經過8年的流離顛沛的逃亡生活，西南聯大終於成為了歷史。8年來，葉企孫經歷過多少迷茫多少快樂多少痛苦，現在就要離它而去了。面對昆明的青山綠水、風物人情，葉企孫心裡湧起無限依依惜別之情。
受梅貽琦校長之託，葉企孫仍負責清華的儀器圖書搬運工作。經過幾十年的苦心經營，清華大學圖書館的藏書已汗牛充棟，而且品種繁多，有許多還是國內外少有的孤本善本，如《法蘭西科學院院報》、《德國物理學時報》、《英國皇家學會會刊》等等，都是非常少見的科技文獻。為了這些寶貝，葉企孫在清華南撤時就曾親自組織搬運。在日寇步步緊逼，交通困難的情況下，葉企孫和他的同事克服一切困難，將這些書籍裝載四五百箱，運至重慶，為了防止落入日本鬼子魔掌，藏在重慶市內的一個山洞裡。儘管經過了8年的戰火洗禮，清華圖書也不曾丟失一本。這些圖書見證了中國8年來的硝煙烽火，見證了清華人為祖國的復興勤奮苦讀的日日夜夜，它們是清華人的魂啊！這裡面包含著太多清華人的希望和艱辛！為了把這些書完好地運回去，葉企孫事必躬親，小心謹慎，大到制訂起運日程，小到裝箱打包，連每個箱包的內容也必一一記錄。有一個請來負責託運的小工，見這麼一個面容清瘦，一身灰布衣衫的老人每天親臨現場，組織託運，甚是好奇。他悄悄地問旁邊的人，此人是誰？當得知是大名鼎鼎的葉企孫時，不由得連連向葉企孫鞠躬致敬。
終於回到清華園了。
葉企孫站在清華大學門口，凝望著這熟悉的一切，禁不住心潮澎湃。自從他13歲走進清華，此生就註定要與清華相伴了。8年前，抗日戰爭爆發，全校南撤，有人悲觀地認為這將是「黃鶴一去不復返」，就像宋人南遷西湖畔，只有夢中憶中原了。但葉企孫卻始終堅信，總有一天，一定能回清華園，就是在昆明的這些年，他意識里也從沒離開過清華園。今天，多次的夢中情節終於變成了現實。葉企孫一步步感受著清華園的親切和溫情，感受著它獨特的氣味和芬芳。他有些激動，淚水濕潤了雙眼，8年了，清華園，別來無恙乎？
那是北院七號吧，是我的家嗎？葉企孫站在自己當年的院落，看著已經顯得有些破敗的窗欞門廊，心中竟生出了一種難以言說的痛楚。他不敢打開房門，不敢碰觸這房間的一桌一椅，不敢撫摸門前的老樹，不敢聆聽來自風的聲音……那是在他心底封存8年的風景啊，那裡有學生大縝的影子！
那是葉企孫心中永遠的痛！
1947年8月，葉企孫當選為中國物理學會常務理事長。由於吳有訓調離清華，赴東南大學任校長，葉企孫接替吳有訓續任清華大學理學院院長。
1948年的春天，葉企孫又當選為中央研究院院士，但這並不能帶給他任何喜悅。抗戰勝利後，久盼的和平並沒有如願降臨。蔣介石撕毀《雙十協定》，中國人民又經歷了漫長的3年內戰。面對白雲蒼狗般變化多端的時事，面對多災多難的人民，葉企孫無可奈何，他把自己鎖定在清華園這片土地上。他認定了一個死理，一個國家無論怎樣變化，總是需要人才的。
1948年9月，葉企孫出席中央研究院第一屆院士會議，併當選為中央研究院第三屆評議員。這次會議不久，時局急轉直下。蔣介石在大勢已去之後，不得不做好了逃往台灣的準備。他在搶運中國大陸黃金儲備的同時，又制訂了搶運大陸人才、轟炸大陸重要工業設施等計畫……他要把一個千瘡百孔、一貧如洗、人才凋零、百業俱廢的大陸留給中國共產黨。在蔣介石的遷台名單中，葉企孫也赫然在列。
1948年12月，梅貽琦向葉企孫探詢他的去留問題，葉企孫說，清華辦學本來就置身於政局變遷之外，過去這樣，以後也會保持這一傳統。國民黨的走與不走，與清華園無關。清華園應按自己的傳統辦下去，不應當受到任何政治方面的影響。葉企孫回絕了國民黨，決意留在清華。
1948年12月14日，梅貽琦進城為學校事務奔波，被國民黨阻於城內，同時受阻的還有陳寅恪等幾位著名學者。南京政府連續來飛機接人，要他們飛往南方。這突然的事件讓梅貽琦措手不及，他身為國民黨大員，雖然也曾想過要離開清華，但沒想到這麼快，清華園裡還有許多事務還沒來得及處理。但是突然的變故已經容不得他多想，就這樣，梅貽琦乘坐最後一班飛機離開了北平，之後又從南京取道上海到香港再到日內瓦，從此再也沒有回到大陸。陳寅恪也以「貪戀廣州暖和」之由，沒有再回北平。吳宓也離開了清華。好友的離去使葉企孫異常痛心。
梅貽琦的離去是整個清華的損失。葉企孫相信這一定不是梅貽琦所願意的，他了解梅先生，梅先生一生為清華兢兢業業，鞠躬盡瘁。1941年梅先生上任10年、清華大學建校30年之際，在昆明舉行的慶祝大會上，美國一所大學發來的賀電「中邦三十載，西土一千年」，便是對此最好的佐證。梅先生把他的一生都獻給了清華，把他的血肉都融入了清華的這片土地，他怎能捨棄自己的血肉輕鬆走開呢？
這時，清華園裡已經能夠清晰地聽到解放軍圍城部隊的槍炮聲了。1949年春，傅作義將軍在解放軍大軍壓境的情勢下，為了保護北平這座歷史文化名城，宣布起義。消息傳出，清華園裡有了學生們的讀書聲。由於梅貽琦的離去，清華學人的目光紛紛聚集到葉企孫的身上，如一群失序之雁，急盼葉企孫能給他們方向。1949年5月，在清華學人的一致擁戴下，葉企孫被任命為清華大學校務委員會主席（當時北京幾所大學校長均改為主席），履行校長職責，主持新中國成立階段清華大學校務。
葉企孫此時的就任對於全國高校界的影響不可低估。當時國民黨正在催促長江以南的大學遷校，眾院校都正處於惶惶之中，沒有航標、沒有方向，正是葉企孫的就任和清華的正常復學，使大家看到了駭浪中的航標，也紛紛於5月之後恢複正常的秩序，使中國的大學教育沒有遭受太大的損失。
9月，葉企孫作為教育界的代表，參加了第一屆中國人民政治協商會議，當選為全國政協委員。
正在大家為迎接新中國而重新抖擻的時候，葉企孫卻聽到了一個令他心痛欲裂的消息，廈門大學校長薩本棟先生不幸在美國病逝！
薩先生死了，帶著他對祖國的留戀和對中國核物理研究的遺憾永遠沉睡在了異國的土地上。一時謠言四起，一說薩本棟崇洋媚外，到美國不是講學而是避亂，二說薩本棟投機鑽營，投靠國民黨……
葉企孫對這些中傷之語表示了極大的憤怒。已經很久疏於動筆的他毅然在1950年7月27日的《物理學報》上發表了一篇《薩本棟先生事略》，高度評價了薩本棟的一生。他在文章中寫道：「他的死使中國物理學和電機工程界失去了一個重要的研究工作者，中國的學術機關失去了一個能幹而且能儘力工作的行政工作者，中國的大學生失去了一位數理及工程方面的好教授。我們看他一生的工作，始終是不斷地貢獻他的全力。他的壽雖然不滿47歲，他所做的事業和研究工作確實不少。」
文章發出後，在社會上引起了巨大的反響。因為那時社會上已經颳起了「思想改造」的颶風。為一個曾經給南京國民黨政府做事並且死在異邦的人寫文章，是需要很大勇氣的。許多人認為葉企孫不識時務，為一個死去的人正名，不值得。可葉企孫卻不以為然，他認為一個人生前只要為國家民族謀利，為科教救國出力，人們就不應該忘記他，更不能因政治需要無端向他身上潑髒水抹污泥，這不公平。
1950年6月23日，毛澤東主席在第一屆政協二次會議上發出了文化教育戰線上的知識分子要開展自我教育和自我改造運動的口號，自此，以高校教師為主要對象的思想改造運動拉開序幕。
這次運動是由北京大學校長馬寅初在北京師範大學首先發起的。作為全國的重點高校，北大、清華當然不能落後，隨之也發起了聽報告、學文件、聯繫本人思想和學校情況開展批評與自我批評的改造運動，以達到改造思想，改革高校教育的目的。1951年9月29日周恩來總理應北大校長馬寅初邀請在北大作的關於知識分子改造問題的報告，更加大了這一颶風的力度。葉企孫作為清華大學的負責人，也趕赴北京大學聽了總理的報告。
周總理的報告在首都高校引起了強烈反響。為了學習好周總理的指示精神，首都高校成立了京津高等教育學習委員會，簡稱「總學委會」，由當時的教育部部長馬敘倫任主任委員，委員有北大校長馬寅初、清華大學校務委員會主席葉企孫、燕京大學校長陸志韋等。1951年12月15日，中央教育部向全國高校發出了通知，介紹京、津兩地高校教師學習情況和初步經驗並推向全國。
由此，一場轟轟烈烈的思想改造運動以燎原之勢迅速遍及全國。
1951年底，清華、北大發出通知：該學期的期末考試暫停，學生配合教師做好思想