任命案公布不久，清華學生代表劉漢文、林文奎、汪鑣便赴南京請願。蔣介石以教育部長的身份接見了3位請願者，他與3人扯了一會兒閑篇，幾乎沒聽3人的申述，便說你們的意見我已知道，吳南軒先生已經告訴了我。希望你們回去轉告一下清華大學的學生們，你們的主要任務是學習，我們的主要任務是管理校政，我們保障好你們的學習，也請你們不要妨礙我們的決定……
3位南下請願的學生又見了吳南軒，顯然，由於蔣介石定了調，吳南軒除了「謝主隆恩」外，還要強化「黨化教育」的理念。他談了如下幾點意見：
（一）將遵照蔣主席的整飭學風的意旨及教育部所核定的長期發展計畫，以大無畏精神、穩健步伐去執行。
（二）在認識方面，將本著大公無私態度，推誠相見，絕不玩手段：「用人只重品學才能，無派別門戶之見」，不帶私人，也不輕易更動現職人員。
（三）治事方面，將嚴守法治精神，不徇私情破壞法制，歡迎師生積極建議，將以公開態度，擇善而從。
（四）注意學校的均衡發展，絕不偏頗。
（五）對清大的最大希望是，提高學科程度，養成濃厚的研究風氣，注意培養學生的人格，「務使清大成為現代式重智的大學之外，兼備吾國古代尚德教育的美風」，使人才輩出，完成為黨國培養人才的使命。
（六）對於學生，強調「同學應注重自身學德的修養，少分心注意學校行政方面，蓋學校行政之事，應完全由校長負責」。
吳南軒的6條意見中，最後一條最後一句是關鍵中的關鍵：「蓋學校行政之事，應完全由校長負責。」一句話，使當時的大學教育倒退了許多年。
1912年，時任教育總長的蔡元培建議引進德國大學教育模式，並於1919年在北大率先設立「評議會」、「教育會」之後，這種教授參與大學決策與管理的觀念便深深植根於清華大學的教授們心中。這項制度之所以在清華大學得以堅持和完善，和清華大學的教授族群多數來自歐美大學的背景有很大關係，特別是清華的「少壯派」，他們多數在美國完成了高等教育，美國式的民主和自由等社會價值觀不知不覺成為他們對社會和單位的判斷尺度和審美標準。他們尊崇的是學術之獨立，自由之思想，他們排斥的是獨斷專制，黨同伐異。他們在社會的坐標上往往只呈現一個隱形的輪廓，甚至像氣體般柔軟，像液體般流動，但有時候卻比刀刃更鋒利，比鋼鐵更堅硬。他們可能被擠壓，或許會變形，甚至會服從，卻不會從心底服膺。因此，當蔣介石委任吳南軒為清華大學校長時，清華大學的教授們在第一時間內考慮的並不是擁護不擁護，服從不服從，而是用他們自己的標準衡量吳南軒，看他適合不適合，符合不符合清華園的傳統和思想。
在清華人看來，吳南軒資質平平，並無學術地位，並非如蔣介石所說「學識極優」，讓這樣一個平庸卻擁有極大政治權力的人長校，對清華無疑是一大戕害。而他的校長治校方略，則是推行專制的信號，校長一人說了算，和過去封建社會皇帝一人說了算有什麼兩樣？
尖銳的對立再次浮出水面。
上次與喬萬選的對決，其身後是國民革命軍京津衛戍總司令閻錫山；這一次與吳南軒的對決，其身後是國民革命軍總司令蔣介石。靠山一個比一個硬，一個比一個大。
但清華園並不屈服。
從羅家倫辭職起，葉企孫便以代理校長的身份出現，雖然委任為代理校務的還有馮友蘭，但羅家倫一走，一些學生因馮友蘭的北大背景，屢屢與馮和郭廷以糾纏，馮氏便不得不退而辭之。這樣，在這段特殊時期里，葉企孫不得不站在清華大學這艘夜航船的最前端，接受著風口浪尖的考驗。
1931年4月16日，吳南軒在清華就職。其儀式一如羅家倫就職典禮，北平黨政軍警代表悉數光臨，放氣球，奏軍樂，熱鬧非凡。吳南軒在會上致辭，公開宣布自己的使命是「為黨國培養人才」，給人的感覺比羅家倫更羅家倫。
此時的葉企孫，正在歐洲休假，就在吳南軒粉墨登場時，他和吳宓正在湖上泛舟遊覽。
四月十六日（thursday）
晨，陰雨。由hotel
ver（territet）窗中外望，湖山水天，渾淪一片，作深青色，而雪山為雲所斷，雲更由山頂出，絢麗如吐煙，色皆青白，比昨夕更饒幽韻。得詩一句，足成昨稿。
晨餐後，仍微雨。與企孫出，乘電車（0.30franc）西行，沿湖濱，約十分鐘至一刻，抵clarens（譯音克拉朗）……（《吳宓日記》1930-1931卷，第252-253頁）
吳宓此時正在法國巴黎休假，葉企孫的學術休假地是在德國的哥廷根大學。按照學校規定，他將要在這裡進修一年。二人相約來日內瓦湖遊玩，於是方有吳宓日記中記述的4月16日之行。
一個多月前，吳南軒尚在南京時，曾給遠在德國休假的葉企孫拍了一封電報。電報里，吳用溫婉的口氣請求葉企孫能否暫緩休假，回國與其「共襄校務，援以助力」。吳南軒知道葉企孫的學術地位和崇高人望，若能獲得他的支持，清華的諸多問題或許迎刃而解。吳南軒本是個狂傲的人，中央政治學校副主任的經歷和蔣介石的後台使他有些飄飄然。但在葉企孫面前，他還是把自己的姿態放低了一些。他耐住性子在電報里說了一些軟軟的話，甚至有些低聲下氣。他想這樣會更保險，葉企孫本是個謙和的人，常言說伸手不打笑臉人，我這樣禮賢下士，況且還有蔣總司令的依仗，這個面子他總得給吧？
哪料想，葉企孫還真狠狠地駁了他的面子。
葉企孫回覆說，正在課題之中，實難從命，冷冷地回絕了他。
葉企孫的不合作態度在清華大學裡邊引起了不小的反響，在很大程度上影響了許多持觀望態度的教授和學生，他們紛紛加入到不合作的陣營里，向吳南軒公開叫陣。
吳南軒上任伊始，就秉承蔣介石的意志，獨攬大權，實行校長專制，取消「教務會」和「評議會」的諸多權力，擅自任用私人親信，將各系、科室主任全部撤換等等，一時引起全校師生的公憤……
葉企孫又給了吳南軒第二次打擊。
就在吳上台不久，他和法學院院長陳岱孫、文學院院長馮友蘭相商後，突然集體宣布辭職，並在京津媒體予以發布，一時成為驅吳運動的導火索。
5月28日，清華大學教授會通過決議，公推薩本棟等7人組成呈教育部電文起草委員會，譴責吳南軒「唯務大權獨攬，不圖發展學術，加以蔑視教授人格，視教授為僱員」，並致電蔣介石本人，要求他「另薦賢能」，若問題不解決，「全體教授定於下學年與清華脫離關係」。
5月29日，學生會召開全校學生大會，表示堅決支持教授決議，要求撤換吳南軒。學生會幹部還組織學生整隊環列到校長住宅，高呼驅逐口號，命令其即時離校。
吳南軒在四面楚歌中離開了清華，他帶著校印逃到了市內東交民巷利通飯店裡，一想遙控辦公；二想切斷清華的經濟來源，迫使就範；三想逃躲過風頭，等來政府出面彈壓；四想製造輿論，反誣教授會「唆使學生，脅迫校長」等罪名，以尋求社會的支持。
清華師生對此針鋒相對。學生會召開緊急大會，決定組織護校委員會，發表聲明說「倘吳借武力到校，決武力護校，準備流血」。教授會也成立校務維持會，並選派代表去南京教育部請願。
吳南軒終於不敵，他身後的國民黨政府也無可奈何。6月25日，吳南軒帶著悲涼郁怨的心情離開了北平，行前發表宣言，表示對清華人的極度失望——
教授治校，原有可采，不過其精義在集中於治學方面，養成純粹研究學術之精神，不在領導學生干預校政，以為推倒他人之工具，造成「學生治校」、「校長不治校」、「教授不治學」之風氣。
吳南軒走後，南京政府再也不敢隨意染指清華。蔣介石似乎正忙於戡亂南方「匪事」，也無暇顧及陡然生變的北國清華。教育部在驅吳風潮平息之後，只是草草傳來一紙任命，委派清華教授翁文灝「暫代校務」。翁文灝曾是葉企孫任理學院院長時聘來的地學系教授，當時鑒於校內問題棘手，以忙於南京地質調查所的事務為由，不久就辭去了任命。教育部又急招葉企孫回國，委任他為清華代校長，主持清華校務。
這是葉企孫第二次任清華代理校長。
葉企孫再次主持校務，這使他企盼梅貽琦長校的心情又強烈起來。要想有一個好的教書育人環境，群龍無首的局面顯然是不行的。儘管南京國民黨政府推行黨化教育的力度將會逐漸加大，但在某些特殊區域，恪守學人的信念，真正推行學術獨立，專家治校的理想圖景還是能局部實現的。為了達成這個目的，他迭遞辭呈，給教育部施加壓力。他在一封電文里說，「校務萬端，非企