1954年秋天，中國科學院成立中國自然科學史研究委員會，並在歷史二所內設立科學史組，為建立獨立的專業科學史研究機構作準備。自然科學史研究委員會主任由當時中科院副院長竺可楨先生擔任，負責全面工作。葉企孫先生和歷史學家侯外廬先生為副主任，因侯先生忙於已往的研究，管事很少，這樣一來，委員會的具體工作就落在了葉企孫的身上。
從領導崗位退下來，葉企孫似並無不適。他每周有兩天到歷史所上班，上班的時候，他要比去學校上課時間提前一小時。他在北大校門口乘公共汽車，到了動物園後，再換乘去東城的公共汽車，有座無座，他倒不在乎，他在乎的是一定要按時走進歷史研究所上班的人流中。他這時已經56歲。他三十多歲的時候就已經有了私人小汽車，那時在清華應該算頭一份，他那時的月薪400多元，在教職員中也是數一數二，摺合現在的人民幣該有四五萬元，因為沒有家室之累，手頭就顯得寬綽，即使是校長梅貽琦，因子女甚多，也沒有他生活優越。七七事變之後，他把小汽車賣了，在天津的時候又把這些錢捐給了冀中。解放後他的工資也有四百多元，甚至比當時的國家主席毛澤東的工資還高。現在年紀大了，本來應該有車的時候卻倒了個兒，但他似乎並沒有在意這些，而且往深處想想，沒車竟有諸多的好處。
這是個變化。
他認為這是改造思想的結果。
在沒來北大之前，他認為清華的思想改造運動應該算是「波瀾壯闊」了，但到了北大之後，才知道是井蛙之見。北大在思想改造運動時，馬寅初曾給周總理寫信，特聘毛主席、周總理、朱德總司令等十人為北大政治學習的輔導老師，毛澤東還誇獎說「這種學習很好」，可見北大「洗澡」頗得要領。緊接著的「忠誠老實」運動，北大也搞得有聲有色，連一些人曾「當過憲兵一個月」這樣的歷史問題都被挖了出來，可見運動之力度。不僅如此，因為「要學習蘇聯先進經驗」，北大開始聘請一批蘇聯專家教授，在教材上推大蘇聯教本，在全校232種教材中，蘇聯教本52種，佔1/5還多。文學所已開始批判胡適派資產階級唯心主義思想，中文系已開始批判俞平伯研究《紅樓夢》的錯誤觀點。哲學系召開報告會，慶祝斯大林《馬克思主義與語言學問題》出版。校領導在會上這樣說：「要促進科學的發展，必須在學術界清除資產階級思想，保證科學在馬列主義的思想指導下向著正確的方向發展。」（《北京大學紀事》，北京大學出版社1998年版，第486頁）
在這樣的環境里，葉企孫既釋然又惑然。一方面，他真的認為自己確實有需要改造的地方，就像有人說的「洗澡」，之所以「洗」，是身上有灰，有泥，有新陳代謝的分泌物，洗一洗，搓一搓，水一衝，乾乾淨淨，清爽透亮，輕裝上陣，沒什麼不好。抱著這樣的心理，也抱著接受新生事物的態度，他真的是嚴於律己，真的認為自己是有「原罪」的，他是真的搞批評聯繫實際，聯繫自己的。
比如每天這樣坐公共汽車上下班，從西郊到東城，鬆動一下筋骨，舒緩一下心情，換換背景，接近一下人民群眾，體察一下老百姓的日常生活，改變一下思想感情，與新中國同心同德共同前進，這是他所樂意和希冀的，他能感覺到自己的適應性像春天的植物般一節節生長，他想他是能進步的。
讓人惑然的是另一方面。為什麼空氣中總有一種緊張感和不安感？「洗澡」時為什麼總喜歡搓泥搓出血？這他就不懂了。如果一個人有病，醫生不是為了把他治癒，而是為了把他治死，這是為什麼？為什麼在人群中有那麼多人為地製造出來的不平、冷漠、傾軋、逼仄、促狹、猜疑、嫉恨、仇視、詆毀、虐待，甚至戕害，為什麼不能寬鬆、平靜、溫潤、謙讓、禮貌、相愛、安適、美好、詩意及和諧呢？如果說學習和改造是一輩子的事，為什麼不能從長計議而非要搞疾風暴雨呢？一個個運動接踵而來，密密麻麻，無邊無際，讓人惶恐不安，人人自危，為了什麼呢？人活著是為了運動還是為了創造？這樣的環境有利於聚精會神搞科學嗎？他是一個教育家，他過去並沒有使用過蘇聯教材，不是也培養出諸多的人才嗎？他並不一味排斥蘇聯教材，只是未經過實踐檢驗的東西怎麼就一股腦兒全部照搬呢？他是一個重實驗的物理科學家，凡沒有經實驗的東西只能存疑，這才是科學家應有的態度。他想不通的還有，搞科學為什麼和「清除資產階級思想」扯上關係？科學發展非要清除資產階級思想嗎？什麼是資產階級思想，這些抽象的東西看不見摸不著，卻終年累日與它作對，值得嗎？為什麼沒人計算一下國家成本？就聯繫自己實際來講，他這樣一類知識分子，能算資產階級嗎？一無資產，二無資本，三無資金，用唯物主義觀點來講，將這「三無」之人硬扯進資產階級隊伍是不是最大的唯心主義？至於資產階級思想，就更難以捉摸。經濟基礎決定上層建築，這是馬列主義的一貫思想，既然自己是「三無」的，豈能產生資產階級思想？若說自己的思想結構，既有資產階級的又有無產階級的，還有封建階級的，既有傳統的也有現代的，既有保守的又有進步的，它們雜糅交錯縱橫密織，很難剝離，並且時時刻刻受環境的影響，很難用非黑即白去概括，即使硬性扯進「資產階級思想」里去，也失之簡單和偏頗。自己如此，別人亦然。既如此，何以在大學裡要無休止地引入政治運動思想鬥爭？
他想不通。
他之所以每周進城上班，除了自然科學史本身的吸引力，還有躲清靜的意思。從史料上得知，此時的北大正迅速向「先進的社會主義大學」邁進，從1952年到1958年，僅從語義學和詞源學意義上去研究這段時期的北大語言，凡是「文革」中出現的辭彙，若找出處的話，十有八九誕生在這裡。正是這些新語言和新思維，新措施和新行動，像胚胎般在北大發育成長，長成了北大式的小「文化大革命」，後來才經偉人之手推廣到全國。都說是毛澤東發動了「文化大革命」，但發明權卻在北大。北大是「文化大革命」的策源地和誕生地，北大第一個出現紅衛兵組織、出現聶元梓之類的造反派，絕不是偶然的。
一個以「先進的社會主義大學」為辦學目標的大學，卻成了「文化大革命」的策源地，發人深省。
一個有著眾多「資產階級學術權威」的清華大學卻培養出了諸多新中國的棟樑之才，令人深思。
至今，經過院校調整後的北京大學和清華大學，已經走過了半個世紀。兩所大學加起來的學術成果和優秀人才也難以與當年葉企孫的清華大學理學院成果相比。這裡有台灣學者蘇雲峰先生提供的有關資料——
清華大學理學院的成就（1929年-1947年）
理學院畢業生共515人，有資料者381人，其中，在中國大陸者311人，中國台灣29人，美國35人，中國香港6人。其共同致力於科學基礎研究，及工業國防科技的應用和發展。在國防科技方面，中國自清季自強運動以來所追求的「富國強兵」，「富國」一直落實，「強兵」至六七十年代才告落實，「兩彈一星」就完成在這批清華理工兩學院學生手裡。在理化生物和地質等基礎科學研究領域，也比20世紀前半葉進步得多。楊振寧、李政道獲諾貝爾獎，更加強了中國人的信心。
物理系畢業生在中國大陸者68人，美國3人，中國台灣2人，中國香港1人。在大陸者有18人為中國科學院院士。「中國氫彈之父」的王淦昌，「中國導彈之父」的錢學森，即在其中。讓我們進一步敘述他們的表現。
王淦昌（1929級）為當代中國實驗原子核、宇宙射線和基本粒子研究的主要奠基者和開拓者。60年代初任核武器研究院副院長，與清華的一些科學家如彭桓武、鄧稼先（1945級，甚得楊振寧之首肯）等人，完成研製第一顆原子彈的「596工程」和至今影響大陸科學發展的「863計畫」，其中包括核計畫，王被稱為「中國氫彈之父」。錢學森（1934年清華留美公費）是美國著名航空工程專家，為愛國故，放棄在美崇高地位，回中國發展航空事業。曾任國防部第五研究院院長，第七機械部副部長，從事飛彈研製和培養人才的工作，對中國發展火箭等新武器有極重要貢獻。參與錢學森研究計畫的清華理工學院畢業生甚多，其中被選為中國科學院院士的有：彭桓武（1936級），數學物理學部院士，主持中科院近代物理所。錢三強（1936級），數學物理學部院士，二機部副部長兼原子能研究所所長，發現「核反應三裂變」，是中國原子能事業創始人之一。另外，還參與籌建中科院及其下之各個學部，培養人才。何澤慧（1936級），數學物理學部院士，從事核子物理研究，參與核武器的研製。龔祖同（1930級），技術科學部院士，是中國最早光學儀器研究和設計人之一。傅承義（1933級），地學部院士，是中國地球物理科學主要奠基人之一。翁文波（1934級），地學部院士，對