鑒於內查外調均無確鑿的證據，呂正操專案組只得將葉企孫釋放。但因之前就有「國民黨cc特務」的罪名扣在葉企孫頭上，他也曾因此鋃鐺入獄，如今反倒無罪釋放，似乎不好向北大交代，於是和當年熊大縝案的相似情景重現，「懸案」的命運也同樣降臨在葉企孫頭上。我們可以從下面這份材料中讀出那個時代的況味——即使是葉企孫這樣為中華民族作出巨大貢獻的科學家、教育家，同樣會被這樣的一紙疑罪擱置起來，從而完成一個從拋棄到再拋棄直至完全被拋棄的過程。
關於葉企孫專案交接上的幾個問題
葉企孫，原北大物理系教授。於1968年因審查呂正操專案被捕，最近，呂正操專案組幾次來人，持周總理的批件，要將葉交回北大，我們表示堅決照辦。
在交接中尚有幾個具體問題：
一、葉是作為cc特務被捕的，並在中央專案組寫的逮捕報告上肯定了葉是熊大縝加入cc的介紹人，在天津親自領導熊大縝參與「華北黨政軍聯合辦事處」策反呂正操的活動等。經過一年多的關押審查，據呂正操專案組的同志說，葉是否cc特務，至今還不能落實定案，這樣就出現一個問題，我們接手審查後存在兩種可能：一是證據不足，不能定特務，則與原逮捕報告相違背，不好交代。為便於日後查考起見，應有呂正操專案組就現在審查葉的情況寫出簡單文字材料留存為宜。
二、葉自逮捕後就是一個在押犯，回來後問題不算清，是按繼續服刑監外審查還是按「查無實據」釋放審查？其政治待遇和生活待遇應如何解決？在交接時也應定下來。
這些問題，在幾次接談中我們都已向呂正操專案組來的同志當面提出過。答覆是：
材料不好寫，可在交接時當面介紹些情況，待遇問題由北大按實際情況解決。不知這樣做行不行？
1969年11月10日
葉企孫再回北大時，由於交接時的懸疑，致使他的身份認定更加複雜和撲朔迷離。北大有關方面對葉企孫作出了「敵我矛盾按人民內部矛盾處理」的決定。這樣，雖然專案審查結束了，無邊的刑期卻開始了。在北大，「葉企孫是國民黨cc特務」之類的話始終掛在某些人的嘴邊上，它成了一堵牆，橫亘在葉企孫的周圍，屏蔽隔絕著人們與他的正常交往。
一個完全可以稱為抗日英雄的人，卻被那個時代成功地誣陷為歷史的罪人。而且不僅如此，人們還懷疑他，唾棄他。葉企孫多年學人楷模和道德榜樣的形象在這炭墨樣的謊言流布中漸漸消退、淹沒直至完全消失……
這就是新中國成立以來，當我們的原子熱核武器研製成功，衛星上天，電子技術、地震預報、氣象預測、國防工業等領域突飛猛進時，我們只知高點而不知起始，只知高潮而不知起源，只知成功而不知成因，只知學生而不知老師的原因。因為歷史遺忘了一個名字。
在諸多重要學科的肇始，都離不開葉企孫的名字。
這就是為什麼當筆者初見錢偉長先生，表示不知葉企孫先生為何人時，他拍案而起的原因。在一個有著悠久尊師重教傳統的國度里，僅知閃閃發光的學生，而不知學生的老師為何人，就像沒有根須的大樹，沒有源頭的河流，沒有來歷的民族，沒有歷史的國度。這是一種數典忘祖的行為，他能不著急嗎？
然而，這一切都是那段歷史造成的。
餘下來的日子，葉企孫被監視。他原來在鏡春園的教授房子被沒收了，教授待遇取消了，每月只有50元的工資，工友也被遣返了，他住進了一間又黑又破的房子。在北大這所著名的高等學府里，他再次失去了自由，每天過著囚犯般的生活。
這時的葉銘漢已經去了「五七幹校」，從叔父被抓到釋放，他都不在身邊。他唯一知道的是叔父被抓後，工友曾去幹校向他報信，他只能勸慰工友，並讓工友將叔父換洗的衣服準備好，送到學校有關部門，然後再轉交給叔父。等他再見到叔父，已是1972年春天的事了。
儘管被限制自由，還是會有人造訪。
不久，葉企孫就聽到了陳寅恪在廣州去世的消息，還有饒毓泰、翦伯贊、沈廼璋等人因不堪批鬥羞辱而自殺的傳聞。在一連串噩耗的最後，是他寄望最大的學生趙九章自殺的消息。
1967年，趙九章所在單位中國科學院的「造反派」開始揪斗資產階級反動學術權威，趙九章首當其衝。揪斗當天，趙九章還在辦公室準備衛星軌道研究會議的有關材料，不想一群紅衛兵突然闖進，不由分說便把他五花大綁，戴上3尺高的紙帽子。他剛欲分辯，還未張口，一記耳光劈面而來，瞬間，趙九章的耳朵什麼也聽不見了。
他和老師葉企孫幾乎是在同一時間段耳朵失聰的。
趙九章是將新中國引入「空間時代」的第一人。1957年10月4日，蘇聯成功發射了世界上第一顆人造地球衛星。趙九章立即指出「這是空間探測的里程碑」，並向領導積極建議籌組這項巨大的科研項目。1958年1月一個名為「518」的科研集體在中科院誕生了，組長是錢學森，常務副組長就是趙九章。儘管「518」後來因故下馬，趙九章卻不失時機地將自己領導的地球物理所研究重心轉移到了空間探測上來，他讓所內的第一研究室專門負責該項工作，並調來錢驥擔任該室的領導，後來又在第一研究室的基礎上擴大成立了二部，共有一、四、六、八、十共5個研究室，這樣就從根本上加強了空間研究技術的力量。在趙九章的領導下，這個研究集體研製出諸多火箭和衛星腔體中的各種儀器設備，進行了宇宙線、電離層的探測，解決了真空、低溫、高溫條件下衛星環境模擬實驗的一系列問題。這些項目就是火箭、衛星的五臟六腑，缺失一個哪怕是頂不起眼的小零件，也會導致衛星上不了天、火箭飛不遠這樣的後果。
在「大躍進」年代，幾乎所有人都頭腦發熱，熱盼中國衛星上天時，趙九章卻保持了一個科學家應有的冷靜，他向有關部門建議說：「發射人造衛星的條件尚未成熟，建議從探空火箭搞起……」
1964年12月27日，當他看到我國火箭技術已具備發射人造衛星的能力時，又第一個寫信給周總理，正式建議研製人造衛星。他說：「……由於人造衛星和洲際導彈有密切關係，它的發射可以配合洲際導彈的發展，本身可以為國防服務，並帶動我國尖端科學技術。我特向中央領導提出這個建議……」
3個月後，周總理親自主持的中央專委會第十二次會議作出了研製中國第一顆人造衛星的決定。
正當他嘔心瀝血「日夜兼程」向心中的衛星接近時，「文化大革命」的颶風來了。
趙九章初時並不以為然，只要讓搞衛星，「文化大革命」又能怎樣？
直到繩索在身，高帽壓頭，趙九章才算長了見識。
接下來便是無休止的遊街、批鬥。造反派將一塊重達二十多公斤的「特製」牌子強行掛在趙九章的脖子上，讓他在中科院的房前屋後到處遊走。可憐花甲之年的趙九章，脖子上被勒出了一道道深可見肉的血槽，每走一步都痛徹心腑。更可恨的是，每次批鬥造反派都讓趙九章低頭認罪，並讓其將腰彎至90度。趙九章由於長年伏案，腰疾嚴重，實在達不到要求，造反派便用腳踢，用煙頭燙，逼其就範。但是腳踢疼了，煙頭滅了，趙九章的腰依然沒有彎下去。
批鬥、遊街，趙九章都不怕，他怕的是以後再也不能搞人造衛星了。他想起了他的老朋友喬冠華，他想給他打個電話問個究竟，但找遍家裡，那個電話號碼始終沒有出現。造反派早已將他家翻了個底朝天。給喬冠華打電話無望，趙九章又想起了他的助手錢驥，他擔心錢驥也會遭受和他一樣的命運，如果那樣，人造衛星的事怎麼辦？
趙九章失眠了。
為了了解人造衛星的進展情況，趙九章想盡一切辦法與錢驥聯絡。終於有一天，機會來了，趙九章託人將早已寫好的一張字條帶給錢驥。怕錢驥因此受牽連，趙九章不得不使用德文。
字條帶出後，期盼成了趙九章每天最重要的功課。除了被造反派揪斗沒有選擇的權利外，他天天守在自己的家裡，等啊，盼啊，希望能得到一些關於人造衛星的哪怕是隻言片語的消息。不久，他又被關進牛棚。強制性勞動改造的強度很快將趙九章殘存的一點幻想打碎了。那是怎樣一種改造啊，一位60歲的老人，白天在地里幹活，晚上接受批鬥。紅衛兵批累了，就讓趙九章寫交代材料。
長期的體力消耗和營養不良，使趙九章的身體極度虛弱。每天晚上，他的腰因為極度疼痛，不能平躺在床上，更不用說翻一下身了。看著被折磨得幾乎脫了相的丈夫，趙九章的妻子心如刀割。但她又有什麼辦法呢？只有每晚等丈夫接受批鬥回來，想辦法給他按摩、推拿，或者用藥草為他熏炙，每次都是淚水和著汗水流。儘管如此，趙九章對於科學的痴迷還沒有停止。1968年的一天，當他獲悉中國將有日全食出現