萬里長征，辭卻了五朝官闕。暫駐足衡山湘水，又成離別。絕徼移栽楨幹質，九州遍灑黎元血。盡笳吹、弦誦在山城，情彌切……
這是當年國立西南聯合大學的校歌。七七事變後，南京政府鑒於華北時局，命令清華、北大、南開3所大學合併為一所臨時大學在湖南長沙複課。這首歌的上半闋，為我們提供了那段歷史的大致線索。
1937年8月末的一天，清華大學校長梅貽琦佇立在湘水一側，仔細打量著面前有著尖頂教堂的聖經學校。他身後站著一排人，他們是北京大學校長蔣夢麟、南開大學校長張伯苓、湖南教育廳廳長朱經農、湖南大學校長皮宗石及教育部代表楊振聲等。就在這一天，這個以梅貽琦為主任的臨時大學籌備委員會完成了校址的勘定工作。
1937年10月25日，臨時大學正式開學。典禮時，原來擔心3校合併，學生濟濟一堂，教堂將會人滿為患。豈料這天參加開學典禮的學生，3校加起來也不過百人。台上的校長們臉色凝重，教授們心急如焚。但是，這等慘淡困頓之態，聯合大學也沒有維持多久。1937年12月13日，在聯合大學剛剛開學一個月之後，南京淪陷，戰火再一次逼近長沙，梅貽琦呈請學校遷往昆明的報告被批准，聯合大學不得不又輾轉西南，再次感受喪國失家之痛。
1938年春，一部分教授先行赴滇。同學們分成兩部分，一部分是女生和體格不好的男生，經粵漢路至廣州轉香港、海防，由滇越路入滇；另一部分有200餘人，組成「湘黔滇旅行團」步行入滇。
說是旅行團，實際上是一次軍事行動一樣的長途拉練，在歷時68天，徒步走完3500華里之後，他們於1938年4月26日抵達昆明，與先期到達的各路師生會合。
1938年5月4日，奉命改組的國立西南聯合大學正式開課。聯大設理、工學院於昆明，設文、法學院於蒙自。自此，清華大學開始步入一段奇異的發展歷程。
在這個非常時期，梅貽琦先生以一名「船長」的身份發揮了巨大的作用。他在一次會議上曾這樣說：「在這風雨之秋，清華正好像一隻船，漂流在驚濤駭浪之中，有人正趕上承擔駕駛它的責任，此人必不應退卻，必不應畏縮，只有鼓起勇氣，堅忍前進，雖然此時使人有長夜漫漫之感，但我們相信，不久就要天明風定，到那時，我們把這條船好好開回清華，到那時，他才能向清華的同人校友敢告無罪。」戰時聯大的教育非和平時期的大學教育，好在梅貽琦一變往日「無為而治」和「寡言君子」的面貌，以雷厲風行、務實果斷的作風很快打開了局面，聯大不僅在最短的時間內恢複了正常教學秩序，一些停辦多日的學術研究項目也很快發展起來，比如說清華的特種研究事業。
清華大學特種研究事業始於1934年夏。
1934年，正是葉企孫推薦吳有訓繼任物理系主任這一年，由於少了具體繁雜的事務性工作，他的肩上有了些許輕鬆的感覺。就在這時，梅貽琦又把辦特種研究所的擔子壓給了他。委以重任的理由很多，一是葉企孫為理學院院長，與許多特種研究項目相關聯；二是他的學術視野開闊，對世界先進科學技術反應敏捷；三是他有明確的科學救國目標，了解中國國情，能搔到癢處；四是他有極強的責任心和協調能力，能服眾；當然，還有梅貽琦對葉企孫的個人情感，有類似「你辦事，我放心」之類的信任。
在葉企孫的率領下，清華的特種研究事業在戰前便已獲得長足的發展。
當西南聯大諸事塵埃落定之後，1938年9月，梅貽琦再次呈文教育部，請准許繼續開辦因戰爭中斷的研究所的工作，考慮戰爭時期國防需要，特請求將原來的3個研究所擴充為5個，即再增加金屬、國情普查兩個研究所。
此時，清華大學的本科教學雖合併到聯大，教學資源共享，但各大學的學術研究仍相對獨立。特別是「特種研究事業」，是清華學術研究的一塊金字招牌，也是體現清華社會價值的一個重要標誌。梅貽琦長校之初就說：「凡一大學之使命有二：一曰學生之訓練，一曰學術之研究。清華為完成此使命，其發展之途徑不徒限於有效之教學，且當致力於研究事業之提倡。此在學術落後之吾國，蓋為更不可綏之工作。」由此可見學術研究在他心目中的地位。基於這樣的情勢，清華大學的特種研究事業就像梅貽琦手裡的一支奇兵，而引領這支勁旅的人則定是不負眾望的人。
梅貽琦再次想到了留守北方多時的葉企孫。
於是，葉企孫披掛上馬，就任清華大學特種事業研究所委員會主席，委員有梅貽琦、陳岱孫、施嘉煬、李繼侗、李輯祥、戴芳瀾、庄前鼎、任之恭、吳有訓、陳達等共11人。
1939年1月7日，葉企孫以研究所委員會主席的身份出席清華第二十次校務會議，這是葉企孫到西南聯大後的第一次正式亮相。梅貽琦開會伊始便宣布：「加聘本校研究所委員會主席葉企孫先生出席校務會議。」當時參加校務會議者有梅貽琦（校長）、潘光旦（教務長）、馮友蘭（文學院院長）、吳有訓（理學院院長）、陳岱孫（法學院院長）、施嘉煬（工學院院長）、沈履（秘書長）、張子高（特約報告人），加上葉企孫共9人，他們可謂清華的靈魂人物，一直左右著戰時清華這條船的航向。
葉企孫就任特種研究所委員會主席時，各研究所研究項目和規模如下：
航空研究所：與航空學校、航空機械學校合作，研究飛機構造、飛機材料實驗、風洞實驗、航空氣象各問題。（民國）二十五年度曾在南昌經航委會之補助下，建造了一15英尺直徑之風洞，最近擬在昆明再造一5英尺風洞，以資實驗。
無線電研究所：與資源委員會合作，注重各種真空之製造與測量，短波無線電之設計，短波軍用無線電機，秘密軍用無線電話之研究，及專門電訊人才之訓練等。
金屬研究所：與資源委員會合作，注重以x光研究金屬及合金之質性及微觀結構，以輔助國家工業機關解決所用鋼鐵及其他金屬質料各問題。
農業研究所：與中央農業實驗所及其他農機機關合作，注重滇省及其臨近區域農產品之病蟲害問題及對植物生理之研究、以農產品製取國防所需原料問題。
國情普查研究所：國情普查，平時與戰時同屬切要之舉。但其問題，至為複雜。該所擬先在滇省擇一區域，作實際之研究，以期於普查之表格、統計之方法及各普查人才之訓練各問題，於相當期間有所貢獻。
從這些研究所的主要任務便可以看出，它們不僅僅是純粹的學術研究機構，而且還與當時中國的戰時情況密不可分。這正是葉企孫所期望的。從支援冀中抗日開始，他就對中國國防建設的薄弱深感憂慮。如果能培養出更多的國防人才，研究出更高更新的國之利器，那中國的希望豈不更大？所以葉企孫接手這個特種研究所後，馬上把目光轉移到了國防研究上面。他要在自己的有生之年為國家做些事情。用現在的眼光看當年的特種研究所，可以這樣說，它其實就是中國最早的軍事科研基地，而葉企孫無疑是這個基地的創始人。
以無線電研究所為例。世界上最早體現出無線電實用價值的是20世紀20年代美國的匹茲堡廣播電台。也許是當時在美國留學的葉企孫早就發現了其中的奧秘，也許葉企孫真的是先知先覺，1933年，當葉企孫主持他的第一屆留美招考的時候，他就毫不遲疑地開設了儀器和真空管製造門兩個名額，以期有朝一日中國也能趕上世界的潮流。
這是葉企孫為中國打開的又一扇大門。
1933年9月，葉企孫利用吳有訓去美國休假之機，托他在美國訂購製造真空管的機器設備，以備我國研究製造電子管之用。
1935年，葉企孫主持臨時大學籌委會的時候，他預見到抗日戰爭不會在短期內結束，便提早把沉重的真空管製造機運到了長沙，後來，南京淪陷，真空管又運到了昆明大普吉，無線電研究所也在那裡重新籌建起來。即便是在戰亂時期，清華特種研究所的學術研究也沒有停止過，尤其是無線電方面，由於有較好的設備，其成績還頗為令人矚目：中國第一根電子管就是在這個研究所里研製出來的。在軍事方面，曾與航空委員會空軍軍官學校合作研究長波定向問題，設計和製造出軍用無線電通訊器、軍用秘密無線電通話器、航空用無線電定向器等等。這一切不能不歸功於葉企孫先生的高瞻遠矚。
有人說當時的清華特種研究所是「為國效忠」和「為國儲才」，其言甚是。還以無線電研究所為例，它不僅培養了大批科技人才，如任之恭、孟昭英、范緒筠、葉楷、林家翹、戴振鐸、張恩虯、陳芳允、王天眷、慈雲桂等等，還為提高世界範圍內的無線電技術做出了貢獻。1943年，孟昭英去美國學術休假，在這一年中，他選擇了剛剛發明不久的金屬波導中阻抗的精確測定作為他的研究課題。經過一年的努力，他獲得了一項專利，並於