1943年秋季開學的時候，葉企孫重又握起他心愛的教鞭。
他又回到了昆明北門街聯大教職員工宿舍，一間約十多平方米的小房間。與他比鄰而居的是陳岱孫和金岳霖。著名的「清華三孫」重又聚首一起，雖然說在同一個屋檐下，但這裡卻不是北京的三重檐，而是山野的茅草屋。這是西南聯大最艱苦的日子。
抗戰時期，國家正處於極度艱困之際，哪裡還有資金支持教育？連教授們也因養活不了家庭而不得不放下臉面去做些小生意。梅貽琦校長的夫人韓詠華女士在她的回憶文章《同甘共苦二十年——我所了解的梅貽琦》中曾這樣寫抗戰時期的西南聯大：
抗戰時期，不僅學生生活很艱苦，教授們的生活也不寬裕。我們和潘光旦先生兩家一起在辦事處包飯，經常吃的是白飯拌辣椒，沒有青菜，有時吃菠菜豆腐湯，大家就很高興了。教授們的月薪，在1938年、1939年兩年還能夠維持3個星期的生活，到後來就只夠半個月的了。不足之外，只好由夫人們去想辦法，有的綉圍巾，有的做帽子，也有的做一些食品，拿出去賣。我年歲比別人大些，視力也不好，只能幫助做做圍巾穗子。以後庶務趙世昌先生介紹我做糕點去賣……月涵一向忙於校務，家裡人怎樣生活，是否挨餓，他全然不知。直到看見我這樣狼狽，看到教授的太太們這樣疲於奔命維持生活，他才著了急，向重慶政府教育部為大家申請了一些補助。還有一次教育部給了些補助金，補助聯大的學生，我們當時有4個子女在聯大讀書，月涵卻不讓領補助金。我當時參加了昆明女青年會的活動，大家輪流備飯，一次輪到我備飯時，確實沒有錢，就在大西門旁鋪了一塊油布擺個地攤，把孩子長大以後穿不上的小衣服、毛線頭編織的東西以及我自己的衣服等擺上賣，一早上賣了10元錢，總算勉強把這頓飯備上了……1937年9月份起，教師薪資以50元為基數，還要7折發給，再負擔一些捐稅，實領不過5成左右。1940年1月起，薪資改按十足發放，但從這一年開始了物價暴漲，戰前每月實支350元的教授，按當時生活指數摺合，實值僅為13.6元。到1943年下半年，聯大教授薪資如以戰前月薪300元計，則只合戰前8.3元了。一月薪資只夠半月左右的開支，教師們吃不飽飯，有的甚至每天只能吃一干二稀，多數人不得不兼職謀生。政府雖也發給一點生活補助費，如「平價米貸金」、學術研究補助費、久任教員獎金、教員講助金等等，但均杯水車薪，無濟於事。
教授們的生活尚且如此，學生的物質生活條件和學習環境就更艱苦了。
昆明屢遭日寇飛機的轟炸襲擾，聯大上課的時間，不得不改為上午7時至10時，下午3時至6時。學校還經常因空襲警報而中斷上課，有時甚至使實驗半途而廢。校舍損壞，雨天無處不漏，學生在圖書館看書也要打傘。
西南聯大學生虞佩曹在她的《回憶昆明西南聯大》的文章里這樣說：
想到當年的伙食，眼前又出現了女生食堂的伙房。牆上高高掛著熏黑了的松鼠脯，那當然是大師傅的，鍋勺乾乾淨淨無一點油星，笸籮里是玻璃彈子大小的土豆，洗的時候搓一搓就算去了皮，鹽水一煮就是「菜」，主食是摻了沙子、稗子、石子、老鼠屎、玻璃碴……的「八寶飯」。吃飽了照樣上課。男同學食量大就更困難。記得他們曾注意到某位同學，總不見他同去食堂，後來才發現他沒有錢交伙食費，待大家吃完了才匆匆趕去，掃盡桌上的殘渣剩飯。這令人落淚的事情激發了大家的同情，欽佩他在如此困難的條件下堅持學習的精神。生活如此艱苦，為抗日戰士獻血時聯大同學卻蜂擁而來，排成長隊。相當多的人因血色素不及格而被淘汰，他們並不顧及自己的體質，卻為未能給抗日戰士獻出一些血而滿臉沮喪、遺憾……
同學們找機會兼差。課餘當教師，給商店當會計，甚至打午炮放警炮。昆明廣播電台距學校不遠，那裡的編輯、播音員乃至機務，幾乎全為聯大同學所包辦。當時淪陷區禁止收聽短波廣播，昆明電台用的長波，每天凌晨2點廣播速度很慢的「記錄新聞」，曾收到過上海學生的來信，說他們半夜起來抄錄，次日悄悄相互校對、傳閱。在電台工作的多在電台包飯，記得有一次發薪，紙條上竟是紅字，原來還倒欠電台若干元。
不僅經濟上困難，還時常要跑警報。在墳頭間上課、討論，也是常有的。當看見吳晗先生或背或抱扶持他多病的夫人躲來郊外的墳地時，都默默地投以敬佩的目光……
在這種困難時期，要培養出優秀的學生就好比是在貧瘠的土地上期盼豐收一樣不可思議。但葉企孫和他的同事們卻做到了。祖國水深火熱的現狀激勵了有著高度愛國心的聯大師生們，大家沒有被眼前的困難嚇倒，而是在困難中奮發向上，在困難中與日本鬼子的飛機大炮賽跑。他們用簡陋的儀器一遍又一遍地記錄著中國人的勤奮和自尊，用粗糙的雙手一次又一次地攀越著科學史上一座座難以逾越的山峰。沒有儀器，學生就自己製作；沒有教材，教授們就自己編，整個聯大彷彿是一列超速行駛的科學快車，所有的師生都相信，只要大家一起努力，祖國就會有光明的明天，只要大家共同奮鬥，科學就會降臨中國。科學，也只有科學，才是那個苦難時代的希望之光。
也許中國人天生就有愈挫愈勇的韌勁。聯大的師生並沒有在日本人的飛機轟炸之下屈服，反而更加珍惜來之不易的學習機會，在夾縫中求真知，在困境中立信念。20世紀40年代在西南聯大學習的楊振寧、鄧稼先和同學們就是在這種情況下成長起來的。那時候，學校條件差，日本的飛機又時時騷擾，晚飯後許多同學就會跑到昆明街頭的茶館裡去，在那裡邊喝茶邊討論，許多科學的火花就是在這樣的環境中閃現出來的。有一次，楊振寧和他的同學根據哥本哈根對量子力學的詮釋討論測量的意義，從喝茶開始，一直討論到茶館打烊，回到聯大，幾個人還不盡興，躺在床上又繼續討論，最後為了解決問題，幾個人不得不從床上爬起來伴著燭光查看了有關書籍，討論才告一段落。
李政道在回憶他在聯大的學習生活時曾這樣說過：「在科學事業上取得很大的成功是很不容易的，這不是每個人都能做到的。除了付出極大的努力，要刻苦奮鬥之外，必須有堅強的決心和信心。物質條件是次要的……我在國內學習的時候，國家正處於動亂時期。那時候的西南聯大條件很差，十幾個人住一間草房子，每兩個星期還要捉一次臭蟲，不然睡覺也睡不成。學校的實驗設備就更差了。但是，我們並沒有因此而喪失信心，放鬆學習，相反，大家對學習抓得很緊。不少著名學者像黃昆、朱光亞、楊振寧和我都是西南聯大出來的。後來到美國學習，也不因國內條件差，就低人一頭。無非是一些儀器、設備國內沒見過。沒見過的，看見一次就知道了，用兩次就掌握了，並沒有什麼了不起。」
茅草房、破衣衫、「八寶飯」、防空洞、烽煙里……這樣的辦學條件可謂世所罕見。但就是這樣的簡陋條件，卻創造了令人拍案稱奇的輝煌成果。在抗戰的8年中，聯大除為國家輸送了7屆本科畢業生之外，還輸送了兩屆留美公費生（抗戰前共輸送4屆），從這些閃光的名字裡面，我們是否可以看到為中國的科教事業盡心竭力、無私忘我的聯大老師們山巒般的身影呢？
他們是：
第五屆：汪德熙（化工）、陳耕陶（農化）、胡寧（金屬）、勵潤生（採礦）、黃培雲（冶金）、陳梁生（土力）、朱寶復（灌溉）、葉玄（汽車）、屠守鍔（航空）、呂保維（無線電）、梁治明（要塞工程）、孟慶基（戰車製造）、黃家駟（醫學）、蔣明謙（製藥）、張培剛（工商管理）、吳保安（經濟史）、陳新民（鍊鋼）。
第六屆：何炳棣（西洋史）、李志偉（造林）、黎祿生（會計）、樊星南（師範教育）、黃杲（醫學）、王積濤（製藥學）、吳中倫（造林）、吳仲華（傢具製造）、鍾開萊（數學）、楊振寧（物理學）、凌寧（動物學）、方中達（植物病理）、張炳禧（礦物學）、郭曉崗（氣象學）、錢鍾毅（道路工程）、張燮（造船工程）、白家祉（機械製造）、黃茂光（原動力工程）、曹建猷（電機工程）、洪朝生（無線電）、沈申甫（航空工程）、張建侯（化學工程）等等。
由於德國納粹在歐洲戰場上的失敗，盟軍以摧枯拉朽之勢攻克了納粹的老巢柏林。不可一世的阿道夫·希特勒在地下室自殺身亡，日本軍國主義也走到了它的盡頭。1945年，美國把剛剛研製出來的兩顆原子彈迫不及待地投向日本的廣島和長崎，加速了戰爭的結束。蘇軍也相機出兵東北，最終迫使日本帝國主義無條件投降。消息傳來，舉國一片歡騰。陳寅恪這時雖已雙目失明，但也抑制不住內心的激動，欣然命筆——《乙酉八月十一日晨起聞日本乞降喜賦》，詩曰：
降書夕到醒方知，何幸今生見此時。
聞訊杜陵歡至泣，還家賀監病彌衰。
國讎已