從1966年冬天起，「文化大革命」開始「合法」進入工交、財貿、農業、科研等生產業務領域，「停產鬧革命」風行全國。就在這時，「安亭事件」的發生地上海又爆發了一件震撼華東、影響全國的大事：1967年1月初，《文匯報》、《解放日報》中的造反派相繼「奪權」，宣布「接管」報社。隨即，「工總司」等上海市造反派組織聯合召開「徹底打倒」中共上海市委大會，將原上海市的所有黨政大權統統「奪」下，取而代之。
對「一月奪權」的首要目標中共上海市委，周恩來一直是信任、肯定的。「紅衛兵運動」中，他曾幾次明確表示上海市委「是革命的」。「安亭事件」後，他仍設法維護上海市黨政領導的權威。但是，由於上海「一月奪權」符合「一個階級推翻一個階級」的「無產階級專政下繼續革命」的理論與實踐，因而得到毛澤東的肯定和支持。之後，全國各地紛紛效仿，山西、山東、貴州、黑龍江等省市的造反派也先後宣布「奪權」，原來省、市主要領導人被作為「走資本主義道路的當權派」打倒，原有的黨政機構多陷於癱瘓。
對這樣的形勢，周恩來是有自己的看法的。
首先，周恩來不贊成把各地區、各部門的所有黨政領導都視為「走資本主義道路的當權派」而打倒。他的這個觀點，也是在「紅衛兵運動」中多次闡明了的。為使這一觀點站住腳，周恩來在許多場合都著意強調建國十七年來黨領導下各個地區、各條戰線所取得的成績，認為這是主流，反對一概懷疑、一概否定。
其次，周恩來始終主張各地區、各部門所「奪」的是「領導文化大革命運動」之權，而不是黨、政、財、文等業務之權。或者說，他對所謂「全面奪權」是有保留的。在這個問題上，周恩來的一些講話與江青等中央文革小組成員的講話存在明顯差別，甚至相悖。
再次，周恩來明確反對奪中央要害部門的領導權，強調國防、外交、公安、財政的業務大權屬中央，群眾組織不能奪。這是因為周恩來意識到「全面奪權」的浪潮必然要衝到北京，影響國務院。後來事態的發展證明這種擔心是有道理的。
隨著「全面奪權」迅速蔓延、深入，其災難性後果很快顯露出來：大批黨政領導幹部被群眾定性為本地區、本部門的「資產階級代表人物」而停職、「罷官」；各路「造反派」為爭權、搶權結成宿怨，以致彼此動武，釀成流血事件；由於各級黨政機構陷於癱瘓、半癱瘓狀態，造成業務指揮系統失靈，國民經濟首先是工業交通部門損失加劇，面臨停滯威脅。
這時的黨中央，實際上已經很難控制急轉直下的形勢。為此，周恩來想方設法，採取措施，保證從上到下各級經濟指揮部門的存在與運作。2月下旬，首先成立了由他本人主持的國務院業務辦公會（對外用「國務院業務小組」、「國務院業務組」名義），成員有李富春、陳毅、李先念、譚震林、聶榮臻、謝富治、余秋里、谷牧等，在極端不利的條件下，努力維繫中央一級經濟領導機構的運轉。之後，周恩來提出，無論如何要在3月份解決省級生產指揮部門，以便領導和推動「抓革命、促生產」。3月中旬，他又起草了中共中央、國務院、中央軍委電報稿，在全國推廣北京市懷柔縣成立「抓革命、促生產第一線指揮部」的經驗，要求迅速建立起縣級生產指揮機構。鑒於在「奪權」高潮中各級黨委和行政業務部門癱瘓、大批領導幹部受到衝擊而無法工作的情況，周恩來從這時起，親自主持制定中央及地方各系統、各部門的軍管方案，提出在軍管會領導下，成立起兩個班子，一個領導運動，一個負責生產業務。為了提高和維護倉促上陣的軍管會的權威，周恩來強調：無論如何，要樹立軍管威信，堅持軍管有效；不管哪一派，都要遵守軍管規定，不能允許派別組織的權力比軍管會的還大。
軍管的範圍，後來越來越擴展，以致國務院所屬的大多數經濟職能部門都相繼成立了軍管會或派駐了軍代表。這些軍隊幹部的派遣工作，是得到周恩來認可和批准的。讓他們參加業務部門的領導工作，是特定歷史條件下採取的一種臨時措施。因為在「全面奪權」當中，國務院重要經濟部門的領導人都已被打倒或停止工作，出現無人負責的嚴重情況。一次，在談到國務院系統領導幹部的現狀時，周恩來難以掩飾心中的深深的憂慮，他說：「上海『一月風暴』以後，差不多執行反動路線嚴重到走資派程度的這些人，都已『靠邊站』了。現在42個單位，部長級幹部站出來工作的只有90人，佔總數280人中的32％。其中第一把手（部長、主任）只有3人，其他統統『靠邊站』了。」
1967年1月22日，由於江青、戚本禹的蓄意誣陷和煽惑，煤炭工業部部長張霖之在被造反派非法拘留、審訊長達40多天後，重傷致死。這一用血寫的事實，給周恩來以極大警醒和震撼，他異常激動地質問造反派：「這麼一位出生入死的老同志，就這麼不明不白地死了，我怎麼交代啊！如果連一個部長的生命安全都沒有保障，國家還有什麼希望？那不真是無法無天了？」在場的谷牧等人清楚地看到：周總理是「眼含淚水，手持張霖之遍體傷痕的照片」講這番話的；「看著他那悲戚的面容，聽著他那激憤的聲音，我們無不為之動容」。
年近七旬且每日都在苦撐危局的周恩來，十分清楚自己的責任。在勉力維持經濟運轉的同時，他必須利用自己有限的權力，全力保護作為黨和國家的寶貴財富的廣大老幹部。他相信，只要自己在位一天，這些被打倒或「靠邊站」的老同志的安全保障就多一天。
1月下旬，周恩來開始在許多場合批評造反派「打倒一切」的行徑，指出：不能認為帶「長」字的一概不要。那麼多部長、副部長都統統不要了嗎？不能，局長也不能。你們這樣下去會走到反面。又說：上海一月奪權消息公布後，我們估計10天左右會出現連鎖反應。奪權不能看成到處都是「走資本主義道路的當權派」和「執行資產階級反動路線的頑固分子」。要統統都是，哪還有「一小撮」？還有什麼「區別對待」？毛澤東思想的出發點就是從實際出發，在毛主席領導下，在黨中央領導下，「長」字型大小都是鐵板一塊的「黑幫」？不會這樣嘛！
同年2月，出於對林彪、江青一夥倒行逆施的義憤，副總理譚震林、陳毅、李富春、李先念、聶榮臻以及余秋里、谷牧等在懷仁堂碰頭會（即由周恩來主持的商決中央黨政事務的會議）上，強烈批評「文化大革命」以來「懷疑一切」、「打倒一切」的極端作法，卻被林彪、江青等誣為「二月逆流」而遭到批判。譚震林、陳毅不久便被剝奪了參加中央會議的權利。
2月20日，就在譚震林等人受到尖銳指責後不久，周恩來在中央召集的介紹省級「奪權」經驗的會議（中央文革小組成員亦在場）上，繼續闡明他對「奪權」問題的一貫看法，指出：自一月號召奪權以來，不管有沒有走資本主義道路的當權派，都起來「奪權」，這樣，全黨全國還成什麼樣子？怎麼解釋毛主席的偉大紅旗占統治地位？這不等於把我們黨十七年的偉大革命和建設成就都抹殺了嗎？不能這樣，邏輯上也站不住嘛！談到中央國家機關奪權時，周恩來重申：不是所有的部長、副部長都是走資本主義道路的當權派，也還有好的；（造反派）有的權掌多了，要加以限制。現在有人要奪中央的大權，外交大權也要奪，財政大權也要奪，還要奪軍事大權。這些部門的權力屬中央，誰也不能奪！不僅各部委黨委、黨組領導要抓日常工作，就是司局一級幹部也不能統統「靠邊站」，整個業務系統還是要由這兩層領導來抓。會上，周恩來還表示不贊成「堅持資產階級反動路線的頑固分子」的提法，認為這不利於正確對待犯錯誤的幹部。
此後，周恩來又多次強調：「我們不能說所有的第一把手都是走資派，這還沒定性。」「不是所有執行了資產階級反動路線的人都是走資派，即使是死不改悔的、已經點名的，也應有所保留，要給他機會允許改過。」「要解放一些有能力、有經驗的，雖然犯了錯誤但能夠改正錯誤的老幹部」。
1968年10月，林彪、康生等人在中共八屆十二中全會上再度掀起批判所謂「二月逆流」的高潮。會後，各地各單位以貫徹「全會精神」繼續開展對「二月逆流」的批判。這一年12月，黃永勝主持的中央軍委辦事組將一份反映徐向前最近思想狀況的材料（認為徐思想問題未解決，主張進一步批判徐及其家人）報給毛澤東、林彪、周恩來。29日，周恩來批告：建議軍委辦事組派人找有關同志談談，「不要搞得過於緊張，防止意外」。翌年1月初，毛澤東對此批道：「所有與二月逆流有關的老同志及其家屬，都不要批判，要把關係搞好。」鑒於陳毅、聶榮臻、李富春、余秋里等所在單位和系統也都發生要求批判「二月逆流」的情況，周恩來批准將毛澤東對徐向前的批示內容迅速下達，進而制止了在國務院機關對「二月逆流」批判的擴大和升級。
在極端險惡的環