身為物理系主任，葉企孫原先奉行的人生理念不時受到考驗和衝擊。過去他奉行「群而不黨」和「獨善其身」，用儒家信條建構的天地人的空間概念，橫向與縱向的人際關係和積極進取的用世態度，對他都產生了相當大的影響。如果用一句話來概括葉企孫這個人，熟悉他的人都會同意這句話：他是一個擁有科學知識的正人君子。但是，他現在是一個系的主任，上下左右的空間位置都發生了相應的變化。清華園也如江湖，於是就有了「人在江湖，身不由己」和「在山泉水清，出山泉水濁」的諸多感懷。
1926年間，北京各高校間最時髦的一件事莫過於加入革命黨。葉企孫經歷過這些事情。在他求學年代，上海和北京可謂黨林叢起，舊黨和新黨，五色斑斕，不一而足，但他從來不為所動。但是，現在輪到他的學生心動了。清華園裡學生們最崇拜的人是那些慷慨激昂的國民黨左派，他們已經秘密滲透到學生會裡，其憂國憂民悲歌呼號的姿態特別容易令一些青年學生怦然心動。當時的中國，內受軍閥混戰之苦，外遭強敵蹂躪，為祖國命運深深憂慮的知識分子理所當然會被反帝反封的潮流所吸引，這是每一個愛國知識分子非常正常的反應。葉企孫從沒以隔岸觀火的冷漠態度看待過學生運動。他認為「國家興亡，匹夫有責」，問題是要弄明白自己的責任。大難臨頭，臨陣脫逃無疑是醜類，但不分青紅，逞一時之勇，亦非智者所為。「微子去之，箕子為之奴，比干諫而死」，其抗爭的樣式有多種，以制敵致命為原則。葉企孫從來不主張自己的弟子尚未學成就快意恩仇，特別是國難當頭，「天下無道，則禮樂征伐自諸侯出」的亂世，必須以深遠的目光來謀劃國家的未來，這是那個時代諸多名學者的共識。蔡元培先生說：「我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裡面應以求學為最大目的，不應有何等政治的組織。其有年二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格，參加政治團體，不必牽涉學校，所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為校外問題結伴遊行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職。」蔡元培先生可謂一代哲人，他認為學生最大的「責」在學習，應該以學為第一原則，學成之後，大可為國家利器，小可為鋒矛利箭，於國於民均可便宜行事，這是一種深刻而成熟的民族國家政治經濟學。聯想當今世界，只見勇敢而不見智慧，只見石塊而不見書桌，只見少年赴死而不見科技實力，不能不讓人扼腕嘆息。不能不感謝葉企孫這樣的智者，當年是以怎樣的眼光和胸懷引領著學生們繞過可能導致他們夭折或傾覆的急流和險灘，終於使這些國家的棟樑之才平安渡過危險期，在共和國最需要的時候被派上了用場。
王淦昌就是其中一例。
學生時代的王淦昌是一個熱血青年。
他在《一代師表葉企孫》書中回憶這段時期時說：
我參加過兩次30年代的愛國運動，六十多年來很難忘懷。1925年6月，為了抗議日本帝國主義殘殺中國人的「五卅慘案」，我和中學同學們在上海南京路上遊行，並抱著傳單沿途散發，英租界的一個巡捕抓住了我，我質問他：「在我自己的國土上散發傳單，你憑什麼抓我？」他愣愣地看著我，過了一會兒才用英語咕嚕道：「你自己的國土？可這裡是英租界！」我用英語冷冷地駁斥他：「正因為這裡是英租界，我才來散發傳單。你和我還不是一個樣，我的祖國受帝國主義欺凌，你的祖國則已淪為帝國主義殖民地，當了亡國奴。可惜的是，我還為祖國的命運而拼搏，而你卻為侵略者效勞。如果這件事發生在你的國土上，你能抓自己的兄弟同胞嗎？」他無言以對，把我帶到一個僻靜處悄悄放了，臨走還握著我的手說：「小兄弟，你說得對！我理解你。」
另一次是在我已考進清華大學之後，1926年3月12日，日寇軍艦侵入我國內河，遭到我大沽口駐軍的阻擊，英、美、日等8國借所謂「大沽口事件」向我國政府發出最後通牒。為了祖國的神聖領土不受外國隨意踐踏，清華、燕大和女師大等高校約四五千人集會遊行，抗議八國政府的「最後通牒」。我拉汪如峰同學參加這個活動，先在天安門開會，然後遊行到段祺瑞執政府門前示威。沒有料到全副武裝的軍警竟向手無寸鐵的愛國學生開槍，我身旁的同學隨著槍聲倒下了，血濺到我的衣服上，抬頭一看，女師大的同學也倒下了一片，這時人群全亂了。我的同班同學韋傑三犧牲了，我既氣憤又感到茫然，作為一個愛國學生今後該怎麼做？一腔熱血應灑向何處？
當晚，我和幾名同學到北院七號葉師家，向老師講述了白天親眼見的天安門血案。他聽後神色激動地盯著我說：「誰叫你們去的？！你們明白自己的使命嗎？一個國家，一個民族，為什麼會挨打？為什麼落後？你們明白嗎？如果我們的國家有大唐帝國那般的強盛，這個世界上有誰敢欺侮我們？一個國家與一個人一樣，弱肉強食是亘古不變的法則，要想我們的國家不遭到外國人的凌辱，就只有靠科學！科學，只有科學才能拯救我們的民族……」說罷淚下如雨。葉師的愛國激情，他對科學救國這種遠見卓識，他對青年學生所寄託的厚望深情，深深地感染了我。愛國與科學緊密相關，從此成為我們生命中最最重要的東西，決定了我畢生的道路。
王淦昌等人所參加的這次學生運動，事後有證據證實，這是國民黨策動的結果。「國民軍封鎖了天津大沽口海港，北京外交團受日本運動，提出最後通牒，限44小時內撤去封鎖。國民黨於是發動反對外交團的運動。17日晚10時半，清華『學生會』評議部主席黃仕俊接到翠花衚衕8號國民黨部通知的電話，當即搖鈴召集評議會，通過參加國民大會，次日發動同學四五十人赴北京參加國民大會，反對『八國通牒』，然後轉往段祺瑞政府的國務院請願……慘案發生後，校內同學檢討，認系共產黨派學生煽動所致（實際是國民黨），群起指責彼等的清華的『惡勢力』。」（《從清華學堂到清華大學》，第228頁）
有資料顯示，共產黨在清華成立第一個支部的時間是此次運動後約8個月的事情，據說有黨員7人。梁啟超對在學校內成立政治組織不感興趣，他說：「清華研究院里便有共產黨二人和國民黨七八人。他們人數雖然少，聲音卻很大。清華園不安應該是他們所製造的……」梁啟超的發言代表了那個時代一部分學者對在校建立政治組織的不滿態度。顯然，葉企孫是贊成梁啟超的觀點的。不僅如此，而且他的目光已經聚焦在科學救國和科教救國目標的具體實施上，他的這些學生，就是他實現這一目標的最重要的組成部分，一個一旦失卻永遠也難接續的環節。在之後的歲月里，葉企孫之所以堅韌地活著，就是為了心中這個目標。他生活的意義就是一天天接近目標。因此，當他看到一些學生目光有所漂移，志趣有所浮動，置學習於不顧時，其心情可想而知。
實際上，對於「強烈的校外政治活動」和學潮競起的局勢，倘若進行客觀的分析，就會發現這裡面其實也是魚龍混雜，泥沙俱下。蘇雲峰先生說：「學生運動之原因很多，愛國情操只是其中之一，但也很可能是一種借口，如學生總喜歡在考試時借愛國之名罷課和罷考，尤以功課較差者、行為不檢者和有政治狂熱者然。」而羅家倫曾是一個積极參与學生運動的人，他的聲名在五四運動中遠播四海，「五四運動」這個概念也是他第一個提出的，但是，這位學生領袖出身的人在談及學生運動的興衰時也分析道：
第一，青年做事往往有一鼓作氣，再衰，三竭之勢。
第二，做第一次學生運動的時候，負責的都是用功的學生，靜則思動，所以他們的精力都很充足，思想也很周到，行動也很有計畫，但是到後來動久而不能靜，有許多人只知道動而不知道讀書，於是乎其動乃成為盲動。
第三，最初動的學生，是抱著一種犧牲精神，不是為著出風頭來做這些活動的。因為最初幾個人聲名較大，大家知道的多了，於是乎有許多人以為這是成名的捷徑，乃是出風頭的最好方法，於是個個想起來動，結果必至於一敗塗地。
第四，政治力量的摻入。「五四運動」的時候，可以說是沒有一個人是有政治色彩或是有政治目的而在活動的。當時只是純粹的青年血氣衝動。到了後來，各種政治的成分都參加進去了，所以往往起內部的破裂，於是學生行動也就不能一致……（《百年國士》1卷《蔡元培傳》，中國文聯出版公司1999年版，第71頁）
或許是基於清華園內部制訂的嚴格紀律，抑或是諸多學者教授對學生運動達成了共識，清華園終於沒有像北京大學或其他高校那樣成為學潮聖地。學校仍然強調學習紀律，管理依然嚴格，違規犯紀或成績不良照樣會被開除，在局勢動蕩不安學潮洶湧不斷的年代，清華園內已然一派安靜的學習氛圍，而且這樣的環境一直保持了整個「第三時期」，這不能不讓人拍案稱奇！
猶如冬天裡出了個