要真正理順中央和地方的關係，關鍵還在於通過立法，合理劃分中央和地方之間的職責許可權。
近年來，中央對一些部門實行了垂直管理，這對防止行政干預和地方保護主義膨脹，加強中央對經濟運行的宏觀調控能力起到了積極作用。但隨著垂直管理部門的增多，這些部門原本存在的稅收流失、數據造假、環境惡化、生產安全等問題反而愈加凸顯。這意味著，這種以弱化監督為代價提高行政效率的改革，已面臨著另一種嚴峻的挑戰。
在此背景下，2008年2月27日，十七屆二中全會通過的《關於深化行政管理體制改革的意見》明確提出，要「調整和完善垂直管理體制，進一步理順和明確權責關係」。
接受記者採訪的多位專家認為，垂直管理並非萬全之計，科學健全的行政管理應兼具行政效率和行政監督，這方面的改革思路，關鍵還在於通過立法，合理劃分中央和地方之間的職責許可權，完善和健全監督體系，把公權力這頭怪獸關進「籠子」里。
所謂垂直管理，就是指「人、財、物、業務」垂直到上級主管部門管理，而不由本級人民政府負責。通俗地說，就是將職能部門的烏紗帽和錢袋子，從地方政府手裡收回到上級主管部門手裡。
據了解，我國大部分政府職能部門，長期以來一直是上級部門和地方政府「雙重領導」——主管部門負責工作業務的事權，地方政府管人財物。
20世紀80年代初，中央從經濟領域開始，逐漸向地方下放權力。這在很大程度上激發了地方政府的發展活力，促進了地方經濟的發展。但在地方權力得到鞏固的同時，中央政令不通、地方保護主義膨脹等問題也日趨嚴重。
「中央政令不通、地方保護主義盛行，嚴重影響到中央的權威和法律的實施。」北京大學政府管理學院博士生導師李成言教授接受記者採訪時表示，「有些地方政府為謀求地方利益，變相放寬中央政策底線，對中央的方針政策貫徹執行不力，有令不行、有禁不止等現象屢見不鮮。」
在這樣的情況下，中央政府的宏觀調控能力遭遇嚴峻挑戰，市場經濟統一法治和統一市場的原則，也不同程度地受到了損害。這迫使中央政府不得不把一些地方權力重新收回，而垂直管理便是最直接、最便捷的手段。
近年來，中央對一些部門實施垂直管理的速度在加快。1998年，中央決定對省以下工商行政管理機關實行垂直管理。2006年7月，國務院建立國家土地監察制度，在全國設立7個地方局，由國土資源部垂直管理。從最初的工商、稅務、煙草、鹽業、海關等市場和經濟監管部門，到國土、環保等宏觀調控部門，正在或已從地方政府序列退出，改為中央或省以下垂直管理。
據了解，目前的垂直管理包括中央垂直管理、省垂直管理和特殊垂直管理三種模式。比如安全機關、海關、國家稅務機關、外匯局等是中央垂直管理；工商、地稅、土地管理是省垂直管理；國家土地督察局、審計署駐各地特派辦、環保執法監督機構等則是特殊垂直管理。
「從中央放權到對一些部門收權，影響這一權力重新劃分的主因是經濟。」李成言表示，「垂直管理就是通過對人事、財務的控制，使下級部門擺脫地方政府的干預，加強部門在執法監管中的權威性和統一性。目前這種垂直管理部門，已佔到行政權力部門的50%左右，比例還呈上升趨勢。」
據記者了解，實行垂直管理的部門，正從傳統的經濟管理領域的部門，逐步向權力監督領域部門擴展。這些做法的深層次背景，則是央地利益博弈日益激烈，中梗阻現象愈發突出。
記者在調查中發現，實行部門垂直管理，在增強中央宏觀調控能力，消除地方保護主義，保證政策法律貫徹落實中發揮了一定的作用，但隨之帶來的負面效應，也部分削弱了垂直管理在民眾中的認可度。
在記者的隨機採訪中，有20%的人認為垂直管理不是解決問題的根本辦法，5%的人不發表看法，而75%的人則支持中央對一些部門實施垂直管理，以期平衡劣跡頻現的地方權力。受訪的多位支持者認為，有些部門退出地方行政序列進行垂直管理，能更好地貫徹中央的政策、法令。
「垂直管理有效避免了地方政府的干擾，保證上傳下達、政令暢通。同時也有利於資源配置。」針對垂直管理的好處，清華大學公共管理學院於安教授的看法，在支持者中極具代表性。
不過也有人持質疑態度。他們認為，不可對垂直管理寄予厚望。因為垂直部門脫離監督，弱化地方人大的權力、加重上級政府責任和損害地方政府職能的完整性，並未完全理順央地關係。
有受訪專家認為，在垂直管理難以解決的深層次問題中，最為關鍵的是沒有從根本上解決法治的問題。如果沒有一個完整的制度設計，越來越多的部門實行垂直管理，機構被剝離、財權被上收、人員划出，地方政府就可能越來越被架空，職能越來越被弱化。這樣，必然導致地方政府組織功能的殘缺，在很大程度上影響其行政效能的發揮。
據記者調查，從有些垂直管理部門的運作來看，並沒能達到預期效果。儘管垂直管理部門不由當地政府管轄，但與當地政府有著千絲萬縷的聯繫，使其在執法中，無法做到真正意義上的超脫。
事實上，有些部門垂直管理後，在執法上存在的問題，與地方管理沒有兩樣。比如，質量技術監督管理部門沒有從根本上扭轉摻雜使假現象的發生，工商行政管理機關也並沒有從根本上減少市場上的假冒偽劣產品的存在，而稅務部門也早已垂直管理了，偷稅漏稅問題從未間斷過。
「垂直管理部門的工作人員，多數是土生土長的本地人，在子女上學、土地、水電等方面也少不了求助當地政府。」雲南省某市一位實行垂直管理的部門負責人告訴記者，「要想在當地順利開展工作，沒有地方政府的支持，幾乎寸步難行。所以在查地方違法違規時，很多問題總是大事化小，小事化了。儘管實行了垂直管理，也不敢過於得罪地方。」
據了解，目前的垂直管理部門，由於全靠上級主管部門的監督，在內部監督制約機制不健全，地方政府不便監督的情況下，各級「一把手」常處於監督的盲區，極易發生腐敗現象。
「因為垂直管理使權力得到高度集中，處在封閉狀態，容易在垂直管理部門內部形成利益共同體。」中國社會科學院尹韻公研究員接受記者採訪時表示，「現在很多垂直管理部門的各級主要負責人，往往一言九鼎，地方政府無法監督，上級主管部門又鞭長莫及，監督流於形式。所以有腐敗也不易被發現，易形成『一窩爛』的後果。」
近年來，發生在垂直管理部門的腐敗案件呈上升趨勢，甚至在一些地方已成了腐敗「重災區」。比如2003年，海南省工商局原黨組書記、局長馬招德以受賄罪被判處有期徒刑11年，剝奪政治權利3年。接替馬招德主持工作的省工商局原副局長鄭先育、屯昌縣工商局原局長吳岩等人，也因受賄行賄相繼「落馬」，這一系列案件涉及了海南全省8個市縣的工商局長。
1998年，鄭筱萸剛任國家葯監局局長，就啟動葯監局藥品監督管理體制改革方案，實行省以下垂直管理，把審批許可權上收到省一級。GMP（藥品生產質量管理規範）認證，沒有錢，即使合格的企業也拿不到，企業為了生存，只能用錢進行交易。結果，相繼發生了震驚社會的齊二葯假藥事件、欣弗劣葯事件等。2007年7月10日，鄭筱萸以受賄罪、玩忽職守罪兩罪並罰，被執行死刑。
「有些部門積極爭取實行垂直管理，不排除背後有利益驅動。」李成言認為，「因為部門垂直管理後，集行政管理、執法執紀、經濟監督於一身，手中可擁有較大行政自由裁量權。若監督乏力的話，則更便於權力尋租。」
當然，作為垂直管理部門的部分工作人員，也有著一種莫名的優越感。一個極端的例子是：2008年10月29日，交通運輸部垂直管理部門——深圳海事局原黨組書記林嘉祥在涉嫌猥褻女童後，當女童父母向他交涉時，他卻稱：「我是交通部派來的，級別和你們市長一樣高，跟我斗，你們這些人算個屁呀！」
按現行財政管理體制，垂直管理部門經費由本系統上級供給。但記者在採訪中有不少人反映，一些垂直部門不但從主管部門能得到經費，也從地方政府得到不少「財政支持」。因此，同在一個區域內工作，很多垂直管理部門工作人員的工資、住房及福利等遠高於當地非垂管部門工作人員。
「有些垂直管理部門從地方財政得到的經費，幾乎與主管上級所撥經費持平，這些經費絕大多數用於發放幹部職工獎金福利。」雲南省某縣的一位縣級領導無奈地告訴記者，「這些垂直管理部門有特權，儘管在自己地盤上，但又管不了人家，為了搞好與他們的關係，每年總得從地方財政給他們撥點經費，也是為使他們能夠更好地配合地方工作