1968年6月，中央軍委辦公廳正式下達逮捕葉企孫的命令。當來人給他戴上手銬，不由分說把他推上一輛軍用吉普車的時候，葉企孫漠然無語，他緊閉著眼睛，任其隨意擺布。這一天終於到來。在他失去愛徒熊大縝時，他似乎就預感到這一天終會到來。這是他命里註定的劫難，就像盤旋在他頭頂上的一朵烏雲，它在自己的頭頂上鬱結了幾十年，今天終於像盛大的帷幕一樣落下來，將他團團罩住。
不知走了多久，吉普車在一間漆黑的小屋前停了下來。當天下午，葉企孫便開始了他關押期間8次提審中的第一次審問。基於對歷史的負責，為了再現葉企孫在特定環境所表現出來的品格和風範，特摘錄《中國科技的基石》一書中所記8次提審如下：
第一次提審（1968年9月3日，開始：14點35分，結束：18點。審訊人：雲某某、李某某、孫某某、劉某）
問：你的罪行是嚴重的……交代你和熊大縝的往來關係！！
葉：熊大縝去冀中是由北京教會中一個姓黃的送往冀中的。這段話是熊大縝在天津清華同學會和我講的。我反對熊大縝去冀中，熊大縝在1938年端午節從冀中來到天津。劉維來天津交給我一張紙條，是熊大縝親筆寫的，信上說，介紹劉維與你接頭（劉維是代表熊大縝到天津辦事，是熊大縝派來的，與我接頭）。在冀中呂正操是領導，也可以講劉維是代表冀中的。很快我代（帶）劉維去王崇植那裡去了，見到了王。我知道王是cc特務，我的態度是支持南京政府的。
問：你們找王幹什麼？
葉：我同劉維去看王崇植是為了搞炸藥原料問題，劉維到天津不久約幾天後，我就帶他到王崇植那去了，地點是王崇植的家，我把劉維介紹給王崇植，我和王崇植講，劉維是冀中來的，是代表熊大縝來的，也是呂正操領導下，劉維見到我之後說，（1）冀中需要炸藥、無線電、雷汞……
問：我們看問題不看現象，交代本質問題。
葉：我的立場是站在蔣介石那方面，支持南京政府，這是明確的立場。
問：你帶劉維找王崇植幹什麼？什麼關係？
葉：我帶劉維找王崇植談炸藥問題，請王在原料上幫幫忙。王說他想辦法幫助。無線電問題他說他找王玉青（王若熙），可以幫助，後來在王崇植家見到王玉青，王玉青說無線電零件可以幫助解決，裝配電台需要另找人裝配。王玉青給找了兩個人，一個叫金永貴，一個叫顧宗植。這次是第二次在王崇植家，有王玉青、劉維、熊大縝、我（葉企孫），可能王崇植或熊大縝找的王玉青。
問：王玉青將顧宗植和金永貴（李雪）派給誰了？
葉：說不清。做無線電是在清華同學會，是我安排在三樓一間房子里做電台，我是清華大學臨時辦事處負責人，他們兩人來也是找我。不久，熊大縝來了，時間是端午節，從冀中到天津的，住在清華同學會。熊大縝來了之後，和我講了一些冀中情況：（1）貨幣情況；（2）經濟商業情況；（3）交通情況；（4）軍隊情況沒談多少。我和熊大縝講過呂正操應該同鹿鍾麟取得聯繫，這是我的意見，熊大縝贊成我的意見，並說這件事還得看情況。我們當時在呂鹿問題上定了暗號，用「呂鹿合婚」的暗語與熊大縝互通情報。
問：目的是什麼？呂鹿合婚的目的？
葉：我的目的是支持蔣介石。
問：呂正操當時受誰領導？
葉：是共產黨領導。
問：鹿鍾麟當時受誰領導？
葉：是蔣介石領導。
問：「呂鹿合婚」後你主張由誰領導？
葉：我支持蔣介石，由蔣介石領導。
問：交代以後如何搞呂鹿合婚及通情報的問題。
葉：我是1938年10月5日離開天津到上海，10月底到香港，11月10日在香港收到熊大縝的來信，熊大縝是從天津發到香港。信中談到「呂鹿合婚」等情況，信中說：「林兄今日對生等印象不佳，現為生詳為解說，不快之感已去，並願與生合作編輯科學書籍之事。」這段話的意思是說，林風對參加冀中工作不滿，「編輯科學書籍」，此話是指參加冀中工作的問題。
問：熊大縝在冀中工作與林風合作搞「編輯科學書籍」之事，你必須交代實質問題！
葉：說不清……
問：南方家中指什麼？
葉：是指西南聯大。我給熊回了2-3封信，內容記不清了。我是從1938年11月底由香港回到昆明，1939年3月朱家驊從重慶給我來電報，電文是「生死未卜」，生死是指熊大縝在冀中被捕生死不知。朱家驊怎知熊大縝被捕之事？朱是從天津黨政軍辦事處那知道的。天津黨政軍辦事處知道我與熊大縝很熟，所以他們叫朱家驊給我打電報，我接到朱家驊電報後，給朱家驊回信，叫朱家驊營救熊大縝。
問：還採取什麼行動營救熊大縝？
葉：我在1939年4月-5月到昆明找國民黨中央研究院叫陶孟和（社會科學所所長，在葉企孫領導下）幫忙，請他們再託人幫助營救熊大縝，但不久在昆明路上聽說熊大縝死了。誰說的記不清了。
葉企孫（簽字，手印）
1968年9月7日
第二次提審（1968年9月4日，開始：8點40分，結束：11點5分。審訊人：雲某某、李某某、孫某某、劉某）
問：你在重慶都有哪些活動？
葉：我從1918年同朱家驊認識的，是一同去美國的，在1918年8月在南京號輪船上認識的。朱到紐約，我到芝加哥。我在1924年3月回國在南京東南大學任物理系副教授。1933年在南京中央研究院開評議會時同朱家驊見面。他是地質組，我是評論員，議長是蔡元培，物理組組長是丁燮林（現叫丁西林）或李書華。1941年開始同朱家驊往來多了。1941年春夏時期，我在昆明受（收）到朱家驊的來信，叫我到國民黨政府中央研究院工作，擔任總幹事。當時朱家驊是該院院長，又是國民黨黨內的反動特務頭子，是中央組織部部長。我應允朱家驊的邀請到了重慶做了中央研究院總幹事後，要求朱家驊每周來研究院一次。孫中山紀念周，我因擔任總幹事因此也去了，開會地點是國民黨中央黨部，在會場中我認識的人有翁文灝、顧毓琇（教育部副部長）、杭立武、陳立夫（教育部長）、段錫朋（訓練團的人，和陳立夫是一夥的）。
我在中央訓練團作過兩次報告。中央訓練團是培養訓練政治上的反動分子，參加受訓的都是（國民黨）黨員。我講課兩次，中央訓練團負責人是陳立夫、段錫朋、朱家驊。
我去中央訓練團所作的兩次報告是應中央訓練團的聘書而去的，所報告的內容是「科學問題」、「數理化」、科學的重要性等。
在重慶的時間是1941年9月至1943年6月約兩年，1942年時，我應邀在重慶廣播電台用英文講過物質的利用。
在1941年9月以前，中央研究院和中英庚款董事會所辦的地理研究所、西南聯大、中央大學等4個單位成立了一個西北考察團，朱家驊是負責人，我看過西北考察團的報告。
我在重慶參加過國民黨國防科研委員會，是教育部組織的。這個委員會負責人是陳立夫和顧毓琇，我是委員。這個委員會是1942年成立的，是教育部邀請我去的。
我在這個會上作過報告，內容是無線電、光學、航空等科學研究問題。
我在重慶還參加過同李約瑟的往來，他是英國派來中國的，是英國大不列顛學術評議會的。我去機場歡迎過他，朱家驊、陳立夫都召見過他，我也去過他的辦公處，我並將中國科學和大學情況介紹給他，又將中央研究院的情況用英文寫出給李約瑟。
問：在（國民黨）黨內你還干過什麼？
葉：關於收繳國民黨學費蓋我的章問題，因朱家驊是黨員，我是研究院的負責人之一——總幹事，我的圖章放在總務主任王毅侯那，所以蓋我的章。
問：你既然不是黨員，為什麼黨內收費蓋你的章？
葉：應該蓋朱家驊的章，為什麼蓋我的章，我也搞不清楚。
葉企孫（簽字、手指印）
1968年9月7日
第三次審訊（1968年9月4日，開始：14點30分；結束：18點15分。審訊人：雲某某、孫某某、劉某）
問：熊大縝到天津以後，交代你們的活動和往來關係。
葉：1948年解放前夕，梅貽琦和我講，在福建建立一個清華基地，北京解放很快，沒辦成此事。
清華的資金問題，在解放前夕我叫梅貽琦自己留一本資金賬，我又想在解（放）北京時一同同他到南京。
問：交代和熊大縝的往來關係。
葉：我與熊大縝是1932年認識的，1933年我帶他到處遊覽，每年夏天，暑