葉企孫進得清華園，只和一人有關，這個人就是梅貽琦。二人的秉性脾氣，竟是那樣的相合。放眼清華，一見如故者，在梅貽琦的私家相簿里，葉企孫怕是寥寥無幾的一個。梅貽琦大葉企孫9歲，成為葉企孫的老師時，又教他數學與物理，這兩門功課又偏偏是葉的最愛，以他的資質與勤奮，梅貽琦沒法不喜歡他。梅的君子品性和精深學問當然也是葉的楷模。在清華園學習的時候，葉企孫是梅貽琦最得意的學生，這情形已然如在南開時的他與張伯苓。師生如父子，是中國最為獨特的文化倫理景觀之一。因此，當清華改制組建大學時，身為物理系「首席教授」的梅貽琦為校方提供延聘名單時，第一個想到的人選就是葉企孫。
葉企孫很快就進入了狀態，在教學上已能獨當一面。清華改制後的大學部開始全力推進張彭春的課程改革，其特點之一就是不設系，將全部課程分為「普通」和「專門」兩個階段。學生在2-3年內修完規定課程後，獲得考試「修業文憑」，然後再選擇是否繼續攻讀或轉學就業。倘若繼續學習，就要再參加考試，獲得資格後再升入「專門」課程，這就是所說的「專門」階段。後來，張的這項改革計畫被攻訐，大部分學生認為考入清華就已頗費工夫，而辛苦3年只得修業文憑，還不能出國進修，這實在是得不償失，於是群起而攻之，而一些教授也持反對態度，使這項改革僅僅推行半年就宣告失敗。葉企孫的大弟子王淦昌、施士元是1925年9月入學的，正好趕上這一改革實驗。一開始，他們選修的是化學而不是物理，但是，他們上了葉企孫的課後，便改變了初衷。葉企孫的課叫「普通物理課」，之所以冠以「普通」，大概就是應合張彭春的「普通階段」。在談到如何由學化學而轉學物理時，王淦昌回憶道：
至於在科學中我選擇了核物理這門學科，又是葉師為我鋪的路。1925年，我和浦東中學同學施士元一起考取清華大學時，都是選的化學系。在第一年的課程中，最使我入迷的是化學課，化學實驗設備很好，引人入勝，我做起化學實驗來忘了一切，常常要有人提醒我或趕我離開實驗室，我才會感到肚子餓了，趕快到食堂去找點什麼充饑。二年級時，我和施士元都轉到物理系了，這是怎麼發生的呢？是葉師的為人品德，他對學生的厚愛，他的教學，像磁石吸鐵那樣把我吸引到物理科學事業中去了。有一次上普通物理課，葉師在大課堂上給我們演示伯努利原理，他拿著一個帶有管子的小漏斗，另一手把豌豆從漏鬥上放下去，同時用嘴在管子的另一端吹氣，豌豆飄在漏斗中間，既掉不下來，也沒有被吹的氣沖走。這現象非常有趣，又耐人思索。葉師站在講台上問：「我們在座的各位同學，有沒有人能夠解答這個問題？」我想了想，就站起來解釋了這個問題，他聽了非常高興，說我理解問題清晰準確，自這以後，他經常找我，和我談許多物理問題，關心我的學習和生活，告訴我學習有困難和問題時，隨時都可以去找他。在葉師的循循善誘下，我逐漸覺得物理實驗也很有意思。就這樣，在進入專業課學習時，我選擇了物理，從此決定我半個多世紀以來始終在物理的海洋中遨遊！
那時物理系創建伊始，全系教師、職工和學生總共才10人。只有葉師一名教授，他一個人講各門主課，一年級時他教我們普通物理，二年級時他教我們電磁學，我們升到三年級，他給我們講光學。他除了講課外，還要帶領3位助教建立各種物理實驗室，開出各類實驗課。我們升到四年級時情況才有了變化，葉師經過種種努力，終於在1928年請來了吳有訓、薩本棟兩位很有學問的年輕教授，由吳有訓老師教我們近代物理，為我日後從事核物理研究打下堅實的基礎，尤其是在從事實驗物理學的研究本領方面給我極好的培養。（王淦昌《見物理系之篳路藍縷，思葉老師之春風化雨》，見《一代師表葉企孫》，第49-50頁）
且不說葉企孫初入清華教學上就已堪稱主力，但真正給他考驗的卻不是教學，而是清華內部複雜的人際環境。
儘管曹雲祥和張彭春之間的矛盾已接近公開化，但二人在清華改制的大方向上還是所見略同的。二人都知道，清華改革則生，不改則亡。但是要改辦大學，必須要吐故納新，吸收新鮮血液。正是在這樣的情勢下，由清華培養的留美生們紛紛回校任聘，成為繼張彭春、梅貽琦「新勢力」之後的又一「新生代」。
曹雲祥放出的去職消息傳到下邊，已是一個月之後的事情，而且，他的以退為進的計畫至少獲得了局部的勝利。張彭春因不知隱忍，過早暴露出他想取而代之的企圖，因此受到眾多師生的抵制。從吳宓1925年11月18日日記及此後數月日記記述中，可以看到曹雲祥反擊計畫的清晰印記：
十一月十八日星期三
晨，庄澤宣來，談及曹校長將赴英國，似薦張彭春自代，而張繼任，恐校內發生衝突，難以和衷共濟。故擬設法抵制……
十一月十九日星期四
……
夕，與葉企孫、錢端升談校事。在其處晚飯。
十一月二十日星期五
晨，庄澤宣來，談校長繼任問題。同人之不贊成張者，有（一）范源廉（二）周詒春（三）郭秉文諸說。宓以（一）為宜，（三）決不可。
………
十一月二十一日星期六
………
次至東華飯店，童錫祥請宴。袁同禮、葉企孫亦在。畢，偕童至清華同學會談，述校事……
十一月二十二日星期日
晨九時，至南池子湯宅，晤湯用彤。旋童錫祥、葉企孫來，共談……
十一月二十四日星期二
9-10上《翻譯》課。
11-12在北院六號，與張（歆海）、庄（澤宣）、陳（達）、錢（端升）、葉（企孫）協議校長事，擬由同人表示，推（一）范（二）梁（三）周（四）王文顯（五）馬寅初等為校長。即起草中英文宣言。在其處午飯。
我們從吳宓近一周的日記中得知，曹雲祥已經成功地將張彭春放逐了。他把張放在爐子上大火烤之，而心浮氣躁的張彭春不知是計，非常配合地自願跳到爐台上，等引來清華園一片反對之聲，他才知道，不僅僅是校長當不成，而且連教務長也怕難以為之了。
我們從吳宓日記中可以看到，在拒張長校的活動中，葉企孫出現的頻率很高，而與張彭春關係極近的梅貽琦則很少被提及。
這是個極為費解的情狀。吳宓是逢事必錄，有感必發，只要與此事扯上干係，他肯定會有所記述。然而，在這個特殊的拒張時段，有關梅貽琦的信息在吳宓日記里幾乎是零。
曹雲祥使用拖刀計，要斬的並非是張彭春一個人。從某種意義上講，他打張而意在梅公。從曹多年的從政經驗和閱人判斷看，在清華園，真正能對自己構成威脅或稱其為對手的也僅有梅貽琦而已。張彭春，一介書生，自恃才高，實則缺少歷練，既不懂人情世故，又驕嬌浮躁，在他眼中，不過是一黃口小兒而已，倘若把他身後的依靠除掉，不日便盡現窘態。但張身後的梅貽琦是何等樣人物，曹雲祥竟無法捕捉他的完整意象。在輔助張的過程中，他為張提供的種種設計，或是辦學思路，或是課程改革，細細想起來，竟全是為了清華之未來！除此之外，舉凡關涉個人恩怨或狗偷鼠竊伎倆，他均坦蕩拒之避之，以金剛不壞之身使人難以詬病。
或許正是這樣的原因，才促使曹雲祥下此狠手。打梅不得，打張總可以吧。反正不能坐等新勢力上台，他竟無還手之力。把張彭春斬於馬下，也好讓爾等看看，特別是讓梅貽琦看看，權力場上，豈容書生抖擻？
儘管曹雲祥也是讀書人出身，儘管他也出國留洋在西方學了若干自由和民主，儘管他使用拖刀計時微微覺得自己有些卑微，特別是對付梅貽琦這樣的人，與之相比，會陡然覺得有些萎瑣，但他全然顧不得了。既然已拍馬回頭，既然那隻隱在暗影里捉刀的手已亮出利刃，而塵埃里已現出朦朧的頭顱，他就只能舉起刀來……
從現在的資料和有關書籍中證實，曹雲祥這個秘而不宣的計畫取得了相當的成功。首先反對張彭春的人中竟有跟他搞課程改革的人，比如課程委員庄澤宣等。由此可見，若不是梅貽琦傾力支持，或許計畫伊始就會流產。另外，有關張彭春繼任校長反對最甚者竟是清華的少壯派。蘇雲峰先生《從清華學堂到清華大學》一書中曾這樣寫道：「……據張彭春自己的分析，反對他的是清華校內一個h.h.教員社團（此名全稱尚查不到）。其組成分子為錢端升、庄澤宣、吳宓、王文顯、陳達、葉企孫與一個叫t.l.（不知其名）的野心家，除了王文顯，都是清華的少壯派。」
從吳宓日記中也可以看出，葉企孫在拒張活動中，一直扮演著與他的恩師梅貽琦完全不同的角色。為什麼會有這樣一個雙峰並峙的情況呢？蘇雲峰先生在其著作中似乎回答了這個疑問：
由於教育界一直視清華為「肥