取速戰速決策略。
「討伐軍」尚未到達時，便派大批飛機對福州、廈門進行輪番轟炸，這樣，原歸順蔡廷鍇的福建地方雜牌軍，便誠惶誠恐，軍心動搖。事變後第三天，雜牌軍除盧興邦、盧興榮等尚能與福州維持電話聯絡，其餘都呼叫不通。有的撤出防區，有的則乾脆受蔣介石收買而掉轉槍口。
福建馬尾、廈門兩個軍事海港的海軍部隊，也被南京海軍部長陳紹寬爭取，叛變蔡廷鍇，率艦隊脫離閩境。
蔣介石「討代」大軍尚未與十九路軍接火，十九路軍內部卻先亂了陣腳……
福州一失陷，廣州西南執行部胡漢民提出，只要十九路軍恢複同國民黨的關係，陳銘樞、李濟深離境，其餘可以免究，停戰，並保持十九路軍抗日光榮番號。
廣東陳濟棠請蔣介石保留十九路軍名義，劃閩西南為該軍防地，由戴戟、陳維遠收編。
此時，蔣鼎文部由廈門登陸，湯恩伯部先頭挺進安溪、同安，包圍十九路軍，蔡廷鍇部下漳廈警備司令黃強投降，沿海有蔣軍艦艇游弋。
鑒於這種情況，蔡廷鍇在泉州毛維壽第三軍軍部召開緊急會議。
此時，毛維壽已打著自己的算盤。他不願為蔡廷鍇而與蔣軍嫡系硬碰；況且，委員長已對他有加官晉爵許諾。當蔡令其火速派兵駐洛陽橋布防時，他態度曖昧，說：「現在身陷重圍，打沒辦法打，退沒辦法退。」如今，毛維壽擁兵自重，蔡廷鍇光桿司令，明知他有通敵之嫌，也奈何不得。
言談中，蔡已察覺對方迫使自己出走。為顧全大局，避免內亂，蔡廷鍇表示：「我們做事為團體為革命，雖敗無憾，請你放心。十九路軍除譚啟秀第五軍被擊敗不能存在外，其餘四個軍損失不大，我全交你帶領。在敵未合圍前，應冒險向西急進，徐圖再舉，否則就乾脆投降，受敵人宰割。我今晚飛漳州，退龍岩，作最後反對獨裁的措施。」
毛維壽見蔡在他壓迫下有離軍決心，當即眉飛色舞，洋洋得意。興泉警備司令翁照垣、毛的參謀長趙錦雯等也在旁毫無表示。
蔡