把做課題當作「圈錢」手段，不但導致科研經費的巨大浪費，也助長了學術腐敗之風，阻礙了國家科技創新能力的提升。
2009年4月，浙江大學「賀海波論文造假事件」塵埃落定。但在調查結論中，對造假論文與相關科研經費之間的關係並未涉及，也未談及是否追繳相關經費。
「這起造假事件的發生，除個人道德因素外，科研人員考核指標剛性太強和科研經費存在管理『黑洞』，也是誘發當事人鋌而走險的重要原因。」南開大學博士生導師齊善鴻教授接受記者採訪時指出。
記者調查發現，由於我國一些科研經費的使用缺乏有效監管，導致一些科研人員把做課題當作「圈錢」手段，不但導致科研經費的巨大浪費，也助長了學術腐敗之風，阻礙了國家科技創新能力的提升。
近年來，我國科技投入穩步增加。2006年，中央財政科技撥款達716億元，比上年增加19.2%。2009年3月5日，國務院總理溫家寶在「兩會」做政府工作報告時表示，要大力推進科技創新，今年中央財政科技投入1461億元，增長25.6%。
所謂科研經費，就是通過財政手段撥付給高校和科研機構用於科學研究的費用。按理說，這些經費應專款專用，但在實際生活中，這些經費卻成了一些人隨意宰割的「唐僧肉」。
據審計署公布，2004年的審計發現，科研系統2個部門和45個科研單位，轉移、擠占、挪用科研經費達6.69億元。另外還有13個單位把3.27億元的科研經費違規出借、對外投資甚至投入股市。
2007年7月，山東省2006年度審計報告公布，在對高校科研經費使用情況的審計中發現，直接用於課題研究的費用開支僅佔40.5%，而管理費用、人員經費等開支占近6成。
據了解，高校和科研機構的科研經費一般由兩部分組成，即該單位科研管理部門統一申請、管理的課題經費和該單位職工自行聯繫申請的課題經費。無論是哪部分經費，均統一由該科研機構管理使用。
但是，這種看似嚴密的管理制度背後，卻隱藏著一些鮮為人知的迷局。據了解，目前在有些高校和科研機構，科研人員申請到課題，作為獎勵，可以從中按一定比例提成。此外，一些高校和科研機構爭取到科研經費後，還得向相關人員送一定比例的回扣。因為要依靠某一項目去申請科研經費，該項目首先必須通過主管方的專家組評審。
經過層層打點後，科研經費才到了具體負責實施項目的課題組手裡。而這其中，又會出現少數科研人員通過挪用、虛報、貪污等手段侵吞科研經費的現象，最終用於科研項目本身的經費有多少，就可想而知了。
「我國很多科研院所是靠科研經費來維持運行的，科研人員的大部分工資以及待遇落實等，都從科研經費中支取。」北京師範大學一位不願透露姓名的教授告訴記者，「其他開支，除了正常的出差費、資料費、專家論證費外，有的科研人員連家庭電話費、交通費、私家車保險費和維修費等，也千方百計從科研經費中報銷。」
「在做項目預算時，如果需要80萬元，很多人一般會報100萬元。」北京某知名科研機構的一位科研人員向記者透露，「只要經費撥下來，就得想方設法用完。如果項目快做完了，可以變通買電腦，置辦辦公用品，等等。」
記者調查發現，目前一些項目的經費撥付方式也存在嚴重問題，主要是項目啟動時經費不到位，等到項目進行過半時經費才撥付，但又要求按時花完，於是就出現了突擊花錢的現象。
不少受訪者認為，目前我國科研經費分配和使用上存在著嚴重的兩極分化現象。有些科研領域成為一些權威人士的「勢力範圍」，只有「圈內人」才可能得到大項目。而其他人員，要弄到一個科研項目十分艱難。
「目前有一些學科帶頭人，很少參與具體科研工作，卻把大部分精力都用在跑項目上。」齊善鴻說，「目前國家幾大科研基金的申報日趨規範，但也有一些項目的申請尚存在『潛規則』。某些課題帶頭人，利用自己在學術界的聲望和關係，提前向評委打招呼，結果總有項目可得。他們把爭取到的項目，讓自己的學生或朋友去做，自己則成了『項目老闆』。」
記者調查發現，目前很多課題申請難度越來越大，競爭非常激烈。「項目老闆」在高校和科研機構中，由於把持著某些優勢資源，也就成為一個相當惹眼的群體。
「我們單位的工資不高，收入主要靠做項目。」北京某科研機構一位工作人員告訴記者，「那些學科帶頭人爭取下科研經費，就有了極大的支配權，誰在項目中承擔什麼樣角色，都是學科帶頭人說了算，收入的多少，自然與此緊密相關。」
據了解，每年爭取到多少立項和科研經費，也是上級主管部門考核一些科研單位的「硬指標」。有些高校和研究機構為了得到科研經費，除課題組及科研人員外，還廣泛動員職工申請科研項目，並與職稱和工資掛鉤。
中國科協一項對科技工作者的調查顯示，有50.7%的人認為在科研工作中遇到的最大困難就是「申請課題困難」，有14%的人認為在項目申請上花的時間和精力最多。
「能爭取到國家級課題項目，就標誌著有能力，評職稱、評獎乃至當博導，等等，都有了資本。」北京大學政府管理學院博士生導師李成言教授接受記者採訪時表示，「由於考核壓力大，有的科研帶頭人申請下來項目後，投入到科研的經費很少，而是拿著這筆錢去拉關係，跑下一個課題。」
「現在能靜下心紮實做研究的人越來越少，而急功近利的人越來越多。這樣的氛圍，將會毀掉一些有前途的科研人員。」放眼當下的高校和科研機構，中國社科院尹韻公研究員接受記者採訪時，如此表達了他的憂慮。
不少受訪者認為，科研經費管理存在「黑洞」，在一定程度上影響了科研人員的工作熱情，助長了拉關係等「潛規則」的盛行。尤其是在一些科研領域中出現了權威分享重點課題的「小圈子」現象，背離了科學精神和公平競爭原則。
「由政府部門直接進行科研經費的投入和管理，其工作程序、經費配置、課題評價以及成果鑒定等方面存在很多問題。」李成言認為，在高校或科研機構內部，這種不公平形成了收入上的不均等，也污染了知識分子群體內部公平競爭、積極創新的精神。
記者調查發現，現在不少學術刊物為創收，誰出錢就先給誰發。有的科研人員拿到科研經費後，為儘快交差，乾脆從網上查找文獻，撰寫所謂的「科研論文」，花高價「版面費」發表，嚴重危害了我國的學術生態。
在這樣的環境下，學術腐敗自然屢見不鮮。2006年，上海交通大學的「漢芯造假事件」震動中國科技界。「漢芯」曾被譽為「中國芯」，但誰也沒有想到，花費了國家上億元科研經費研發出來的「漢芯」系列晶元竟是假的！2007年8月，國家自然科學基金委發布了當年第一期監委會簡報，稱有13個學術科研機構和個人涉嫌「抄襲剽竊論文」或「在申請書中弄虛作假」以獲得科研經費。
但是，對騙取國家科研經費的學術腐敗行為，幾乎沒人受到任何法律上的追究。一般情況下，即使發現科研經費使用不當，處罰措施也僅為限制該項目負責人日後的新項目申請。
據了解，我國科研經費管理亂象已引起國家有關部門的重視。2005年6月26日，教育部和財政部頒布的《關於進一步加強高校科研經費管理的若干意見》提出12項措施；2007年8月，科技部發布首個專門規範科技經費監督管理工作的制度規定——《國家科技計畫和專項經費監督管理暫行辦法》。但記者調查發現，由於我國在科研經費的審批、劃撥、使用、結算等各個環節都缺乏強有力的監管和懲戒機制，這些規定並沒有發揮出應有的作用。
當前，我國正倡導建立創新型社會，國家期望通過提高科技投入和科研水平，來提升國家的整體實力。因此，如何科學、合理、高效地使用科研經費，就顯得尤其迫切和重要。
在美國，政府不設立研究機構，而是通過簽訂研究合同的方式，把科研任務交付給大學或私營公司。除了少數國防機密項目，絕大多數科研經費都依靠美國國家科學基金會、國家衛生基金會、國防部高科技組織等提供項目，通過競爭方式讓研究型大學和其他實驗室來操作。
針對我國目前的實際情況，尹韻公建議：「應建立財政科技經費的績效評價體系，明確設立政府科技計畫和應用型科技項目的績效目標。可在簡化程序的基礎上，對課題進行公開招標，只要科研單位完成任務，『產品』合格，供需雙向就可一手交錢，一手交『貨』，這樣將會減少很多可能產生腐敗的環節。」
「凡是國家各級財政支出的經費，都需納入財政監管體系，科研經費也不應例外。」齊善鴻認為，「要