裕仁天皇之所以有「兵力是否充足」的擔憂，是因為自1943年下半年以來，世界反法西斯戰爭的形勢發生了深刻的變化。德軍在斯大林格勒遭到慘敗後，被迫收縮戰線，蘇軍轉入反攻。義大利於9月8日宣布無條件投降，極大地削弱了法西斯的侵略勢力。日本在太平洋戰爭中，中途島作戰、瓜島作戰以及東南太平洋方面的島嶼作戰，均歸失敗。法西斯戰線開始崩潰。
為了應付這種局勢，9月25日，日軍大本營和政府召開了聯席會議，對世界形勢、戰略方策、對外方策等進行了研究。並於9月30日公開御前會議決定，擴大航空兵，使1944年飛機數額達到5.5萬架；加強海洋正面和緬甸方面的地面兵力；對華兵力保持在1943年的程度，但由於國力所限，對華軍備的裝備水平將忍痛降低。
御前會議以後，日軍在太平洋戰爭中又接連失敗，至年底日軍在戰略上已完全處於守勢，盟國軍隊進入了大規模反攻階段。此時，大本營和日本政府已預感到其海上交通有完全被切斷的可能。
為了在海上交通被切斷時，能保持日本本土與東南亞的聯繫，並摧毀美軍在中國的空軍基地，1944年1月，大本營決定在中國進行打通大陸交通線（平漢、粵漢、湘桂等鐵路）的作戰。因此，1944年圍繞著增援太平洋戰爭和打通中國大陸交通線的任務，侵華日軍的兵力進行了調整。其具體變化如下：
1月下旬，將華北方面軍之第32、35師團調往南太平洋戰場。
2月上旬，組建了第1至第14獨立步兵旅團和第1、第2、第4、第5、第9、第10、第11、第12等8個野戰補充隊，分別置於華北和華中，用以接替調出部隊的守備任務；同時將關東軍所屬的第27師團調入華中。
2月10日，將第3飛行師團司令部改編為第5航空軍司令部。
5月31日，將華北方面軍第12軍所屬之第37師團調歸中國派遣軍直轄，8月26日，又將第37師團編入第11軍戰鬥序列。
7月4日，將華北方面軍所轄之第26、第62師團調歸大本營直屬，15日，將第26師團編入第14軍（駐菲律賓）戰鬥序列。7月24日，將第62師團編入台灣軍戰鬥序列。
7月10日，將獨立步兵第3、第4、第9旅團改編成第114、第115、第117、第118師團。
7月17日，將第114師團編入第1軍；將第115、117師團編入第12軍；將118師團編入駐蒙軍。同日，大本營決定成立第34軍（又稱武漢防衛軍），用以接替參加打通湘桂線作戰的第11軍的警備任務。
8月26日，大本營下令成立第6方面軍，統一指揮打通湘桂線的作戰。
9月28日，將關東軍第20軍司令部調為中國派遣軍第6方面軍。10月19日，大本營下達第20軍的戰鬥序列。
12月11日，中國派遣軍命令第23軍司令官兼任香港佔領地總督，同時，大本營命令將香港總督部、防衛隊編入第6方面軍戰鬥序列，並配屬給第23軍。
經過上述調整，到1944年12月止，中國派遣軍的戰鬥序列如下：
總司令官岡村寧次大將（原司令官俊六大將於1944年11月22日調任教育總監，岡村寧次於12月2日由武漢抵南京任）。總參謀長松井太久郎中將（1945年1月31日由小林淺三赴郎中將接任），副總參謀長佐藤賢了少將（原副總參謀長啟川安夫少將於1944午12月14日調任第6方面軍參謀長），司令部設南京。下轄華北方面軍、第6方面軍、第13軍、第5航空軍。共計25個師團、1個戰車師團、10個獨立混成旅團、11個獨立步兵旅團、8個野戰補充隊、1個騎兵旅團、1個特別警備隊、1個防衛隊。其具體變化情況如下：
1、華北方面軍
1944年初，日軍為支援其在太平洋戰場的作戰，於1月下旬決定將華北方面軍第12軍之第32、第35師團調往南方。並於3月10日將第35師團編入第31軍，4月4日將第32師團編入第14軍。
2月間，華北方面軍為了抽調兵力參加打通大陸交通作戰時，確保其佔領地的警備任務，先後組成第1、2、3、4、9、10、14等7個獨立步兵旅團及第12野戰補充隊。並分別將第3、10、14獨立步兵旅團編入第1軍；第1、4、9獨立步兵旅團編入第12軍，第2獨立步兵旅團及第12野戰補充隊編入方面軍直轄。
3月31日，大本營陸軍部下令將華北方面軍直轄的第110師團、駐蒙軍戰車第3師團、第1軍第37、52師團編入第12軍戰鬥序列。隸屬指揮轉移時間為4月5日零時。
5月31日，第12軍之第37師團調歸中國派遣軍直轄，該師團於7月初進駐信陽，8月26日，編入第6方面軍第11軍戰鬥序列。
7月4日，日軍將駐蒙軍第26師團及第12軍第62師團調歸大本營直屬。15日，大本營將第26師團編入第14軍戰鬥序列。該師團於19日從大同出發，8月8日由釜山乘船開往菲律賓。7月24日，大本營將第62師團編入台灣軍之第32軍戰鬥序列。該師團所擔負的魯山、襄城附近的警備任務移交給戰車第3師團，8月16日由吳淞港乘船開往沖繩。
日軍為補充其在華北兵力的不足，於7月10日下令將獨立混成第7旅團、獨立步兵第3、4、9旅團改編為第115、114、117、118師團。並於7月17日將第114師團編入第1軍；第115、117師團編入第12軍；第118師團編入駐蒙軍戰鬥序列。上述各師團均為丙種師團，編製定員為13045人。
到1944年12月止，華北方面軍的戰鬥序列如下：司令官下村定中將（8月25日前由岡村寧次大將任，11月25日前由岡部直三郎大將任），參謀長高橋坦中將（10月14日前由大城戶三治中將任），副參謀長岡田重一少將（8月1日前由德永鹿之助少將任），司令部設北平，下轄第1軍（轄第69、114師團，獨立混成第3旅團，獨立步兵第10、14旅團）、第12軍（轄第110、115、117師團、戰車第3師團，騎兵第4旅團）、駐蒙軍（轄第118師團、獨立混成第2旅團、第12野戰補充隊）、方面軍直轄第59、63師團、獨立混成第1、5、8、9旅團、獨立步兵第1、2旅團。共計8個師團，6個獨立混成旅團，4個獨立步兵旅團，1個戰車師團，1個騎兵旅團，1個野戰補充隊，1個特別警備隊。
2、第6方面軍。
1944年初，日軍在準備抽調第11、23軍的主要兵力參加打通大陸交通線作戰時，為補充其佔領地兵力的不足，於2月間先後下令編成獨立步兵第5、7、8、11、12、13旅團、第1、2、5、9、10野戰補充隊。並分別將獨立步兵第5、7、11、12旅團、第1、2、5、9、10野戰補充隊編入第11軍，將獨立步兵第8、13旅團編入第23軍戰鬥序列。
2月1日，大本營下令將第13軍之第116師團調歸第11軍；第22師團調歸第23軍。同日，將關東軍第27師團調歸第11軍（該師團在由錦州地區向華中行進期間，在華北方面軍指揮下，參加了京漢線作戰，5月到達武漢，歸第11軍戰鬥序列）。3月31日，將第13軍之第64師團調歸中國派遣軍直轄（該師團在第11軍指揮下作戰，7月25日編入第11軍戰鬥序列）。
7月17日，大本營下令編成第34軍（武漢防衛軍），接替第11軍擔負武漢地區的管備。同時將該軍編入中國派遣軍戰鬥序列。
為了統一指揮打通湘桂線的作戰，中國派遣軍向大本營提出在湖南方面設立一個方面軍的意見。此意見為大本營所採納，決定在湖南成立第6方面軍。8月26日，大本營下達第6方面軍的戰鬥序列，任命華北方面軍司令官岡村寧次大將為第6方面軍司令官（11月22日岡村寧次任中國派遣軍司令官後，第6方面軍司令官由岡部直三郎接任），宮崎周一少將任參謀長（宮崎周一不久晉陞為中將，而於12月14日調任參謀本部第一部長，其參謀長之職由唐川安夫少將接任）。下轄第11軍（第3、13、34、37、58、116師團）、第23軍（第22、104師團，獨立混成第19、22、23旅團，獨立步兵第8、13旅團）、第34軍（第39師團，獨立混成第17旅團，獨立步兵第6、7、11、12旅團，第5、9、10野戰補充隊），方面軍直轄第27、40、64、68師團。
1944年9月，第11軍主力進入廣西省境內作戰，對其留在湖南的部隊指揮感到困難。為此，第6方面軍提出增設一個軍司令部的設想，得到大本營的同意。9月28日，大本營下令將關東軍第20軍司令部調歸第6方面軍屬下。10月19日，大本