現場的面積測量過兩次。第一次是為了填寫現場調查報告書，第二次是在一個月之後，為提起公訴做準備。
根據測量的結果，裝了採光天窗的工作室里，較大的那一間為四點二米見方的正方形，地板到天窗玻璃的高度，為二點三米。小的那一間是三點九米見方，地板到天窗的高度，間樣為二點三米。
至於村木刑警寄予厚望的採光天窗，鑒證人員架起梯子，爬到房頂上去，一番檢查之後，沒有發現任何異常。玻璃的周圍又用橡膠封固了，但是，橡膠的年頭久了，已經相當脆弱。檢查結果表明，近一階段沒有剝除橡膠、卸下玻璃的跡象。兩個房間的天窗，情況都是一樣的。村木的希望就這樣被簡單、粗暴地打碎了。
再有，一樓日本式客廳里的牆壁、地板的榻榻米、移動拉門、移動拉門把手、窗框、門窗玻璃、螺旋栓的把手、牆上的電燈開關、多寶格式擱架，以及吊櫃壁櫥的移動拉門及其把手等，任何地方，都沒有發現沾血的指痕。對於這種情形，警方自然認為，是兇手在殺人後，非常仔細地用毛巾之類的東西，匆匆擦掉了痕迹。可是，警察也沒有在房子里找到毛巾或荇抹布，想來是被兇手拿走了。
沒有指紋並不僅限於一樓的現場。玄關、玄關前方的不規則形狀的走廊、廚房、餐廳、浴室等處的牆壁、地板、天花板、門，還有二樓各個房間里的牆壁、地板、門，天花板，以及所有的電燈開關及其四周，不但沒有發現沾血的指紋，甚至連正常的指紋痕迹，警方都沒有發現。電話和廁所沒有被擦拭過的跡象，但是，也只留下了土田富太郎和天城恭子的指紋。
警方發現了兩個調色盤和杯子，推斷是兇手（或者說兇手們）在蘸血塗抹畫紙的過程中用過的。杯盤自然都洗得乾乾淨淨，倒扣在水池邊的不鏽鋼檯面上。上面的水漬已經幹了，但是，同樣沒有能夠檢測出指紋。
廚房的垃圾桶里，丟著日本式點心、水果，還有一個摔破的碟子和兩個荼杯。
玄關的土間有傘架，裡面插著一把黑色的晴雨傘。傘已經頗為老舊，傘骨上銹跡斑斑，滿是傷痕，看著不像是瀟洒人士——土田富太郎的所有物。可能因為用的時候，被雨水淋濕了吧，傘上同樣檢查不出指紋，也沒有沾上血跡。
不知道花了多長時間，但是，有一點確定無疑：兇手試圖湮滅證據，所以，非常用心地擦去了所有的血跡和指紋。也就是說，兇手在殺人之後，還在土田家裡，逗留了相當長的時間。這麼一來，把通過驗屍得出的兩名被害人的死亡時間，一併考慮在內，就得到了非常奇特的結果。
兩名死者的死亡推定時間，並沒有太大差異，都是五月二十四日下午三點到五點之間。根據解剖結果，土田富太郎身上有十四處傷口，天城恭子有十一處，每個傷口都是足以致命的重傷。若據此認為，橋本刑警在案發現場，所做的推理是正確的，那麼，這兩個人就不可能是殉情，而是在屍體被發現的前一天，下午三點到五點之間，差不多在同一時刻，被現場的第三個人用利刃刺殺了。
到這裡為止都還正常，但是，接下去就出現了大問題。問題是雨。
兩人死亡的那一天——即五月二十四日，橫濱中區從上午十一點半開始，到下午兩點半之間的三小時里，下了一場非常大的雨。準確來說，雨不是兩點半整停的，時間上有個幾分鐘的零頭，但兩點半這個大致時間，不會有什麼差錯。而法醫斷言，兩人的死亡推定時間，不可能早於下午三點，那麼，即使再怎麼往前，兩人也是在雨停三十分鐘以後的某個時刻死去的。在那之後，一直到五月二十七日，這裡都沒有下過雨。
五月二十五日下午五點四十分左右，鶯岳派出所的兩名警官，趕到了案發現場，進人土田富太郎家裡。自然，這個時候，房子里已經空無一人了。鑒於兩名警官到達後，一人進到屋裡，另一個警察留在玄關等候，因此，也不可能出現兇手藉機逃跑，和警察一進一出的情況。
也就是說，兇手在那之前已經離開了，如果將殺人時間，按最大限度往早估算，那麼，就是在五月二十四日下午三點到次日下午五點四十分之間的，這二十六、七個小時里，兇手（們）從土田家裡逃了出去。這麼一來，理所應當的，逃跑中的兇手，必然會在土田家周圍的泥土上，留下自己的腳印。
土田家的玄關前面，沒有踏腳石和鋪路石，都是自然的泥土。當然了，如果是來訪時的腳印，也能留下就好了，但是，考慮到兇手應該是在下雨的時段里走來的，沒有留下痕迹也很正常。
鶯岳派出所的警官們，在五月二十五日的傍晚趕來，他們的腳印也留在了房子四周。也就是說，從殺人之後到屍體被發現的這段時間裡，現場周邊的地面上，始終柔軟得足以留下鞋印。這也就意味著，只要是在這段時間裡，從案發現場離開，兇手的腳印，就一定會留在地面上。因此，警察和鑒證人員們，都打起了十二分的精神，留意土田家周圍地面上遺留的鞋印。
結果發現，房子周圍，確實有男性的鞋印，並且有兩種。一種鞋印周圍的泥土高高隆起，看來是在雨停之後，沒多久時留下的；還有一種鞋印，幾乎沒有怎麼陷進泥土，和接到報警趕來的警官們的腳印差不多，可以認為：留下印記的時間，與警方抵達的時間相差無幾。而且，入土淺的鞋印有些疊在了入土深的那個鞋印上面。
兩名警官是因為接到橫濱市政府職員——長岡峰太郎的報告，而來到土田富太郎家的。長岡因為天城恭子昨天晚上，沒有回自家公寓，今天一早也沒來上班，於是擔心地打了通電話去土田家，卻沒有人接聽，於是直接來拜訪土田富太郎。他繞著土田家走了一圈，敲了各處的門，叫他們的名字，但是始終沒有應答。他感到不對勁兒，就報了警。因此，這個人似乎可以排除嫌疑。印記淺的那個鞋印，正是屬於長岡的。而且，無論對土田富太郎還是天城恭子，長岡都完全沒有仇怨。他是善意的第三方。
但是，關於另一個足跡，就相當可疑了。鑒證人員從鞋印四周，泥土的隆起程度推測，應該是雨停之後，兩小時之內踩上去的。如果採信這一意見，該鞋印的主人，就是在下午四點半之前，來到土田富太郎家的。那麼，兩位死者於三點過後被殺，假設擦拭指紋等一系列隱藏證據的工作，需要一個小時，就正好和這個時間點對得上了。也就是說，即使從時間上看，這個四點半的鞋印主人，也是最可疑的。
然而，再仔細觀察一下現場，四點半的這組鞋印，其實和之前長岡的鞋印，沒有太大的不同。從鞋印上只能看出，他繞著房子走了一圈。如同前面所述的那樣，一樓所有的門窗，都用螺旋栓從內側牢牢地鎖住了。假如這個鞋印屬於殺死兩人的兇手，上鎖是耍了某種花招，那麼，這個人就是從某扇門或者窗戶，侵入了土田富太郎家中，在一樓的日本式房間里殺死二人，然後從外部的走廊上，把日本式房間的螺旋栓鎖上，構成密室。再從之前進屋的同一個地方退到屋外，從外面把這扇門或窗戶鎖好。要假設他從同一個地點出入，是因為若非如此，鞋印就不是連續的，而會有一段消失和一段重疊。
但是，正是這個想法，使得村木和橋本兩位刑警大為苦惱。因為，如果按照這個思路，兇手在行動中，就會遭遇到好幾處難關。殺死兩人之後，為什麼要用鮮血和顏料塗紅繪圖紙，並鋪在地板上。
就算把這個大難題放在一邊不提，四點半的那組鞋印，在步行途中完全沒有中斷，就已經是最大的疑問了。鞋印是在非常自然的連續行走狀態下，繞著房子一周的，如果兇手在繞圈的過程中，從某個地方進到屋子裡，行兇後再從同一個地方出來，繼續繞行的話，應該很容易發現進出的地點。出入的地方鞋印會變多，還會有相當部分的重疊。就算實施得非常順利，也還是會出現一些，不同於自然行走一周的細節差異，比如腳尖的方向等。可是，現場根本就沒有發現這樣的問題。
再就是，如前面所述，一樓的門窗，都是用螺旋栓鎖死的狀態。這一點可以看倣是決定性的。就算作案前有某處門窗開著，兇手能從這裡進出屋子，但要在所有事情做完以後，再從外部操作螺旋栓，把這扇窗戶或者門鎖起來，就是根本不可能實現的了。
日本式房間的入口門上的螺旋栓，也是同樣的道理。反過來說，假設真有什麼辦法，可以做到這一點，那也要以內、外兩側，都能實施上鎖為前提。
還有一個問題，土田富太郎和天城恭子，都是頸動脈被割斷了，這種情況下會有大量鮮血噴出。一定會噴到牆壁或其他什麼地方，留下血跡是很正常的，且一定會伴隨飛沬痕迹。可是，案發現場沒有一處這樣的地方。現場是日本式房間，和紙障子、土壁、白色窗帘，都是根本沒有辦法擦拭的地方，卻偏偏乾淨得連一滴血都沒有。這隻能說實在太奇怪了。
再有就是，沒有兇器。從兩名死者的傷口狀況來看，兇器應該是菜刀一類的利器。但是，土田家廚房裡的菜刀，沒有一把與傷口吻