對葉企孫的審訊，猶如一場場智力測驗，有時乾脆就是腦筋急轉彎。在一個個證據的關節處，葉企孫的回答都帶有不容置疑的邏輯力量。即使是再缺乏歷史常識的人也會覺得葉企孫這個所謂的「大特務頭子」，太名不副實了。有時在具體的環節里，審訊者甚至會在他的敘述里突然「失重」，會發生對自己身份的自我質疑：眼前的這個70歲的老叟，何罪之有？自己審問的是一位「反革命」還是革命者？
這樣就使審訊陷入了僵局。
於是專案組就把注意力集中到對外調查上，以期獲得大的突破。
請看《中國科技的基石》書中的一組揭發材料——
翁文灝的「揭發」（他人代筆，本人閱後簽字）：
葉在清華大學，做物理系主任。我也（在那裡）教過（書）。吳有訓也在那兒教書。解放以後，清華大學把學理的歸為（於）北大，葉到北大做教授。葉沒有干過多大事情。解放以前，聽人家說，那時是偽中央研究院，朱家驊想請葉當總幹事。權力第一是院長，第二位的就是總幹事。葉去過一下，時間很短，沒有做下去，很快就離開。
清華羅加論（家倫）當校長時，我（是）教書的，地質調查所經費困難，我是一個教授，想找個地方工作養家。美國退還國際庚子賠款資金，外交部管，羅家倫認為不對，不應歸外交部管，南京叫中華教育文化基金董事會管，此會早已有，那時和清華有關。1927年-1929年，董事會董事長蔡源（元）培，還有我當董事，顏徽（惠）慶（死）。後來，汪靖（精）衛當頭，閻西（錫）山出頭打蔣介石。閻與馮聯合打蔣，羅家倫是蔣介石的一派，羅家倫好像就是那個時候走的。後來，cc派的吳南軒（當清華校長），清華拒絕。南京叫我代理校長，叫我找個人。我想出個人是梅毓（貽）琦。我建議姓梅的人當校長，當時是九一八事變時。
清華有一個校務委員會（按：應為校務會議或評議會），很有力量，當時葉在內，還有馮友蘭。他們權力很大，我那時期可以做的事情很少，他們是做決定的事情的。當時羅家倫不當校長，出了一張布告：「士可殺不可辱」。葉代理校長是經過我同意的，當時有個教育部次長，叫錢昌照（在北京民革）；還有個部長：王世傑（在台灣）是cc。當時派校長很受派系影響的。
梅貽琦很看重胡適，後來梅參加了國民黨。解放時，我到法國去，梅在巴黎，他家在香港。等了好久，他得到了什麼勸告，到美國去了。
朱家驊做過交通部（部）長，北洋軍閥（時期）朱是北大教授，後來做過很多國民黨的工作。朱與葉一定認識，否則，朱請不動葉到中南（央）研究院當總幹事。
我與丁文江認識，丁文江做總幹事設了個評議會，中研究蔡元培商量出來的，評議會推舉我做秘書，院長死了，要由評議會推舉3個人，蔡死了，評議會推舉3個人叫蔣（介石）挑選，當時有3個人：我、朱家驊，還有胡適。後來朱家驊當了院長。南京開會，叫各校校長開會推舉的評議員。總幹事由院長決定，總幹事權很大。頭一個總幹事是楊銓。楊被蔣介石的特務打死。接下來是丁文江（死）。楊是給孫中山當秘書。當時我不是黨員。1937年下半年當經濟部（部）長，當時通知我是國民黨黨（員）。九一八事變時，我在北京。1932年蔣介石他的手下人來了，聯絡好幾個人，派錢昌照來了，聯繫有我，叫我們分批地去蔣那兒談話。1932年蔣設了一個資源會，錢做副秘書長，我做秘書長，沒就職。想叫我們收羅許多人為蔣的部下。1936年蔣介石做行政院長，叫我（做）行政院秘書長。做了秘書長後，西安事變（發生了），蔣被迫抗日，蔣講：叫我參加英王的加冕典禮，實際上是叫我訪問各國當權的人，問他們對中國同情否。我到英國、德國、蘇聯，和蘇定了條約，那時中國已經打起來。回到南京，請我做經濟部（部）長。「我不管了，實際你管。」蔣講。資源會公開了，原來是秘密的。葉企孫不是委員。
翁文灝 1968年5月8日
北京大躍進路第八條51號
交道口菊爾（兒）衚衕24號
馮友蘭的「揭發」（親筆）：
葉企孫，按解放前北京教育界的派系說，是清華派的第二號人物（第一號人物是梅貽琦），在清華幾次代理校務，當過理學院（院）長，負責清華的幾個研究所的工作，在清華有很大的影響。
我沒有聽說他加入過國民黨，也沒有聽說他加入過國民黨內部的派別組織。不過他同朱家驊的關係相當密切。在抗日戰爭初期，葉企孫離開清華，到國民黨的中央研究院任總幹事。當時的院長是朱家驊。照當時中央研究院的組織，總幹事是實際負責院務的。抗戰時期後期，葉回清華到昆明加入西南聯大，中央研究院總幹事又請清華物理系教授薩本棟繼任。薩同朱家驊原本沒有什麼關係。我想薩本棟所以能任此要職，也是由葉企孫的推薦。我不知道事情的經過，這是我的推斷。
葉企孫在科學界資格相當老，在清華負責清華的幾個研究所的工作，有相當的能力。朱家驊是僅因此而找葉企孫當中央研究院的總幹事呢，或是還有什麼組織上的關係，這一點我不知道。
馮友蘭
1972年12月9日
戴世光的「揭發」（親筆）：
1938年以前，在清華，葉企孫是教授（物理系）。我是學生（清華經濟系）。我不認識葉。1938年夏起，在昆明清華（也即西南聯大），由於在清華是同事，我開始認識葉企孫。一直到清華園解放（1948年底）都在清華一起教書（葉在物理系，我在經濟系），但不熟悉，沒有個人往來。我對於有關葉企孫情況調查提綱中的問題，我都不清楚。下面，我就提綱中的4個問題，綜合說明如下。
1、2、3：我不知道，我也沒聽說過清華有什麼中統組織（我想：「中統」大概是指國民黨反動派的特務組織，而不是國民黨時代的「中國統計學會」。我參加過中國統計學會，是會員）。但清華沒有統計分會；葉企孫沒有，也不會參加中國統計學會。
4：關於葉企孫的政治歷史問題。我只知道在昆明清華時期（1938年夏至1946年夏，具體年代記不清了），葉企孫曾去重慶擔任國民黨中央研究院的總幹事；葉大概擔任該院的總幹事約一年，後仍回昆明清華任教。葉企孫在重慶中央研究院任職的情況，我不了解。
1937年七七事變前夕，北平清華大學的情況我不了解，當時我正在國外念書。1948年清華園解放前夕，我不知道清華有什麼「應變委員會」。1948年清華解放前夕，我知道清華由梅貽琦聘任組織成立的保衛委員會（名稱大概是這樣，記不準確），負責人是陳福田（外語系主任），委員成員很多，有教授、教員、職員及校警負責人，我也被聘任參加該保衛委員會。記得該保衛委員會的職責是在北平城外有戰爭時，組織教職員工保衛清華園，防止盜竊、搶劫破壞等（如在國民黨退入北平城內，解放軍尚未進駐清華附近時，清華處於「真空」地帶，該委員會曾組織人巡邏、守夜等）。我記得該保衛委員會中沒有葉企孫參加；記得該委員會有現在清華大學的錢偉長。
我在1943年冬在西南聯大經人介紹參加過國民黨，但我一直沒有參加國民黨的組織活動，沒參加昆明西南聯大、北平清華或其他任何單位的國民黨組織活動，我不知道，我也沒聽說過葉企孫參加過國民黨。我一直以為葉企孫是無黨派的教授。
除了知道葉企孫在抗戰時期擔任過國民黨中央研究院的總幹事以外，我不了解葉企孫還有其他哪些政治方面的歷史問題。
（附：1938年至1946年夏，我知道，昆明西南聯大有國民黨黨支部；1946年夏至1948年底，清華園解放，我一直不知道清華園有無國民黨組織及組織活動。）
關於葉企孫的情況問題，我提供不出什麼知情人或線索，我只能提出一些與葉企孫較為熟悉的人及了解（或可能了解）昆明聯大、北平清華的國民黨情況的人，如下：
1.周培源（聯大、清華物理系教授），現在清華。
2.陳岱孫（聯大、清華經濟系教授，在昆明時期陳與葉同屋），現在北大。
3.錢偉長（清華物理系教授），現在清華。
4.霍秉權（聯大、清華物理系教授，可能是國民黨黨員），在河南大學（1956年前）。
5.鄭華熾（聯大、北大物理系教授，兼教務長，在昆明聯大時期擔任過聯大國民黨部的負責職務），現在師範大學。
6.褚士荃（聯大、清華工學院教授，清華訓導長，可能了解清華有無國民黨組織。褚與葉參與清華的校務會議），現在清華。
7.吳澤霖（聯大、清華社會系教授，清華教務長），現在中央民族學院。
xxx（一位中層行政幹部）的「揭發交代