1966年「文化大革命」爆發後，國內外事部門也同其他部門一樣，受到嚴重干擾和衝擊。根據中央的指示，有三分之二的駐外使館人員回國參加「運動」。此後，中國駐外大使幾乎全都陸續離任回國，整個外事工作處於停滯狀態。
1967年春夏，隨著國內「打倒一切」、「全面奪權」局勢的加劇，極左思潮空前泛濫，對外工作陷入一個「非常時期」：一方面，中國同已經建交的亞、非、歐三大洲的十幾個國家頻繁出現外交衝突，導致雙邊關係的緊張狀態；另一方面，外事部門的少數工作人員不顧政策、違反紀律、擅作主張的情況也屢有發生。特別是這一時期在北京發生的外交部「奪權」和「三砸一燒」（即沖砸印度尼西亞、緬甸和印度駐華使館，焚燒英國駐華代辦處）的嚴重事件，給中國黨和政府的聲譽帶來巨大損害，造成極為惡劣的影響。也就在這時，毛澤東、周恩來對煽惑動亂的中央文革小組的幾個「極左派」人物採取果斷措施，阻止了局勢的進一步惡化，同時在外事部門率先開展對極左思潮和無政府主義的批判，整頓外交隊伍，以使外事工作儘快走上正軌。雖然如此，受國內各種因素的影響，中國政府在對外關係方面仍舉步維艱，不容樂觀。
1969年6月10日下午，剛到任不久的巴基斯坦駐華大使卡·穆·凱瑟，在人民大會堂江蘇廳受到周恩來的接見。凱瑟大使轉交了葉海亞總統的一封信，信中邀請周恩來再次訪問鄰國巴基斯坦。對此，周恩來回答：已經有好幾個國家向我提出什麼時候能出國訪問，但由於我們國內事情很忙，目前還不能出訪。許多友好國家都諒解我們。關於訪巴時間，國慶節前不可能，今年冬天有沒有可能現在也難說。今年恐怕定不下來。如果年內要出國訪問，將首先到你們那裡去。
周恩來上一次訪問巴基斯坦，還是在3年前「文化大革命」發動之初的1966年夏季。3年來，作為舉世公認的傑出外交家，他卻不曾邁出國門一步。同時，來華訪問的外國領導人也大大減少。1969年這一年裡，周恩來除為弔唁老戰友胡志明而去越南首都河內半天外，沒能安排一次正式出訪。
儘管處在這種很不正常的狀況下，周恩來仍時刻關注著世界風雲的變幻，有遠見地從事一些重新發展對外關係的準備工作，如：整頓外事隊伍，保存並培養外語人才，思考國際戰略的重大問題等。
中國的駐外使節在1967年初召回後，一直沒有再派出。除保留駐埃及大使黃華外，其他國家的大使都處於空缺狀態。為了改變這種狀況，周恩來抓住中共九大後國內政局相對穩定的時機，適時地走出恢複正常外交工作的重要一步。就在接見凱瑟大使的前幾天，他派遣耿飇、王幼平、黃鎮等大使分別前往阿爾巴尼亞、越南和法蘭西等國上任。這是「文化大革命」以來第一批任命或重新出國的駐外大使。在不到兩個月時間裡，外交部先後安排了十幾名駐外大使回任或到任。6月4日，周恩來在接見耿飇等即將赴任的大使時，對未來充滿信心地說：形勢是樂觀的，但要準備有曲折。外交工作要有主動性，使館要把調查研究工作作為重要任務，做到「心中有全局，手中有典型」。要教育外交人員謙虛、謹慎、樸素，不亢不卑。鑒於「文化大革命」中一些駐外機構受到極左思潮泛濫的影響、在對外宣傳中採取了一些強加於人的做法，周恩來特彆強調，要善於做對外宣傳，要慎之又慎。
此外，周恩來還考慮著如何掌握和保留一批「文化大革命」前培養的外語人才。由於外語專業人才的培養不是短時間內能見成效的，所以在這個問題上，周恩來不僅預見到將來對外交往發展的需要，還想方設法地定出保存現有人才的具體措施。據原國務院外事辦公室副秘書長馬列回憶：
1969年，國務院的幾個辦，包括外辦都被撤銷，這些機構的工作人員被下放到「五七」幹校勞動。我沒有下去，受總理的委託負責幾所外語院校大學畢業生的管理工作。當時中央所屬的和重點大學的外語系共有40多個語種的畢業生和在校生6000多人。總理當時看得很遠，想得很深。考慮到將來對外事務的發展，他指示絕對不能讓這批外語人才畢業散掉，要先將他們集中管起來等待分配。大學畢業生當時都要接受工農兵的再教育，我就同總參聯繫，先由部隊農場接收下來，邊勞動，邊接受再教育。總理還一再關照不要荒廢這批學生的外語學習，要求安排外語天天讀的時間，最後建立了半日勞動、半日學習的制度。
與此同時，周恩來還提出應「酌情使用」被認為有這樣或那樣「問題」的老翻譯人員，同意有關部門從全國外語院校1966屆畢業生和1964年外派留學生中選調一批人到外交部工作。他指示外交部會同中央聯絡部、國家外文局、對外經委和外貿部等單位，對中央各部門的外事、翻譯人員進行調查登記，提出加強管理的辦法。
1970年11月間，周恩來連續五次就外語教學問題同北京外語院校有關負責人和教師代表座談，指出：現在我們對外口頭和文字上的宣傳，同中國在國際上的地位和影響實在相差得太遠了！外語教學首先要從師資抓起，按照外語教學規律，進行實事求是的研究改進。又說：培養造就高質量的外語人才必須苦練基本功，包括政治思想、語言本身和各種文化知識。否則便是誤人子弟。同年，周恩來還指示北京外國語學院恢複招生。第二年6月，他親自批准該院招收800名新生的計畫。
更重要的是，作為黨和國家內外方針的最高決策者，毛澤東和周恩來還適時起用了幾位「高參」，對這時的國際局勢作出符合實際的判斷。
正確地估量國際形勢，本來是黨制定外交工作方針和戰略策略的基礎。然而，在中共九大前後，全國上下到處被「準備打仗」的氣氛所籠罩，這樣就不可能用冷靜、客觀的頭腦來分析世界大勢。在這種情況下，周恩來按照毛澤東的意圖，把研究國際問題的任務交給正處在「靠邊站」地位的四位老帥：陳毅、葉劍英、徐向前、聶榮臻，組成由陳毅負責的「國際問題研究小組」。事前，周恩來當面向老帥們說明這項任務的極端重要性：
主席之所以交代給你們這項任務，是因為主席認為還有繼續研究的必要。主席的一貫思想是，主觀認識應力求符合客觀實際，客觀實際不斷發展變化，主觀認識也應隨著發展變化，對原來的看法和結論要及時作出部分的甚至全部的修改，所以你們不要被「框住」。現在國際鬥爭尖銳複雜，各部門集中力量進行「斗、批、改」，只能應付「門市」；熟悉國際問題的幹部大部分尚未解放，我一天到晚忙於處理日常工作，實在擠不出時間過細地考慮天下大事。主席沒有讓你們回到原崗位，除了「蹲點」，你們可以不受行政事務的干擾，每星期有幾天時間專心考慮國際形勢。你們都是元帥，都有戰略眼光，可以協助主席掌握戰略動向，供主席參考。這個任務很重要，不要看輕了。有了對某一專題的成熟意見，就可寫出書面報告呈閱。
隨後，根據周恩來的意見，外交部又選派熊向暉、姚廣協助四位老帥進行這項工作。一個月後，由陳毅等四人署名的《對戰爭形勢的初步估計》的書面報告送到周恩來的案頭。報告中詳盡分析了「中、美、蘇三大力量之間的鬥爭」，認為針對中國的戰爭目前還不會輕易發生。從這個根本判斷出發，報告勾勒出以中、美、蘇三方力量相互制衡的國際戰略格局。接到報告的第二天，周恩來立刻批告外交部：有關外交類的文件，「應發研究國際問題的四位老同志：葉劍英、陳毅、徐向前、聶榮臻」。
以後的一段時間裡，陳毅等四位老帥在下放工廠「勞動鍛煉」期間，抱著對黨和國家極端負責的態度，從中國和世界的現實出發，就國內外大勢繼續寫出高質量的分析報告。這些報告的基調同九大政治報告特別是林彪等人對形勢的看法有著很大差異。後來的事實證明，陳毅等老帥們的看法是客觀的、有遠見的。這就為毛澤東和周恩來「掌握戰略動向」、制定符合實際情況的外交政策提供了必不可少的參考依據。
1969年9月初，越南黨和國家最高領導人、周恩來的老戰友胡志明主席在河內病逝。第二天，周恩來、葉劍英率領中國黨政代表團在葬禮前趕到河內弔唁，並於當晚返回北京。這時有外電猜測說，周恩來是為了避免同參加9日胡志明葬禮的蘇聯領導人柯西金會面才這樣做的。事實上，中國一直主張舉行中蘇外交談判，以解決國家關係中存在的問題。這年春天，中蘇邊防部隊在中國黑龍江省珍寶島地區發生武裝衝突，一時戰爭陰雲籠罩，兩國關係降到建交以來的最低點。3月21日，蘇聯部長會議主席柯西金試圖與中國領導人直接通話，商談兩國關係問題。隨後，蘇駐華使館臨時代辦也稱「有話要轉達」給中方。為此，周恩來與有關方面擬定了一份答復甦方的備忘錄，內稱：「從當前中蘇兩國關係來說，通過電話的方式進行聯繫，已不適用。如果蘇聯政府有什麼話要說，請通過外交途徑正式向中國政府