七七事變後的兩個多月里，葉企孫、吳宓、熊大縝等都搬出了清華，葉企孫、熊大縝住進了歐美同學會，吳宓住在其姑媽家，陳寅恪也在城中為其父辦理喪事，張奚若、湯用彤、趙元任等諸多教授也都在城中，於是清華大學就在天津設立了臨時辦事處，以支應師生南下和負責保管清華校產，辦事處由葉企孫主持，周培源、熊大縝協助。
誰知這個時候，葉企孫卻得了一場大病。
從《吳宓日記》里可以得知，搬出清華後的若干天，吳宓、葉企孫幾個人經常在一起。到8月中旬，吳宓先是「喉痛」，到了月底，也就是8月27日，吳宓在日記里記述道：「夜2：00即醒，病矣。自是平均約二小時，腹瀉一次，發寒。」這是典型的傷寒病症。
而葉企孫得的正是傷寒。
吳宓的病到9月初才好，而葉企孫9月初到了天津，不幾天就病倒了，這一病，竟病了兩個月，嚴重到曾危及生命的地步。關於葉企孫得病的信息，在《吳宓日記》里均有記載，比如9月12日：「……又悉葉企孫在天津住state hotel race-course rd（英租界，維多利亞路191a，第3號套房）。在津患病甚重。」到了10月26日，亦有「見葉企孫，病已大愈，惟須休養」的字樣。
清華南遷長沙，其前期工作系葉企孫所完成，他是籌建委員會主任，一應事務均是他張羅定奪。待分校建好，他又負責殿後，任務是將散落在京津地區的清華師生有組織地轉送到南方，因為秋季開學日期已過，梅校長三番五次催促，這邊葉企孫自然心急如焚，或許是操勞過度，或許是因吳宓傳染，等到了天津，待鑼鼓傢伙備好，正要開張，他卻一下子病倒了。葉企孫身體原本不錯，也頗懂養生之道，平時不得病，但這樣的人，一旦被病魔擊倒，往往比常有病的人厲害得多。
即使得了重病，葉企孫仍念念不忘「轉送」工作。吳宓就是他的轉送任務之一。
戰爭來了，吳宓原本厭世的思想上又增加了一層悲涼。想想一介書生，遭際國難，卻沒有報效國家的實際本領。他認為自己是個不幸的人，婚姻不幸，愛情不幸，事業不幸。在諸種不幸中最不幸的還是愛情。他對愛情的希冀是那樣強烈，為了追求真正的愛情，他拋棄了正常的家庭和婚姻，追來追去，竟是鏡中花水中月，剩下的是憔悴的心和枯槁的身。感情的世界行將崩潰，現實世界的一切似乎都不再重要，國家危亡的劇痛也因此而麻木許多。吳宓決計不再南下，他要留下來，看看能不能挽救一場無望的愛情，對那個學生輩的女友「k」發動一下最後的攻勢，不成功則自殺。他知道留下來意味著苟且偷生，但他的隱忍是為了愛，如果無愛，他寧可死。一個將死之人，還遑論愛國乎！
因此，他曾在日記里賦詩一首：
奉酬陳柱尊題《吳宓詩集》，依韻
北都又失好山河，隔歲吟酬涕淚多。
巢覆更愁天欲壓，身存未許口能歌。
眼前危境同騎虎，夢裡韶華悔擲梭。
志事亭林難學步，梅村才薄耐予何。
對於老朋友的內心世界，葉企孫一向是有所洞察的。吳宓如此，也並非一日所致，對此，葉企孫是心知肚明的，不然，他也不會把吳宓引為知己。知道吳宓決計留京，終日以拍乒乓球為戲，寄情粉黛之間，頹廢失落，發展下去前途堪危，葉企孫決心動員他重新振作起來，繼續去長沙執教，在國家危難之時承擔起教育者的責任。
此時葉企孫每日腹瀉數次，高燒不退，發如亂草，眼窩深陷，從外貌看已經失形。熊大縝趁葉師不注意時拍了一張照片，極其清晰地傳達了當時葉企孫重病情形。
正是在病得最厲害的時候，葉企孫拖著病體給老友寫信，勸其愛惜自己，以免被日本人所用。此時日本人已經對北平的各界名流發動「親善共榮」的懷柔攻勢，或邀其入伙，或迫其就範，齊白石、梅蘭芳、周作人、陳寅恪等都收到了各樣的邀請。要想保持名節，似乎不是一件容易的事。陳寅恪就遇到了日本人「函邀赴宴於使館」的事情，於是陳、吳商量，「倘若後日人徑來逼迫，為全節概而免禍累，則寅恪與宓等，亦各不得不微服去此他適矣」。（《吳宓日記》1936-1938卷，第219頁）文人不比藝術家，齊白石可以休筆拒絕，梅蘭芳可以蓄鬚明志，而文人則不然，即使斷手，或可口述，即使不寫，或可模仿，因此陳、吳「不得不微服去此他適矣」。葉企孫希望老朋友把目光放遠一些，多投身社會，心情或可改變一些。他希望吳宓儘快來津，和他共同赴湘。
葉企孫的信似乎起了決定性的作用。
陳寅恪是贊成吳宓在北平讀書一年的，吳宓留北平的理由是「讀書」，陳寅恪自然信以為真，而唯有葉企孫心裡明晰，吳宓留北平多半是為感情所困，倘若依照這種狀態發展下去，吳宓將會非常危險。他不是在感情的泥淖里溺斃，就將被沉重的精神負擔壓垮。
因此他不僅親自去函，還三番五次託人傳口信，囑其一定來津面談。
吳宓終於被說動，是年11月7日，他同陳寅恪、湯用彤、賀麟等人相繼來津，並於三天后坐船踏上南去之路。
葉企孫、熊大縝並未和吳宓一起走。原因一是葉企孫的身體尚未康復，二是清華大學的校產事宜尚未完結，三是還有不少滯留京津的師生尚未安排。
日本人佔領北平之後，清華園裡駐進了日本軍隊。昔日中國的皇家學府，存放中國五千年文明魂魄的地方，被日軍的馬隊踐踏著，凌辱著。教職員工的宿舍住進了日本兵，荷聲藤影里閃動著慰安婦的朱唇，柳浪鶯啼間不再是琅琅書聲而是菊與刀。原來的體育館，現在成了馬廄，刺鼻的馬尿和糞便的臊臭味充斥著整個體育館。荷槍實彈的日本兵肆無忌憚地在清華園裡橫衝直撞，驅趕著清華園內的中國人。許多守校的校工在保護校產時被日本人驅趕、毒打，甚至殺害。
物理系實驗室技師閻裕昌就被日本兵打傷了雙腿。
物理系的家當在整個清華大學來說是最多的，在搬遷過程中，由於處於戰爭狀態，加上學校已經放假，人手不夠，全部任務就落在閻裕昌身上。
清華大學的校產大體分兩部分，一部分是流動資金，一部分是固定資產。資金該提取的提取，提取不成日後再作計議；而固定資產卻大部分都是硬體設備，比如校內的樓堂館所、實驗室、體育場等等，這些東西是帶不走的。葉企孫給留守人員下令，房子可以留下，房內的東西要悉數處理，能帶走的全部帶走，不能帶走的就秘密轉移，或藏或移，都要有所交代。葉企孫的指令很有些「堅壁清野」的意思，其宗旨就是不能給日本人留下，不能讓日本人破壞，因為這些都是清華人的心血。
在諸多系裡，物理系的儀器設備最多，最全，最好。這些都是葉企孫任內慘淡經營的，每台儀器設備上似乎都有他的掌紋和氣息。
因此，物理系的轉運工作比別的系更繁重。
但葉企孫偏偏不擔心物理系，因為物理系有閻裕昌。
閻裕昌原是一工友，葉企孫看他心靈手巧，破格提拔他成了技師。在實驗室里，葉企孫當著諸多同學的面稱其為「老師」，這一稱謂從王淦昌先生的第一屆開始，便一直延續下來。
用現在的話說就是，閻裕昌由工人被提拔為幹部，全賴葉企孫的提攜。因此，在閻裕昌的內心深處，葉先生對他恩同再造，不僅如此，葉先生對他及其全家還有著再生之德。閻裕昌被提拔為技師不久，積勞成疾，患了當時稱之為絕症的「癆病」，就是現在所說的肺結核。在那個年代，但凡得了這個病，大多只能在家等死。危急時刻，還是葉企孫先生一句話，讓閻裕昌住進了校醫院，葉企孫還自己出資包下了所有花銷。肺結核人稱「富貴病」，貧窮人家是得不起這個病的。在外人眼裡，這是個無底洞，多少錢都無法填滿且聽不到回聲。閻氏系清貧之家，子女又多，平常生計堪憂，哪有多餘的錢財看病？但葉企孫義無反顧，傾其所有保全了閻裕昌的性命，又在閻裕昌休養的數年中，承擔了他所有的生活費用。
禍不單行，閻裕昌在家休養時又將癆病傳染給了大兒子閻魁元。這時還是葉企孫先生站出來，使閻裕昌燃起了生活的希望。葉企孫給父子二人訂了雙份牛奶，並經常送來雞蛋、魚肉等營養品，直到父子二人康復。
閻裕昌性格木訥，不愛說話，但內心卻是古道熱腸之人。葉企孫對他閻家恩重如山，他卻很少在葉先生面前流露言謝的話語。但在家庭內部，葉企孫卻是他們閻家頂禮膜拜的神，閻裕昌經常教育自己的孩子，滴水之恩，湧泉相報，葉先生對他們閻家的大恩大德他永世不能忘懷。在清華園，只要葉先生說一句話，他閻裕昌隨時都會為他獻出生命！
有這樣的情誼在，葉企孫當然欣慰。
閻裕昌率領著系裡的工友張瑞清等人，日夜苦戰，終於在日本人進來之前將大部分設備妥善安置下來。