百團大戰一結束，就引起爭論：這個戰爭是不是應該打？還有人指責，正是由於百團大戰，才會有兩年後的敵人對華北加倍進行殘酷進攻。到1945年延安整風、華北座談會、中共七大時，人們批判彭德懷達到了一個小高潮。
面對這些指責，彭德懷反覆作了多次檢討。在檢討中，彭德懷既充分肯定百團大戰的積極意義，又十分勇敢地從個人方面認真核對其不足。彭德懷說：這次破襲戰，相當嚴重地破壞了敵人的交通運輸，消滅了相當多的偽軍和偽組織，摧毀了敵偽軍在我根據地內為數不少的堡壘，收復了不少縣城，繳獲了大量物資，是抗日戰爭中繳獲最多的一次。
這次戰役大大提高了華北人民群眾敵後抗日的勝利信心，對日寇當時的誘降政策以及東方慕尼黑陰謀以很大打擊，給蔣管區人民以很大興奮。此役也給了投降派又一次打擊，提高了共產黨領導的抗日軍隊的聲威，打擊了國民黨製造所謂八路軍「游而不擊」的謠言。蔣軍有後方接濟、國際援助，八路軍深處敵後，毫無援助，為照顧大局，還能進行百團大戰，把抗日救國的神聖事業引為己任。讓全國人民去評斷，去教育自己。在對日大規模破襲戰中，我軍也取得了一部分攻堅經驗，更利於以後我們開展敵後武工隊的活動。在華北偽軍、偽組織中的瓦解工作也迅速開展。大片解放區的恢複，改變了兩面負擔的局面，減輕了人民痛苦。
此役勝利的消息傳到延安，毛主席立即給我來電說，「百團大戰真是令人興奮，像這樣的戰鬥是否還可組織一兩次？」所以這次戰役是取得了不少勝利的。
但是，我在這個問題上是有錯誤的。這個錯誤主要表現在我對日軍向我進攻的方向估計得不對。本來敵人準備進攻中原及打通粵漢路和湘桂路，而我以為（據我們情報工作者的報告）是要進攻西安，怕敵人進佔西安後，截斷中央（延安）同西南地區的聯繫（實際上這種顧慮是不必要的）；更沒有估計到日本法西斯打通粵漢路，是為了便利進行太平洋戰爭。如果當時看破了敵人這樣的戰略企圖，那就再熬上半年時間，或者等敵人進攻長沙、衡陽、桂林以後，兵力更加分散時，我軍再舉行這次大規模的破襲戰役，其戰果可能要大得多，其意義也要大得多。然而，是過早舉行了那次戰役。雖然在戰役上取得了勝利，但是卻推遲了日軍打通粵漢路和湘桂路的時間（約一個月時間），而減輕了當時日軍對蔣介石的壓力。在客觀上是起了援助蔣介石的作用。由於進行了這次破襲戰役迫使日軍從華東、華中調回一個師團的兵力，加強了對我華北根據地之進攻。特別是太行山區，在敵人的「三光」政策下（這個殺光、燒光、搶光的三光政策，是在1939年夏就提出的），人民遭受了一些可以避免的損失。再者，破襲戰役後期，我也有些蠻幹地指揮。此役在太行山區破襲時間搞的太長了一些，連續搞了1個月，沒有爭取時間休整，敵偽軍即行掃蕩。在敵軍掃蕩時，日軍一般的一個加強營附以偽軍為一路。我總想尋機殲滅敵軍一路，使敵下次掃蕩不敢以營為一路，以使其掃蕩的時間間隔擴大，有利於我軍民機動。我這一想法是不符合當時實際情況的。因部隊太疲勞，使戰鬥力減弱了，使129師傷亡多了一些。
上面這些後果的責任，是應當由我來負的。但是我認為，對於這次戰役的估價，不能離開當時我們所處的環境和當時擔負的任務。如果拋開這些，而側重於從另一方面來說「就是為了維護蔣介石的統治」「就是資產階級思想的戰略方針」，我認為這樣來分析和推論一次戰役行動，是有點過分，因為當時戰役的勝利，實際上比損失要大得多……
我認為百團大戰在軍事上是打得好的，特別是在打了反摩擦戰役之後，必須打反日的百團大戰，表示我們是為了抗日才反摩擦的。這才能爭取廣大的中間勢力。在當時，只有抓住敵後的敵後空虛，給以突然猛襲，才能有力地調動敵人，給予打擊，恢複大片抗日根據地。在敵後碉堡密布的情況下，組織這樣統一有計畫的破襲，是不容易的。百團大戰的勝利，對於揭露日、蔣各項欺騙宣傳是有利和有力的，對於積蓄力量是非常必要的。如果當時還不給敵偽以必須和可能的打擊，根據地就會變為游擊區；我們就不會有近百萬正規軍、二百萬基幹民兵，和廣闊的解放區作為解放戰爭的戰場，給進犯的蔣軍以適時的打擊。
抗日時期，人民戰爭有了發展，比紅軍時期進了一步。如大規模的地道戰、地雷戰、麻雀戰等多種多樣的戰法，各種各樣的武器都加以利用了。武裝編組也是多種多樣的。如普通民兵、基幹民兵；村鄉有小組、區有區干隊、縣有獨立團、營或支隊。在百團大戰後，發展了武裝工作隊（武工隊），它是黨、政、軍、民統一的組織形式，他們的一般政策水平比較高，善於分析具體情況；他們對每一個鬥爭對象非常靈活機動，處處為人民利益著想，把合法鬥爭與非法鬥爭結合得特別巧妙。這些都是在毛澤東人民戰爭思想指引下，逐步成長起來的，可惜的是還沒有系統地整理起來。