葉銘漢得知叔父被關後，趕到「黑幫勞改隊」里去看他。見到葉銘漢後，葉企孫責怪他說，你怎麼來了？你不要來看我。不等葉銘漢開口說話，葉企孫就揮手示意讓葉銘漢趕快離去。他是不想讓葉銘漢受到牽連啊！看到侄子消失在夜色之中，葉企孫禁不住仰天長嘆，他多麼希望此刻有人能幫幫他，給他解釋一下這到底是為什麼。
他想到了他的好友陳寅恪和吳宓。他想起他們三人20世紀20年代在哈佛曾經討論過的一個問題。當時陳寅恪就曾說過：不反對共產主義，但也不贊成「俄國式的共產主義」。吳宓和他也有同感。陳寅恪說這話的時候，已經29歲。他的世界觀和價值觀已經形成，並且一生再無變更。他主張思想自由、學術獨立，「思想不自由毋寧死耳」。當他出席中央研究院會議受到蔣介石宴請時，曾親見此公，「深覺此人不足為，有負厥職」，故歸來賦詩《庚辰暮春重慶夜宴歸作》，中有「食蛤哪知天下事，看花愁近最高樓」一句。但是，他同樣不買新中國科學院院長郭沫若的賬，拒絕出任中科院有關職務。
1957年，67歲初度，陳寅恪詩云：「平生所學供埋骨，晚歲為詩欠斫頭。」1958年，在全國批判資產階級學術思想運動中，他受到批判。1961年秋，老友吳宓來穗探望，曾賦詩云：「五羊生見九迴腸，雖住羅浮別有鄉。留命任教加白眼，著書唯剩頌紅妝。鍾君點鬼行將及，湯子拋人轉更忙。為口東坡還自笑，老來事業未荒唐。」吳宓後於日記中記敘說：「寅恪兄雙目全不能見物，在室內摸索，以杖緩步。出外由小彭攙扶而行。面容如昔，發白甚少，惟前頂禿，眉目成八字形。然寅恪兄精神極好，撮要談述十二年來近況……政府雖再三敦請，寅恪兄決計不離開中山大學而入京：以義命自持，堅卧不動，不見來訪之賓客，尤堅決不見任何外國人士，不談政治，不評時事政策，不臧否人物，然寅恪兄之思想及主張毫未改變，即仍遵守昔年『中學為體』之說（中國文化本位論）……仍確信中國孔子儒道之正大，有裨於世界，而佛教亦純正，我輩本此信仰，故雖危行言殆，但屹立不動，決不從時俗為轉移。」（《吳宓與陳寅恪》，吳學昭著，清華大學出版社1993版）1965年贈蔣天樞文中云：「寅恪以求學之故，奔走東西洋數萬里，終無所成。凡曆數十年，遭逢世界大戰者二，內戰更不勝計，其後失明臏足，棲身嶺表，以奄奄垂死，將就木矣。默念平生固未嘗侮食自矜，曲學阿世，似可告慰友朋。」《讀吳其昌撰梁啟超傳書後》一文中曾稱「余少喜臨川新法之新，而老同涑水迂叟之迂」。
這樣一位剛正不阿、濁世獨清的學者，可以想見他在「文化大革命」中所遭受的重創。因為慘遭批鬥，雙目失明的陳寅恪又添殘疾。即使這樣，也沒能躲過紅衛兵暴風驟雨式的揭批，凌辱備嘗，且被指為「走資派」陶鑄所庇護之「反動學術權威」，橫遭批鬥、抄家，藏書及珍貴文稿被洗劫一空，至1969年10月7日，在廣州中山大學寓所憂憤以終。
而吳宓的一生又何嘗不是如此。這個風流倜儻、博雅淹通的學者終生不改自己的判斷，一直在沉寂中堅持，堅持。吳宓一直堅持到了暮年去廣州探望陳寅恪，仍不「從時俗為轉移」。就在那次會面臨別時，陳寅恪像當年初識吳宓時那樣又一次詩贈吳宓：
贈吳雨僧
問疾寧辭蜀道難，相逢握手淚汍瀾。
暮年一晤非容易，應作生離死別看。
因緣新舊意誰知，滄海栽桑事已遲。
幸有人間佳耦在，杜蘭香去未移時。
果然是生離死別。1978年1月，吳宓含冤去世。至死，也沒有改變自己的初衷！
相比陳寅恪和吳宓，葉企孫雖然在思想感情上與他們有許多共同點，世界觀和價值觀也幾近相同，但作為一位自然科學家，在處理專業和政治的關係、人與人之間的關係、人與社會的關係上還是不盡相同。或許是社會角色不同的原因，他與目光深邃的陳寅恪相比多了些激情和單純，比儒雅風流的吳宓又多了些穩重和理性。吳宓在留學期間流露出懈怠和悲觀時，葉企孫總是以銳意進取和卧薪嘗膽的精神去影響他，當陳寅恪、吳宓對政治和時局發表看法時，他又是一位傾聽者和學習者。在道德操守的高峰上，他們是凌雲絕頂的3塊奇石，只不過陳寅恪是嶙峋的那一塊，吳宓的那一塊身披綠苔、給人以浪漫的想像，而葉企孫則是貌不驚人卻博得人們的驚讚。用平常心做非常事，成大事情做平凡人，這就是葉企孫一生的做人原則。像他這樣身份的科學家，在抗日戰爭中親率學生去抗日前線，又在日寇的眼皮底下運籌帷幄的，中國能有幾人？在昆明西南聯大時，他身為代理校長，卻情願為學生拍案而起，為烈士扶棺怒斥國民黨歹徒。他一心嚮往光明嚮往進步，對中國共產黨和新中國充滿信任和熱情，他原本對政治一無熱情二無興趣，但為了適應新時代，他努力學習政治，漸漸關心政治和時局，在他的日記中，用相當大的篇幅記錄了新中國的國際形勢、外交和軍事情況。他關心政治，但不參與政治，並主動疏遠政治，這是他與陳寅恪大同小異的地方。陳寅恪明確表示：「我決不反對政權，在宣統三年（1911年）時就在瑞士讀過《資本論》原文。但我認為不能先存馬列主義見解，再研究學術」，「因此，我提出第一條：『允許中古史研究所不宗奉馬列主義著作，並不學習政治』」。葉企孫與陳寅恪一樣，求學時就看過馬克思、恩格斯和列寧的一系列著作。他主張學以致用，而不是形式化、表面化，更不是去趕時髦。他曾問過一個學生，讀過幾部馬列方面的書，學生答只讀過《大眾哲學》。葉企孫說，只讀過一本書怎能進行選擇和判斷？陳寅恪正因為認真學習過馬克思的一系列著作，才作出他一生的選擇：「不反對共產主義，但不贊成俄國式的共產主義。」因為他們知道的有關俄國的東西太多太多，比如斯大林專制主義的建立和形成。
一些學者曾這樣說：「正是從斯大林那裡，希特勒學到了對全體無辜人民進行斬草除根的藝術。我們不能抱著善心去抗擊希特勒對猶太人的暴行，卻同時對600萬蘇聯集中營的難民保持沉默。」同時，作為一位特立獨行的學者，一位有著獨立思想和自由意志的大知識分子，平生最快意的事情大概就是能自由「選擇」了。
據說「知識分子」（intelligentsia）這個詞語是俄國人最早啟用的，當它傳入英國之後，英語中的知識分子（intellectuals）便植入了「疏離者」與「審視者」這樣的詞意。在「知識分子」的誕生地俄羅斯，知識分子的遭遇對後來使用這個名字的群體提供了借鑒和啟示作用。如果你以此為榮，你在使用這個名字時就要承擔它的全部歷史，承擔它的光榮和屈辱，痛苦和責任。你命里註定不會從一而終，你永遠是以疏離者和審視者的身份完成你的一生。這就是一個真正的知識分子的命運。陳寅恪正是以知識分子的身份清醒地進行著自己的選擇，包括選擇自己的生活態度，選擇自己的學術判斷，選擇著自己的自由意志。陳寅恪與葉企孫雖為好友，如一對並蒂蓮花開放在那個時代，但花朵的朝向卻不盡相同。葉企孫的理想是科學救國，而陳寅恪卻是以自由主義為核心展開了自己的人生追求。
自由主義在中國是一株奇異的植物。這是一株剛剛萌芽即遭冰凍霜打的植物。許多人甚至不知道它的全貌。毛澤東最早施以批判的自由主義，雖然包括11種表現，但就實質來講，所指的也只是這株植物上的部分枝葉，顯然與自由主義的完整面貌相去甚遠。
「自由主義」一詞源於19世紀初西班牙一個政黨的名稱，後來它在西方世界裡得到了廣泛的認同。在當下自由主義已是西方社會的一面思想旗幟和主流思想，它不僅是許多人的政治信念，也是一種哲學思潮和社會運動。對政府而言，在社會體制構建和政策取向方面，在達成社會預期目標的考量時，它應是當權者首要考慮的一種思維方法和重要元素。對個人而言，它還是一種生活方式。一個叫斯皮茲的自由主義者也像毛澤東一樣為自由主義者歸納了10條原則，他認為自由主義者必須：（1）尊崇自由甚於其他價值，即使是平等及正義也不例外；（2）尊重「人」而不是尊重「財產」，但是不要忽視財產在促進人類福祉方面的積極作用；（3）勿信任權力，即使權力出自多數亦然；（4）不要相信權威；（5）要寬容；（6）堅信民主政治；（7）尊重真理與理性；（8）承認社會必然發生變遷的事實；（9）勿恥於妥協；（10）最重要的是保持批判精神。這大概就是自由主義的基本理念。由上可知，自由主義的真實面貌，並不是我們通常所說的歷史視閾下的那種自由主義。儘管這種自由主義的理論是建立在個人主義之上的，但卻不是個人利益至上的個人主義，而是一個中性的指稱，它以個人作為其立論和論證的基點，其他的政治哲學和倫理原則都由此推導出來。有理論家稱此種論證方法為方法論個人主義，也因這