1939年，日軍在東北增兵達70萬，其中40萬用來「討伐」東北抗日聯軍，戰事達到空前頻繁與殘酷階段。根據形勢需要，東北抗日聯軍改變鬥爭方式，化整為零，進行潛伏活動，分區作戰，相機打擊敵人。秋冬季反「討伐」期間，東北抗日聯軍共進行戰鬥318次，斃傷俘日偽軍3186人，挫敗了日偽軍的「討伐」計畫。僅9月份，第1路軍第3方面軍在寒蔥嶺就伏擊日軍軍車12輛，擊斃日軍少將司令松島以下270多人，繳獲重機槍2挺、輕機槍4挺、迫擊炮1門、步槍150多支、子彈70多箱及大量軍服、糧食等。
東北抗日聯軍在中國共產黨領導與東北人民的支援下，高舉抗日救國的旗幟，長期堅持東北抗戰，同敵人進行了殊死的鬥爭，表現了中華民族抵禦外侮、堅強無侵的革命精神。在全國抗戰爆發後，抗聯鉗制與消滅了日本關東軍大量兵力，對全國抗戰起到了戰略上的配合作用，支援了蘇聯人民的反法西斯鬥爭，為爭取抗日戰爭的勝利作出了重要貢獻。
然而，在長期殘酷的抗日鬥爭中，抗聯受到很大損失。客觀上是敵強我弱，特別是1938年以後敵我力量更為懸殊，而東北鐵路、公路交通發達，便於敵軍機動，並且自然環境比較艱苦，抗聯活動地區大部人煙稀少，冬季嚴寒長達半年；加之敵人實行「歸村並屯」，建立「集團部落」，切斷抗聯與人民的聯繫，迫使抗聯退居深山，風餐露宿。主觀上，長期得不到中共中央的領導，獨立奮戰的局面；特別是駐共產國際中共代表王明、康生決定撤銷中共滿洲省委，使東北抗日鬥爭失去統一領導，形成各自為戰，缺乏戰略上的有機配合，給敵人各個擊破以可乘之機。
抗聯的鬥爭實踐表明，要堅持長期的敵後游擊戰爭，就要採取機動靈活的戰略戰術，打破敵人的「討伐」；在軍事上反「討伐」的同時，還必須在政治上和經濟上同敵人進行頑強的鬥爭；要堅持長期的敵後游擊戰爭，還必須建立根據地；堅持長期敵後游擊戰爭的部隊，還要加強黨的領導和思想政治工作，才能戰勝，應付尖銳複雜的鬥爭局面。